趙昌文教授的研究工作主要分為兩個階段:在1996之前，他主要從事宏觀經濟理論、發展經濟學等領域的研究；1996之後，他的學術研究主要集中在公司金融和科技與金融領域。主持國家自然科學基金、國家社會科學基金、教育部博士點基金等國家級、省部級項目、國際合作項目和橫向科研項目30余項，研究經費500余萬元。從事經濟發展中市場機制與政府行為的協調、民營高科技企業信用模式與融資能力研究、殼資源公司價值評估理論與方法、不對稱信息下博弈定價模型等方面的研究。他出版了《入世後的中國經濟》（阿什蓋特出版有限公司，2006年8月）、《共同基金與投資者行為研究前沿》（科學出版社，2008年6月）和《投資科學》（清華大學出版社，2007年8月）、《中小型高科技企業:信貸與融資》（西南財經大學出版社，2004年10月第65438期）、《金融科技》（經濟科學出版社，2006年5月第438期）、《殼資源研究 20065438在Journal of Fixed Point Theory and Applications（SCI）、《中國經濟》（SSCI）、《非線性分析論壇》等國外期刊發表英文和德文學術論文12篇； 在《經濟研究》《管理世界》《中國產業經濟》《金融研究》《世界經濟》《數量經濟與技術經濟》《會計研究》《經濟學人》《人民日報》《光明日報》等國家級權威期刊發表中文論文120余篇。，並受到外國報紙和國際報紙的好評。先後獲得教育部人文社會科學優秀科研成果獎、四川省科技進步獎、四川省哲學社會科學優秀科研成果獎等省部級以上獎項7項。其中《從中小企業到上市公司:企業成長過程中的融資、並購與治理》獲2007年四川省科技進步壹等獎，為四川省第三屆軟科學。
趙昌文教授非常重視國際交流與合作，多次到國際知名大學訪問或從事合作研究，包括:1999年10月至7月，由EU-中國高等教育項目資助。他是英國牛津大學和利物浦大學的高級訪問學者，從事歐盟綠色交易所的合作研究。2000年4月至2000年6月，受香港文化發展基金資助，在香港中文大學從事中國國有企業與國有商業銀行債轉股研究，研究報告被收錄於香港中文大學國際研究叢書。2002年9月至2003年9月，在美國國務院富布賴特項目的資助下，我作為富布賴特項目的高級研究學者在密歇根大學商學院工作，主要研究“美國風險投資的運作和管理模式及其對中國的借鑒”。
近年來，趙昌文應邀參加了許多重要的國際學術會議。四川大學金融研究所所長邀請了30多位外國著名學者到四川大學講學，其中包括世界銀行副行長、諾貝爾經濟學獎得主約瑟夫·斯蒂格利茨博士和諾貝爾經濟學獎得主、英國劍橋大學教授詹姆斯·詹姆斯·莫裏斯博士。