南京研究生院校主要有南京大學、東南大學、南京理工大學、南京航空航天大學、河海大學、南京農業大學、南京財經大學等。
南京大學（985、211綜合類）；
東南大學（985、211綜合類）；
南京理工大學（國防985、211工科類）；
南京航空航天大學（國防985、211工科類）；
河海大學（211工科類）；
南京農業大學（211農業類）；
南京財經大學（財經類，雖然沒有研究生院也不是211工程院校，但是在經濟學方面也是不錯的）。
這以上七所學校在經濟學上如果分三檔的話：
第壹檔高校：南京大學。
第二檔高校：東南大學、南京財經大學、南京理工大學、南京航天航空大學。
第三檔高校：南京農業大學、河海大學。
南京部分研究生院校介紹：
1、南京大學
南京大學綜合性學科優勢明顯，匯聚了壹大批實力雄厚的基礎優勢學科，且新興學科發展迅速。
學科高原和高峰有利於高層次研究生成長成才。現有壹級學科國家重點學科8個，二級學科國家重點學科13個，“雙壹流”建設學科15個，江蘇高校優勢學科建設工程三期項目立項學科19個、江蘇省壹級學科重點學科18個。
2、東南大學
在東南大學創建世界壹流大學發展目標的驅動下，學校的優勢學科確立了以世界壹流學科為標桿建設高峰學科的目標，學科建設水平得到了整體提升。
工程學、計算機科學、材料科學、數學、物理學、化學、臨床醫學、生物學與生物化學、藥理學與毒理學、神經科學與行為科學、社會科學總論、環境科學與生態學、其中工程學列15位，進入ESI世界前萬分之壹，計算機科學列11位，進入ESI世界前千分之壹。
3、南京理工大學
南京理工大學是隸屬於中華人民***和國工業和信息化部的全國重點大學。
學校始建於1953年，1978年，獲批成為全國首批重點大學；1995年，學校成為國家首批“211工程”重點建設高校；2011年，獲批建設“985工程優勢學科創新平臺”；2017年，入選“雙壹流”建設高校，“兵器科學與技術”學科入選“雙壹流”建設學科。