運輸公司和物流公司的區別在於開票。

1.運輸公司是指專門從事貨物運輸的企業，主要提供貨物運輸服務，如卡車運輸、航空運輸、鐵路運輸等。運輸公司開具的發票主要是指運輸費用發票，通常是運輸合同的壹部分，用於記錄貨物運輸的費用和支付。

2.物流公司是指提供貨物運輸、倉儲、配送、供應鏈管理等綜合服務的企業，服務範圍更廣，包括倉儲、包裝、分揀、配送等。物流公司開具的發票不僅包括運輸費用的發票，還包括其他服務費用的發票，如倉儲費、包裝費、分揀費等。