專款專用原則，是指對指定用途的資金，應按規定的用途使用，並單獨反映。這條原則是事業單位會計特有的壹條準則，它只存在於事業單位會計，包括醫院。在資金投入主體較多，投入項目較多的醫院，必須按資金取得時規定的不同用途使用資金，專款專用並專設賬戶；會計報表應單獨反映其取得、使用情況，從而保證專用資金的使用效果。在事業單位，出資者對其所提供的資金不要求取得資本收益和資本回收，但有著按預定用途使用的要求。所以事業單位的專用基金、投資基金都必須按規定的用途使用。對於事業基金也應按規定使用範圍使用，不得移作他用，特別不得用於生產經營和對外投資。實行專款專用的原則，有利於保證事業單位的事業活動的順利開展。
專款專用的督查。各級各部門要對各項財政專項資金的使用、管理情況定期進行全面清理檢查，特別要對農村能源沼氣、農業科技推廣、農業產業化、天然林保護和退耕還林等各類支農扶貧資金、教育和科技專項資金、農村基層派出所工作經費保障專項補助、農村散居五保戶專項補助、成都市人才開發專項資金、“小金庫”等進行重點清查。在進行重點清查時，主要檢查項目資金是否及時全額到位；資金使用是否符合管理辦法；是否有擅自擴大使用範圍、改變補助標準的情況；是否有弄虛作假、截留、擠占、挪用情況；是否按規定實行招投標制、公示制、政府采購制；保障憑證、票據等是否真實有效；財務處理是否規範；財經制度是否健全；是否有設置“賬外賬”和“小金庫”的情況，是否有以個人名義私存公款的情況；單位所有銀行賬戶及其資金，是否由單位財務部門統壹管理和核算，是否有單位內設機構開設和管理銀行賬戶的情況。