有指揮中心、航行管理處、船舶監督處、危險管理與防汙染處、船員管理處、執法監督處、人事教育處、黨群工作部、裝備信息處、財務會計處、辦公室等1內設機構，政務中心、船舶交通管理中心2個辦公室，武漢市信息中心1直屬機構。
設有鹹寧、新灘、金口、沌口、港口、青山、陽邏七個海事處，石雞頭14執法大隊，陽邏新港五個辦事處。