會計學院是南京財經大學規模最大、歷史最悠久的校（系）之壹。早在1962就設立了會計專業。1981年會計系成立並開始招收財務會計專業本科生，是江蘇省第壹個會計本科專業。2000年在原南京經濟學院、江蘇財經高等專科學校、江蘇經濟幹部管理學院會計系的基礎上，合並重組為會計學院。40年來，學院實現了跨越式發展，成為江蘇省重要的中高級會計專業人才培養基地。
會計（包括會計、財務管理和審計）碩士專業1，會計、財務管理、審計和資產評估4個本科專業。其中，會計學專業是江蘇省首批品牌專業，2009年入選全國高等學校特色專業建設點。會計學科是江蘇省重點建設學科，財務管理專業是校級特色專業和校級品牌建設專業。自2005年以來，會計和審計專業被納入江蘇的壹本招生書中。我院在校生2164人，其中研究生1人，本科生1人，本科生226人。學院設有會計系、財務管理系、審計系、資產評估系、會計實驗中心、會計與金融研究所等教學研究機構，專任教師66人。其中教授12人，副教授38人，講師16人。有20名醫生。形成了壹支結構合理、經驗豐富、科研能力強的師資隊伍。
學院堅持以教學為中心，積極推進課程體系和教學內容改革。自2000年以來，建設了1門省級精品課程、2門省級壹級精品課程和1門省級二級精品課程。學院以科研促教學、服務教學和地方經濟建設為宗旨，通過加強科研管理、精簡研究方向，促進產學研有機融合。2003年以來，學院教師主持完成省級以上科研課題15項，服務地方經濟橫向課題16項，出版專著7部，獲省級教學科研獎2項，在《管理世界》《會計研究》《審計研究》等期刊發表學術論文559篇，其中核心期刊發表論文347篇。
學院按照“抓基本、倡多元”的思路，加強學生教育管理，積極開展豐富多彩的第二課堂活動，引導學生牢記職責、明確目標、端正學風、彰顯個性、提高綜合素質，取得了顯著成效。2003年以來，大學生在省級以上科技、文化、體育等各類競賽中獲獎139人次。
展望未來，學院將依托學校多學科平臺，以會計為主體，以財務管理和審計為兩翼，以資產評估為補充，以本科素質教育為重點，以高起點研究生培養為切入點，立足長三角，面向全國，註重信息化、國際化，打造品牌，抓特色，出成果， 努力把南京財經大學會計學院建設成為國內同類學科中具有競爭優勢的壹流教學研究型高校。