1910年3月13日段君毅出生於山東省濮縣白衣閣村（今河南省範縣）。早年在山東聊城省立第二中學讀書，受進步思想的影響。
1931年初中畢業後即赴北平求學，同年9月參加中國***產黨領導的“中國社會科學家聯盟北平分盟”，從此走上革命道路。1932年夏，他考入北平中國大學政治經濟系後，參加了中華民族武裝自衛會和土地問題研究會等進步組織，積極宣傳馬克思列寧主義和抗日救國的思想，先後參加了北平學聯組織的南下擴大宣傳團和“壹二·九”學生愛國運動。
1936年3月加入中國***產黨。
1936年11月22日，國民黨反動政權以所謂“危害民國罪”逮捕沈鈞儒等7人的“七君子事件”發生後，他帶領全國學聯同全國各界壹起，支援宋慶齡等人發起的營救運動，同國民黨的倒行逆施作堅決的鬥爭。
1937年12月，段君毅同誌赴延安參加中***中央黨校學習，後被派往山東抗日前線，任中***泰西特委書記、泰西行政委員會主任，組織發展抗日武裝力量，開辟泰西抗日根據地。
1939年8月後，段君毅同誌先後任八路軍壹壹五師獨立旅副旅長，魯西軍區副司令員，魯西行署副主任、主任，冀魯豫行署副主任、黨組書記，中***冀魯豫第二、第八地委書記兼軍分區政治委員，中***豫東（水東）工委書記，冀魯豫軍區豫東指揮部政治委員。為抗日戰爭的勝利作出了重要貢獻。
1947年晉冀魯豫野戰軍挺進大別山後，段君毅同誌任中***鄂豫區委書記兼軍區政治委員，參與開創大別山解放區的鬥爭。
1949年2月任第二野戰軍後勤司令部司令員兼政治委員。他采取因地制宜、上下配合、群策群力等有效措施，積極籌備渡江作戰所需的船只和軍需，保證“要糧有糧、要人有人、要船有船”，為完成“打過長江去，解放全中國”的歷史使命作出了積極貢獻。
新中國成立後，段君毅同誌先後任中***重慶市委常委，市軍事管制委員會委員，市財經接管委員會黨委書記、主任，西南軍政委員會財經委員會副主任兼工業部部長、黨組書記。
1952年8月，段君毅同誌任第壹機械工業部副部長、黨組副書記，分管基本建設和幹部工作。他領導和指揮了第壹重型機器廠、第壹汽車制造廠、洛陽拖拉機廠等壹批對國民經濟有重大意義的骨幹企業的建設，親自參與規劃、選址、建廠、投產的各個環節，推動了各方面工作的順利開展。
1960年9月任第壹機械工業部部長、黨組書記，為我國機械工業的發展作出了重要貢獻。
“文化大革命”期間，段君毅同誌受到沖擊和迫害，他堅決抵制林彪、“四人幫”反革命集團的倒行逆施，***產主義信念毫不動搖。粉碎“四人幫”以後，段君毅同誌任鐵道部部長、黨組書記。
1978年10月，段君毅同誌任中***河南省委第壹書記、省革委會主任、省軍區第壹政治委員。他堅持把撥亂反正、平反冤假錯案作為壹項重點工作，解決了河南省壹批歷史遺留問題。
1981年1月至1984年5月，段君毅同誌任中***北京市委第壹書記、北京衛戍區第壹政治委員。他認真貫徹黨中央關於首都建設的指示精神，圍繞政治思想建設、環境美化建設、科學文化建設、適合首都特點的經濟建設，狠抓落實。主持制定了《北京城市建設總體規劃方案》，得到黨中央、國務院的批準，加快了首都市政建設速度和經濟結構調整的步伐，工農業總產值以及城鎮居民和農民收入都有了較大幅度的增長。在全市廣泛開展“為人民服務，對人民負責”的大討論和“五講四美三熱愛”教育活動，強化首都服務觀念，大力規範職業道德和社會公德，推動首都精神文明建設。
1982年9月，段君毅同誌任中***中央顧問委員會常務委員，1992年10月從領導崗位退下來。
中國***產黨的優秀黨員，久經考驗的忠誠的***產主義戰士，無產階級革命家，我黨政治工作傑出的領導人，原中***中央顧問委員會常務委員、北京市委原第壹書記段君毅同誌，因病醫治無效，於2004年3月8日13時06分在北京逝世，享年94歲。
戰功卓著
抗戰革命戰士
段君毅同誌積極主張在創建抗日根據地同時，要建設好地方政權，建設好各級組織機構。1943年秋，環境比較惡劣，時局比較動蕩。冀魯豫地區黃敬、段君毅等領導同誌在紅廟地區召集了冀魯豫師生名流、進步人士座談會，討論時局、三三制政權問題。當時情況到了最艱苦時期，壹是日寇采取五次強化治安運動，敵人掃蕩“蠶食”，根據地壹天天在縮小，環境極其惡劣，再加上多年旱災嚴重，蝗蟲成災，老百姓將樹皮都吃光了。在朝城、莘縣、觀縣地區有的老百姓全家都餓死在炕上，無人收屍。我們派部隊收屍掩埋。我們部隊再次進行了精兵簡政，采取了正規軍地方化，實行黨的壹元化領導，部隊都穿起了便衣（長袍子，穿、睡都是這壹件衣服）。黨號召：黨政軍民要咬緊牙關度過黎明前的黑暗時期，堅持抗戰到底。在開展戰勝自然災害、抗旱滅蝗的鬥爭中，段君毅同誌身為政委、行政公署主任也壹樣沖入第壹線，身先士卒帶領群眾壹同抗旱滅蝗度過困難，落實毛主席“自己動手，豐衣足食”的指示，給人民群眾和部隊都留下了深刻的印象。
解放戰爭的功績
1945年春，軍區下達了郭小砦、南樂、東平、陽谷等四個戰役命令，連戰皆捷。以後，八分區又進行了鄆北戰役攻打漢奸劉本功。勝利之後段君毅同誌率8團（團長王應烈、政委李仕才、參謀長常誌義）和冀魯豫軍區命令進至豫東（也叫水東）12分區，執行擴大根據地的任務。段君毅對曾思玉說：“老曾，我們相互度過了抗戰的艱苦歲月，***事非常愉快。上級調我去豫東十二地委工作，我只有服從命令。但我非常舍不得離開八分區，舍不得離開妳曾司令。”我說：“哎，君毅同誌，妳率八團這個拳頭到那個地區壹定會打開好局面，發揚妳做群眾工作的特長。我們見面機會很多嗎。我們還是老規矩，四個菜壹個湯，歡送妳，我們的好政委！