商務部經審查，認定此項集中將對競爭產生不利影響，可能導致消費者被迫接受更高價格、更少種類的產品，同時還擠壓了國內中小型果汁企業生存空間，給中國果汁飲料市場競爭格局造成不良影響，並據此作出上述裁決。
商務部歷時半年作出裁決
2008年9月18日，商務部收到可口可樂公司收購中國匯源公司的經營者集中反壟斷申報材料。
2008年11月20日，商務部對此項集中予以立案審查。
2008年12月20日，商務部在法定期限內決定在初步審查的基礎上實施進壹步審查。
《反壟斷法》第二十六條規定：國務院反壟斷執法機構決定實施進壹步審查的，應當自決定之日起九十日內審查完畢，作出是否禁止經營者集中的決定，並書面通知經營者。
據上述規定，對於可口可樂收購匯源果汁案，商務部應最遲於2009年3月20日之前審查完畢，並作出是否禁止經營者集中的決定。2009年3月18日，商務部最終作出禁止該項集中的裁決，距離法律規定最後期限還差兩天。
就商務部所作的裁決，記者采訪了有關專家學者。
廣東百利孚律師事務所主任、長期關註和研究反壟斷法，並創辦了中國反壟斷反不正當競爭律師網的馮江律師認為：商務部所作出的裁決，首先在程序上完全合乎反壟斷法的規定，沒有逾期，也沒有超出職權範圍。
馮江律師認為：商務部對可口可樂收購匯源的反壟斷審查，依據的是《反壟斷法》第二十七條的規定，審查經營者集中應當考慮六項因素，其中最重要的因素是參與集中的經營者在相關市場的市場份額及其對市場的控制力。
從審查標準方面來看，《反壟斷法》第二十八條規定，經營者集中具有或者可能具有排除、限制競爭效果的，國務院反壟斷執法機構應當作出禁止經營者集中的決定。商務部主要采用了是否損害市場競爭的客觀“效果論”標準。
馮江律師認為，商務部所作出的裁決是合法的，有著充分的法律依據。
中國社會科學院法學所王曉曄教授也認同上述觀點。在王曉曄教授看來，此次收購被否決，對匯源帶來什麽樣的影響，還有待觀察。但縱觀這個裁決卻具有深遠意義。通過該案，不僅使老百姓對《反壟斷法》更為了解，而且也引起企業更加關註。
“可以說起到了典型的示範作用。”中國人民大學法學院教授、博士生導師吳宏偉也給出了極高的評價。
兩大企業並購案曾遭遇多重阻力
可口可樂收購匯源果汁案，人們關註已有半年之久。
2008年9月3日，匯源果汁首次對外發布公告，稱可口可樂旗下全資附屬公司提出以179.2億港元收購匯源果汁全部已發行股本。
可口可樂公司是世界飲料行業名副其實的“跨國巨頭”，其中在中國果汁市場，可口可樂占有9.7%的市場份額，緊隨匯源果汁之後。
匯源果汁，占據國內果汁飲料市場的“龍頭老大”地位。
可口可樂收購匯源果汁，顯然是壹起“強強聯合”的收購案。該交易壹旦達成，將成為可口可樂迄今為止在中國金額最大的壹筆收購交易。
《中華人民***和國反壟斷法》於2008年8月1日起施行，9月3日宣布的可口可樂收購匯源果汁案，剛好遭遇反壟斷法。這起收購案不僅引起財經界的關註，同時更引起法律界的廣泛關註。並在社會上引起較大的爭議。
第壹股阻力來自中國民間。
盡管可口可樂與匯源方面都宣稱並購不會影響匯源的品牌和生產，但是中國民眾還是發出了保護民族品牌的呼籲。網絡上關於可口可樂並購匯源案的議論壹度白熱化。
新浪網當時做的壹項調查顯示，近8成參與調查的網友反對此項並購案；超過7成的網友認為並購涉嫌外資消滅民族支柱企業。
盡管可口可樂方面壹再宣稱會繼續保留匯源品牌，匯源果汁董事長也宣稱品牌不應有國界，但網友的反對聲浪並未止住，媒體也依然質疑“可口可樂或將壹統果汁市場”。
第二股阻力來自同行。
有報道稱，該並購案宣布後，曾有多家企業聚集商討，準備聯名上書商務部反對此次收購。理由是可口可樂和匯源合並之後，將壟斷壹半以上的銷售渠道，加上可口可樂的財力支持，其他企業基本沒有生存空間。
而真正的阻力則來自法律。
如果早幾年發生該起並購案，我國反壟斷法尚未出臺和實施，那麽這起跨國並購案並不需要經過商務部的審查批準，雙方企業即可做主。而該起並購案剛好發生在我國反壟斷法實施壹個月之後，所以該起並購案能否最終成立，就必須報國家商務部審查。
可口可樂和匯源公司均表示接受裁決
3月18日晚，可口可樂公司宣布，由於中國商務部公布了不批準對匯源果汁業務建議收購的決定，因此可口可樂公司將不能繼續有關收購行動。匯源集團18日晚發出聲明稱，匯源集團尊重商務部關於可口可樂公司收購匯源果汁要約申請的批復。
“其實，根據《反壟斷法》第五十三條的規定，對反壟斷執法機構作出的決定不服的，可以先依法申請行政復議；對行政復議決定不服的，可以依法提起行政訴訟。如果可口可樂或者匯源公司表示不服，那麽還有救濟的途徑。”吳宏偉教授在回答記者可口可樂公司還有沒有其他途徑時表示。
然而，可口可樂公司和匯源公司均表示尊重商務部的裁決，表示他們已經放棄了繼續並購的念頭。