北京市（8所）：清華大學、北京大學、中國人民大學、北京師範大學、北京理工大學、中國農業大學（2期）、北京航空航天大學、中央民族大學（2期）
上海市（4所）：上海交通大學、復旦大學、同濟大學、華東師範大學（2期）
天津市（2所）：南開大學、天津大學
江蘇省（2所）：南京大學、東南大學
浙江省（1所）：浙江大學
安徽省（1所）：中國科學技術大學
黑龍江（1所）：哈爾濱工業大學
吉林省（1所）：吉林大學
遼寧省（2所）：大連理工大學、東北大學
山東省（2所）：山東大學、中國海洋大學
湖北省（2所）：華中科技大學、武漢大學
湖南省（3所）：湖南大學、中南大學、國防科學技術大學（2期）
福建省（1所）：廈門大學
廣東省（2所）：中山大學、華南理工大學
四川省（2所）：四川大學、電子科技大學
重慶市（1所）：重慶大學
陜西省（3所）：西安交通大學、西北工業大學、西北農林科技大學（2期）
甘肅省（1所）：蘭州大學
39所“985工程”大學分布在18個省，其中大部分屬於副部級大學，不屬於副部級的大學有7所：東北大學、湖南大學、華南理工大學、華東師範大學、電子科技大學、中國海洋大學、中央民族大學。國防科技大學為副大軍區級，對應地方行政級別介於正部級與副部級之間。31所副部級大學和華東師範大學的校長和黨委書記都是由中***中央和中央政府（即國務院）聯合任命，中組部傳達，這些學校又稱中央直屬大學。其他本科院校的校長和黨委書記，只由教育部、省區市或部委就可任命。
3．“211工程”院校名單
北京大學
中國人民大學
清華大學
北京交通大學
北京工業大學
北京航空航天大學
北京理工大學
北京科技大學
北京化工大學
北京郵電大學
中國農業大學
北京林業大學
北京中醫藥大學
北京師範大學
北京外國語大學
中國傳媒大學
中央財經大學 △
對外經濟貿易大學
北京體育大學
中央音樂學院
中央民族大學
中國政法大學 △
華北電力大學 △
南開大學
天津大學
天津醫科大學
河北工業大學
太原理工大學
內蒙古大學
遼寧大學
大連理工大學
東北大學
大連海事大學
吉林大學
延邊大學
東北師範大學
哈爾濱工業大學
哈爾濱工程大學
東北農業大學
東北林業大學 △
復旦大學
同濟大學
上海交通大學
華東理工大學
東華大學
華東師範大學
上海外國語大學
上海財經大學
上海大學
第二軍醫大學
南京大學
蘇州大學
東南大學
南京航空航天大學
南京理工大學
中國礦業大學（徐州）
河海大學
江南大學
南京農業大學
中國藥科大學
南京師範大學
浙江大學
安徽大學
中國科學技術大學
合肥工業大學 △
廈門大學
福州大學
南昌大學
山東大學
中國海洋大學
中國石油大學（華東）
鄭州大學
武漢大學
華中科技大學
武漢理工大學
中國地質大學（武漢）
華中農業大學 △
華中師範大學 △
中南財經政法大學 △
湖南大學
中南大學
湖南師範大學
國防科學技術大學
中山大學
暨南大學
華南理工大學
華南師範大學
海南大學 ▲
廣西大學
四川大學
西南交通大學
電子科技大學
四川農業大學
西南財經大學
西南大學
重慶大學
貴州大學 △
雲南大學
西藏大學 ▲
西北大學
西安交通大學
西北工業大學
西安電子科技大學
長安大學
西北農林科技大學 △
陜西師範大學
第四軍醫大學
蘭州大學
青海大學 ▲
寧夏大學 ▲
新疆大學
石河子大學 ▲
華北電力大學（保定）△
中國地質大學（北京）
中國礦業大學（北京）
中國石油大學（北京）
東北大學（秦皇島）
哈爾濱工業大學（威海）
山東大學（威海）
清華北京協和醫學院 △
註：宋體字為1993年首批“211工程”院校，標“△”為2005年增補的11所院校，標“▲”為2008年新增5所院校。截止2014年，由於北京協和醫學院與清華聯合招生，全國***有“211工程”大學112所。其中華北電力大學、中國石油大學、山東大學等擁有兩個校區，實際招生高校為119所。