各級財政部門下設的財政監督檢查機構具體實施財政監督檢查。
審計、物價、稅務、工商行政管理等有關部門和金融機構應當在各自職責範圍內配合財政部門做好財政監督檢查工作。第五條各級人民政府應當加強對財政監督檢查的領導。
財政部門應當定期向本級人民政府和上壹級人民政府財政部門報告財政監督檢查工作。第六條財政監督檢查包括以下內容:
預算的編制、執行、調整和決算；
預算收入的征繳情況；
（三）政府性基金手續費和退稅；
（四）預算收入的收取、劃分、保留、退還和預算支出的撥付；
預算資金的使用和管理；
（六）專項資金、政府外債和國債轉貸資金的使用和管理；
預算外資金的收支及其管理情況；
國有資產管理；
（九）國有資產產權和國有股權管理；
（十）政府采購的實施情況；
（十壹）財務會計制度執行情況和會計信息質量；
（十二）法律法規規定的其他事項。第七條財政部門應當根據財政管理需要確定年度財政監督檢查計劃，並按計劃實施財政監督檢查；根據上級財政部門的統壹部署或日常財政管理過程中發現的突出問題，可以立即組織實施財政監督檢查。
審計機關對被檢查單位本年度財務收支已經審計或者正在審計的，除財政部門統壹部署的專項檢查外，監督檢查機構不再對其進行財務監督檢查。第八條財政監督檢查應當與日常財政和財務收支管理相結合，采取專項檢查、全面檢查等方式進行。第九條財政監督檢查機構實施財政監督檢查，應當在3日前向被檢查單位發出財政監督檢查通知書；金融監督檢查機構認為提前向被檢查單位發出檢查通知書對檢查結果有明顯不利影響的，可以在適當時機提前發出檢查通知書。
財政監督檢查通知書應包括以下內容:
被檢查單位的名稱；
（二）檢查依據、範圍、內容、方法和時間；
（三）對被檢查單位配合檢查工作的具體要求；
（四）檢查組組長及成員名單。第十條實施財政監督檢查應當組成檢查組。檢查組對組長負責，組長對檢查工作質量和提交的財務檢查報告負責。第十壹條檢查組實施監督檢查時，被檢查單位應當如實提供與檢查事項有關的材料，不得隱匿或者銷毀。
檢查組可以查閱或者復制有關資料，並有權要求被檢查單位和有關人員就檢查中涉及的問題作出說明。第十二條財政監督檢查人員在檢查中應當遵守國家有關保密的規定，保守被檢查單位的商業秘密和技術秘密。第十三條財政監督檢查結束後，檢查組應當向財政監督檢查機構提交書面檢查報告，財政監督檢查機構應當根據檢查報告和有關法律法規作出檢查結論。第十四條被檢查單位違反財政法律、法規和規章的，由財政部門依照有關法律、法規和規章作出處理決定。
作出決定前，財政部門應當向被檢查單位送達通知書，告知被檢查單位作出決定的事實、理由和依據，並告知其有權要求陳述、申辯或者舉行聽證。第十五條財政部門應當將決定送達被檢查單位，決定自送達之日起生效。
如果決定涉及稅收，財政部門應將決定副本發送稅務機關。第十六條財政部門作出的決定需要有關部門和單位協助的，應當向有關部門和單位發出協助通知書；有關部門和單位應當協助執行，並將協助執行情況告知財政部門。第十七條在財政監督檢查過程中，發現預算收入征收部門違反有關規定，擅自減征、免征、緩征稅款，以及截留、挪用、退回預算收入的，由財政部門責令限期改正；逾期不改正的，建議有關部門依法處理。