根據上述職責，甘肅省人民政府研究室設8個內設機構：
（壹）秘書處。
負責機關文電、會務、財務、機要、檔案、安全保密等工作；承辦機關人事、機構編制和勞動工資工作；承辦機關綜合協調和督查工作；承辦同國務院研究室和國務院發展研究中心、各省市區政策研究機構以及省內各有關部門和市縣政策研究機構的聯絡、協調工作；承擔離退休幹部服務和管理等工作。
（二）綜合經濟研究處。
負責起草省政府《政府工作報告》；承辦中長期規劃、國土資源、區域協調發展、城鄉建設、可持續發展以及經濟體制改革和全省經濟運行、投資、物價等宏觀調控等方面重大問題的調查研究，提出政策建議。
（三）農村經濟研究處（甘肅省農村固定觀察點辦公室）。
承辦全省農村經濟發展和體制改革、農業、林業、水利、農民收入、扶貧開發、糧食安全、生態文明、移民、新農村建設等方面重大問題的調查研究，提出政策建議；承辦農村固定觀察點在“三農”問題方面的調查研究。
（四）工業經濟研究處。
承辦全省工業、交通、能源、建築、環境保護、產業政策、企業改革、安全生產、信息化建設和非公有制經濟發展等方面重大問題的調查研究，提出政策建議。
（五）財經貿易研究處。
承辦全省財政、稅務、金融、商貿、消費、旅遊、市場監管和對外開放等方面重大問題的調查研究，提出政策建議。
（六）科教文衛研究處。
承辦全省科技、教育、文化、衛生、人口和計劃生育、體育等方面重大問題的調查研究，提出政策建議。
（七）社會發展研究處。
全省行政管理體制改革、政府自身建設、公***安全、就業與社會保障、收入分配、社會穩定、廉政建設、外事、民族、宗教、民政、殘疾人事業等方面重大問題的調查研究，提出政策建議。
（八）信息研究處。
承辦收集、整理、分析、編輯和報送重要綜合信息動態，為省政府決策提供咨詢服務；編輯和印發有關內部刊物；匯編重大研究成果和調研報告，整理領導同誌有關講話和摘編報刊、互聯網資料等；負責科研課題的申報和管理工作；負責計算機及網絡的管理工作。
機關黨委、紀檢、監察機構按有關規定設置。