接上公元200年左右(根據漢之雲的說法，應該是在三國中），因不明原因，神器殿中神器失散（與公元383年的分支1並不矛盾，因為該歷史分支已經消失）。
神器失散後，人界中，軒轅劍轉世為皇甫慕雲與皇甫朝雲的雙子形態（漢之雲的故事開始），公元208年 巫山仙子耗百年功力為周瑜借來東風 不久後周瑜詐亡以隨巫山仙子同赴巫山隱居公元229年 第壹次北伐後持國史趙雲感身體日弱難以為繼，令飛羽將其冷凍，對外稱病故，尋續命之法為其續命。
葫蘆谷壹戰 曹叡為救司馬懿中朝雲的劍氣 不久身亡 國由其雙胞胎弟弟代掌 後其弟由於酒色過度身亡。
公元234年 終於湊齊續命之法的四樣奇物持國史趙雲遊魂歸來在其失神遊歷期間深入民間看到了大量戰爭的悲離，便向諸葛亮要求退兵以使民休養生息，然而由於接連五次北伐都不成功，又兼國內政局不穩，阿鬥不滿，兼之不願悖逆對先主的承諾，難以在蒼生大義間抉擇，諸葛亮令橫艾（諸葛亮前女友）引朝雲等飛羽壹眾至觀星臺將其刺殺，多次刺殺後，諸葛亮終死（漢之雲說法：為朝雲暮雲對戰時劍氣震斷心脈後，由於維護心脈的劍氣所有者皇甫暮雲被朝雲擊敗並同化後無以為繼）五丈原，其後皇甫朝雲將自身靈魂封印在軒轅劍中以暮雲的靈魂主導身體前往山海界開始完成救母的使命，途中把昊天塔轉世為陸承軒也帶入山海界，同時耶亞希開始在夷洲某海灘等情郎回歸；公元244年 由於山海界內朝雲遭遇重大變故 持國史趙雲再未能見到皇甫朝雲 終因舊疾再次死去山海界中，東皇鐘轉世為夏柔。
天女之靈無法繼續維系封印，天女封印力量衰退，山海界天氣異變。
因資源匱乏，山海界進入戰爭狀態。
陸承軒力量爆發，軾親。
皇甫慕雲為解救天女，以盤古斧之力進入山海界，陸承軒也被壹同帶入。
軒轅劍伍故事開始，皇甫慕雲救出天女之魄，積極收集不滅之火意圖以朱雀靈獸解救破除青龍靈獸的封印。
陸承軒與夏柔相識，同去遺世之都接受繼任青龍聖者的測試。
夏柔被選中為第三任青龍聖者，尋找失散的二十八顆星曜石。
天女之魄青魅占據青龍聖者身體，完成魄靈合體。
分支1：星曜石收集齊全。
朱雀靈獸復活，天女完全蘇醒。
因皇甫慕雲的犧牲，天女自願被再度封印。
分支2：星曜石收集不齊全，壹場惡戰後青魅被消滅，而皇甫慕雲和陸承軒同歸於盡，恢復為神器原形（按《天之痕》古月說法推測，普通結局為真結局）。
軒轅劍伍故事結束。
此為我們所存在的歷史。
在（青龍聖者所說的）人間界幾百寒暑後（估計就100+年），青龍聖者（夏柔）持軒轅劍（真）（約在公元363年前）踏碧波從夷洲方向回歸人間界，耶亞希由於劍氣的護佑靈魂不滅終與曾得到橫艾秘授機密的皇甫朝雲以靈魂狀態相聚，其後軒轅劍為水鏡所得！公元363年，桓遠之出生（註：此歷史不存在，原因見公元383年分支2）。
公元366年，慕容詩出生。
公元373年，太壹神殿大門千年壹次再度打開的日子，慕容詩再見桓遠之的日子（此時間按照計算得來，感覺有些劇情BUG）。
這個估計還要後點發生，因為會造成歷史上同時出現兩把軒轅劍，所以估計在桃園後面發生，軒轅劍也回歸人間界公元383年，淝水之戰。
分支1：秦國大敗晉國，桓遠之巧入雲中界，遭遇疾鵬，得知了五嶽陣和失卻之陣，遂利用天書和尚在神器殿的上古神器部下失卻之陣回到了春秋時代，意圖改變歷史。
