1、《中國金融腐敗的經濟學分析：體制、行為與機制分析》（博士論文），中信出版社。
2、《通向貨幣經濟學的新範式》（斯蒂格利茨和格林沃德）（譯文），中信出版社。
3、《非博弈均衡、央行的微觀獨立性與最優金融穩定政策》，《經濟研究》，第8期。
4、《金融腐敗的微觀經濟效應：壹般均衡與金融業不良資產問題》，《金融研究》，第2期。
5、《金融創新、風險分擔與監管：中國轉軌時期保險資金運用的系統性風險及其管理》，《金融研究》，第6期。
6、《匯率體制改革的宏觀與微觀經濟效應》，《南方金融》，第8期。
7、《金融生態與信貸關系》，《南方金融》，第7期。
8、《改革優先還是穩定優先：金融公***政策抉擇》，《南方金融》，第6期。
9、《非對稱貨幣政策假說：中國貨幣理論面臨的革命》，《南方金融》，第5期。
10、《“漢米爾頓－傑弗遜爭論”與當前的貨幣政策規則》，《南方金融》，第4期。
11、《論存款利率市場化的時機》，《南方金融》，第3期。
12、《從金融支持到市場化資源配置》，《南方金融》，第2期。
13、《花錢買機制的制度經濟學思考》，《南方金融》，第1期。
14、《國有銀行改革***性與個性：壹行壹策式改革的可行性研究》，《武漢金融》，第5期。 1、《中央-地方-銀行-公眾博弈：國有獨資商業銀行改革的基本邏輯》，《經濟研究》，第10期。
2、《微觀決策與經濟體制：房地產泡沫下的居民-金融部門破產》，《金融研究》，第9期。
3、《從總量調控到結構優化：貨幣政策在探索中創新》，《南方金融》，第4期。
4、《制度變遷、宏觀金融風險與貨幣政策選擇的邏輯》，《南方金融》，第5期。
5、《蒙代爾三角：壹個假設還是真實的威脅》，《南方金融》，第6期。
6、《銀行業壟斷與競爭的價值判斷》，《南方金融》，第7期。
7、《多元博弈與國有銀行改革的基本邏輯》，《南方金融》，第8期。
8、《利率調控、資金脫媒與貨幣政策目標》，《南方金融》，第9期。
9、《外匯儲備與人民幣升值泡沫》，《南方金融》，第12期。 1、《改革進程中的金融腐敗：非規範融資行為的交易特征和體制動因》，《經濟研究》，第6期，轉載於《新華文摘》第10期，入選《中國經濟學—2003》。
2、《資源配置和產出效應：金融腐敗的宏觀經濟成本》，《經濟研究》，第11期，入選《中國經濟學—2003》。
《以行政資源和市場資源重塑三層次農村金融服務體系》，《金融研究》，第6期。
3、《利益***同體的脅迫與***謀行為：論金融監管腐敗的壹般特征與部門特征》，《金融研究》，第7期（轉載於《改革內參》2003年第30期）。
4、《中國金融腐敗指數：方法論與設計》，《金融研究》，第8期（轉載於《改革內參》2003年第31期）。
5、《治理結構、預期收入與體制轉軌：金融反腐敗機制設計的微觀與宏觀戰略》，《金融研究》，第9期（轉載於《改革內參》2003年第32期）。
6、《中國金融腐敗：從定性到定量》，《比較》，2003年第8輯。
7、《宏觀經濟學與貨幣經濟學——清瀧信宏的學術思想評述》，《比較》，第6輯。
8、《試論金融資產管理公司模式及發展前景》，《國有資產管理》，第3期。 1、《論合作金融的混合治理結構》，《金融研究》，第7期。
2、《中國金融轉軌中的宏觀貨幣控制》，《經濟學動態》，第7期。
3、《積極應對入世挑戰 審慎改革外匯體制》，《求是雜誌內部文稿》，第3期。
4、《合作制還是商業化：信用合作社資本結構創新的實證分析》（Benoît Tremblay和Daniel Côté），譯文，《金融研究》，第1期。 1、《信息結構、利益集團與公***政策：當前金融監管制度選擇中的理論問題》，《經濟研究》，2000年第12期（入選《中國經濟學—2000》，上海人民出版社）。
2、《不完全合同與道德風險：90年代金融改革的回顧與反思》，《金融研究》2001年第2期（2002－2003年度中國金融學會第六屆全國金融論文二等獎）。
3、《市場結構和價格管制：對中國利率市場化的評析》，《金融研究》2001年第4期（2002－2003年度中國金融學會第六屆全國金融論文三等獎）。
4、《貨幣政策機制選擇及其宏觀經濟後果》，《金融研究》2000年第10期。
5、《中國國有商業銀行治理結構》，《完善公司治理：東亞視角》，世界知識出版社，2001年11月（同時見《中國國有商業銀行治理結構改革》（中國人民銀行研究局），中國金融出版社，2002年）。
6、《惡性競爭中的數量和定價行為：中國商業銀行行為研究》，《廣西金融研究》，2001年第9期。
7、《金融與增長：動蕩條件下的政策選擇》，世界銀行政策報告，譯文，2001年，經濟科學出版社。
8、《中國應從亞洲金融危機中吸取的教訓》（余永定英文論文），譯文，《金融研究》，2000年第12期。
9、《世界經濟回顧與展望》，《金融參考》，2001年第1期。
10、《2000年世界經濟金融回顧》、《2001年世界經濟金融展望》，《金融時報》2001年1月2－3日。
此外，在《財經》、《光明日報》、《證券時報》、《經濟觀察報》、《南方周末》、《新華社國內動態清樣》等期刊發表100余篇文章。