1.房屋性質:二類經濟適用房是為低收入人群建設的行政分配房，商品房是開發商建設的面向所有群體銷售的普通住房。
2.配套政策:購買二類經濟適用房可享受政策；商品房沒有這些優惠政策。
3.交易費用:二類經適房交易價格的3%需繳納土地出讓金，但商品房可以正常出售。