但是此段歷史因為桓遠之的關系，使得存在率完全消失，所以也就不存在，也不是我們所經歷的歷史。
分支2：由於桓遠之成功的利用五嶽陣成功的影響了生克。
晉國大敗秦國，慕容詩在水鏡（留侯夫人）的幫助下，帶著這個時代的軒轅劍（劍是慕容垂給予，因此推測，軒轅劍應該在之前就從水鏡手中脫出，也許是因為水鏡看到軒轅劍，才願意幫助慕容詩），利用桓遠之在雲中界造成的時光裂痕，回到了春秋時代，也意圖改變歷史。
由於成功添加上“秦克晉”的生克，加速了歷史進程，所以此段歷史亦不存在（造成七曜使者的原因）。
（這個符合歷史發展）分支3：由於桓遠之成功在太壹輪上添加了“晉克秦”的生克。
晉國大敗秦國，慕容詩在水鏡的幫助下，帶著這個時代的軒轅劍（邏輯不完善的地方，按道理軒轅劍應該在山海界吧？！還是說那幾百寒暑只有100+年？！）利用桓遠之在雲中界造成的時光裂痕，回到了春秋時代，也意圖改變歷史。
但是沒能成功，與前世車蕓記憶融合，回到屬於她的時代。
（題外話：桃花源記故事發生的時代也就在於此）公元588年，揚拓（宇文拓）出生。
公元599年，獨孤寧珂出生。
公元600年，拓跋玉兒出生。
公元601年，陳靖仇出生。
陳朝遺族在江南興兵意圖推翻隋朝，復興大陳，但是遇到揚拓（宇文拓）以及所攜的軒轅劍，全軍覆沒。
公元602年，於小雪出生。
公元615年，8月，隋煬帝屠戮拓跋部落。
10月，陳靖仇開始學習鬼谷道術，張烈回到北方重整拓跋部落。
公元616年，3月，宇文拓利用自身力量得知天之痕所在以及修補方法，北上涿郡取神農鼎，獨孤寧珂提供代替虛空之陣的巴別之路，宇文拓開始修建通天塔。
4 月，獨孤寧珂告密宇文拓私藏神農鼎。
5月，陳輔帶陳靖仇去伏魔山尋找昆侖鏡，天之痕故事開始。
陳輔和饕餮同困伏魔山洞，陳靖仇月河村初遇小雪，6月（猜測），黑山鎮與玉兒相逢。
7月，宇文拓開始命令屬下執行萬靈血計劃，第壹次萬靈血雁門啟動。
拓跋玉兒混入龍舟行刺隋煬帝。
在豆子坑遇到程咬金等人，東萊第二次萬靈血，同時從獨孤寧珂手中取回神農鼎。
8月，得知公山鐵逝世，出海尋仙。
在歷經氐人，黑龍王，玉兒毀容等劇情之後，終於救出陳輔，且從仙山島回到中土。
之後宇文拓積極活躍於整個遊戲，萬靈血全部完成，小雪背叛，玉兒慘死。
同月，壹切真相大白，獨孤寧珂終於露出本來面目。
分支1：魔界降臨。
從古月聖口中隱約得知軒伍故事梗概。
陳靖仇壹行利用失卻之陣回到過去的時間點，以便阻止魔界入侵。
但是此歷史中，已經無法改變魔界降臨的事實，即使萬靈血已經被毀，可以阻止進壹步結界裂縫的增大，但是由於本屬於此歷史中的陳靖仇壹行的離開，對於之後的事態發展，無法預計，且此歷史已經不屬於我們所處的歷史了。
分支2：魔界降臨歷史中的陳靖仇壹行來到本歷史魔界尚未降臨之前的時間，成功的阻止了魔界入侵，殺死了魔化陳輔，完成了九天結界的封印。
天之痕故事結束。
公元625年，唐朝建立。
陳靖仇壹行人成功修補九天結界後所回到人間的時間點。
宇文拓帶著煉妖壺和藏有獨孤寧珂靈魂的伏羲琴，去了西方。
陳靖仇接管了軒轅劍。
宇文拓出發之前，仙狐谷小妖狐九天被收入煉妖壺中（原因後述）。
