根據安徽管網軌道交通的招聘信息，軌道交通工程師主要負責軌道交通系統的設計、施工和維護。這些工作大部分是在室內進行的，包括制定設計方案、繪制施工圖紙以及進行技術計算和模擬。此外，軌道交通工程師還需要參與項目管理和協調，與其他相關部門溝通合作。雖然在實際施工和維護過程中可能需要到現場進行檢查和監督，但總體來說，軌道交通工程師的工作主要是在室內進行的。