首先，從學校的整體實力和聲譽來看，浙江工商大學相對更強壹些。浙江工商大學是中華人民***和國教育部、中華人民***和國商務部和浙江省人民政府***建的浙江省重點建設高校，入選“卓越法律人才教育培養計劃”、“卓越農林人才教育培養計劃”，是全國深化創新創業教育改革示範高校、“浙江省國際化特色高校”首批建設單位、為中國（杭州）跨境電商人才聯盟發起成員、食品科學與營養國際大學聯盟發起成員、“壹帶壹路”高校戰略聯盟成員。而浙江財經大學也是壹所有著較強學科實力的財經類高校。
其次，從MBA項目的專業度和知名度來看，兩所大學的在職MBA項目都有壹定的影響力。浙江工商大學的在職MBA項目註重培養學員的實踐能力和創業精神，與業界合作緊密，擁有較為豐富的實踐教學資源。而浙江財經大學的在職MBA項目則更加註重財務、金融、管理等方面的理論知識和實際應用，培養學員的專業素養和實踐能力。
最後，從課程設置和學費角度來看，兩所大學的在職MBA項目也有所不同。浙江工商大學的在職MBA項目課程設置較為廣泛，涵蓋了企業管理、市場營銷、財務管理等多個領域，同時還有多個方向可供選擇。學費方面，根據2021年的數據，浙江工商大學的在職MBA項目學費為15.8萬元，而浙江財經大學的在職MBA項目學費為12萬元左右。
綜上所述，浙江財經大學和浙江工商大學的在職MBA項目各有千秋，選擇哪個更好需要根據個人的需求和目標進行評估。如果註重學校的整體實力和聲譽、專業的實踐性和創業精神等方面，可以考慮浙江工商大學的在職MBA項目；如果註重財務、金融、管理等方面的理論知識和實際應用、課程設置的靈活性和多樣性等方面，可以考慮浙江財經大學的在職MBA項目。