公元628年，陳靖仇和於小雪去終南山祭拜陳輔的衣冠冢，遇到投胎轉世的拓跋玉兒（小雪線結局，按照軒網的“三個人的時光”稱號任務，推測此結局為《天之痕》真結局）。
公元725年，獨孤寧珂的靈魂凈化完成（以公元625年為起點計算100年）。
公元730年，賽特出生。
公元741年，賽特開始為丕平擔任諜報工作。
公元749年，賽特奉命尋找戰爭不敗之術，軒轅劍三故事開始。
在威尼斯遇到惡魔妮可，在地中海認識薇達。
此段雖然賽特利用了穿梭時間的能力解救了自己，但是這是壹個必然的循環，所以不存在歷史上的分支。
公元750年，賽特到達中東地區，來到了肯迪之家學習占星術，之後大食內亂，與精靈卡瑪和黑貓安卡相遇，認識了從中國來的慧彥。
公元751年，賽特來到巴格達，認識石國王子遠恩與段秀實。
之後挾持了遠恩，壹行人行經怛羅斯，慧彥為阻止大食入侵，在戰場上陣亡。
之後經歷了壹段五年幻象的歷史，終於到達中國，住在翰林學士白連儀家，開始學習王道精神。
公元755年，賽特掌握安祿山謀反證據，通過密道闖入皇宮，在毀掉撒旦的肉身（麥爾斯）之後，被撒旦所殺。
公元756年，安史之亂，唐朝陷入動蕩時期。
賽特靈魂遇到李白，得返天山，在軒轅劍仙的幫助下復活，撒旦被封印。
賽特攜帶軒轅劍以及安卡來到 *** 地區，陪伴薇達，軒轅劍三故事結束。
公元766年，薇達身故，賽特回到歐洲，尋找妮可的轉世，且協助查理曼大帝建立大業。
公元786年，賽特身故。
其後，軒轅劍與煉妖壺壹同則輾轉回到中國。
公元855年，撒旦力量足夠，脫離煉妖壺（推測，不知是否有情節拓展）。
其後煉妖壺由少淵峰墨門保管，軒轅劍則由梁錯祖先保管。
青龍白虎修羅被收入煉妖壺（以上事件年代無法確認，但推測撒旦與墨門之間應無沖突）。
公元885年左右，左震河出生。
公元895年左右，裘千裏出生。
公元897年左右，冷仲秋出生。
公元905年左右，輔子洵出生。
公元906年左右，梁錯出生。
公元908年左右，丁蕓出生。
公元910年左右，江無雙出生。
公元925年左右，墨門掌門之女朱媛沅誤釋九天，被其噬魂附體，輔子洵重傷。
軒轅伏魔錄故事開始（以宣傳語“三百年後又起災亂”以及軒轅劍仙的出現進行推測，且《軒轅伏魔錄》在《天之痕》之後推出，故以《天之痕》結束時間公元625年為標準後三百年）。
輔子洵被丁群父女所救。
少淵峰墨門被九天所滅，輔子洵為報師仇和奪回煉妖壺開始追擊九天。
丁蕓父親丁群被殺。
之後遇到江無雙，左震河，裘千裏等人。
在仙狐谷，九天與七色祖父因交出內丹身故。
仙狐谷外，遇到尋找仙狐內丹的冷仲秋。
九天被追擊，無奈釋放煉妖壺中白虎修羅，投奔五將山修羅宮朱雀修羅，繼而釋放青龍修羅。
洛水，輔子洵壹行與梁錯擊退了敵人，但是軒轅劍仙被九天吸入煉妖壺，軒轅劍失去力量。
經過重重困難，終於救回了軒轅劍仙以及擊敗了四修羅。
修羅宮，決戰之後。
七色將自己的內丹交給了冷仲秋，恢復原形與同樣變回狐形的九天歸隱。
為輔子洵擋下致命壹擊的丁蕓，借朱媛沅身體還魂。
軒轅伏魔錄故事結束。
公元1216年，於小雪重新變回人形，常在終南山下陳靖仇與拓跋玉兒墓前回憶往昔（玉兒結局）。