根據上述職責，四川省財政廳設21個內設機構：
（壹）辦公室。
負責文電、會務、機要、檔案等機關日常運轉工作；承擔重要文稿起草、政策研究、交辦督辦、信息宣傳等工作；組織績效管理、效能建設、政務公開、安全保密、來信來訪、政務接待等工作；承擔機關的財務、政府采購、國有資產管理工作。
（二）綜合處。
分析預測宏觀經濟形勢並提出改善宏觀調控的政策建議；參與研究收入分配政策和改革方案；參與住房改革政策的研究和制定，管理住房改革預算資金；會同有關方面擬訂土地收入政策；負責管理政府性基金；審批省級行政事業性收費項目，參與制定收費標準；承擔彩票管理的有關工作。
（三）財稅法規制度處。
研究提出財稅立法計劃和建議；協調組織起草財稅地方性法規、行政規章草案；承擔有關規範性文件的合法性審核工作；承擔有關行政復議、行政應訴工作；負責制訂財政執法責任制度並組織監督檢查；負責全省財政法制宣傳教育；負責國家賠償費用管理工作；按照管理權限管理全省稅政事項。
（四）預算處。
研究擬訂財政政策、財政體制、預算管理制度和中長期財政規劃建議；負責匯總年度地方財政預算，編制年度省本級財政預決算草案，辦理預算追加事宜；負責省級部門預算編制統籌協調工作，承擔省級部門預算審批及調整工作；承擔省級部門支出標準體系建設及項目庫管理工作；承擔省級部門基本支出預算調整及執行工作；研究建立財政支出績效評價制度，負責省級支出績效評價牽頭工作；承擔省對市（州）、縣（市、區）財政轉移支付工作；承擔政府性債務管理工作；承擔全省財政收支綜合平衡、增收節支相關工作；辦理財政結算事宜。
（五）基層財政管理處。
負責擴權強縣（市）改革的具體工作；負責指導鄉鎮財政建設工作；參與涉農補貼政策研究；負責縣（市）、鄉（鎮）財政考核工作；負責指導鄉(鎮)財政改革工作；負責縣（市、區）、鄉（鎮）財政信息公開工作；協助開展農村公益性建設工作。
（六）國庫處。
組織預算執行和分析預測；組織實施總預算會計、行政單位會計及政府會計制度；制訂全省國庫管理制度、國庫集中收付制度；指導和監督省級國庫業務；承擔國庫現金管理和財政資金調度工作；負責管理財政和預算單位賬戶；負責總預算會計核算;承擔地方債券管理的有關工作；負責審核匯總全省和省級年度財政總決算及部門決算，批復省級部門決算。
（七）非稅收入征收管理處。
參與制訂和執行非稅收入管理政策；承擔組織實施政府非稅收入征管和監繳工作；監督和管理財政票據；負責罰沒物資監管及有關工作。
（八）行政政法處。
承擔行政、政法等方面的部門預算有關工作，擬訂行政性經費的財務管理制度；參與研究制定行政、政法經費的開支標準和定額；負責管理相關專項資金工作；審核部門（單位）決算。負責擬訂全省行政單位國有資產管理制度並組織實施，制訂省級機關國有資產收益管理辦法，對省級機關國有資產的管理工作進行指導和監督檢查；負責省級機關國有資產經營收益財政專戶管理工作；制定省級行政單位資產配置標準。
（九）教科文處。
承擔教育、科技、文化等方面的部門預算有關工作，擬訂相關事業單位財務管理制度；參與研究制訂財政支持教科文事業發展的政策；擬訂新聞、出版和電影行業的財務制度；承擔義務教育經費保障機制改革的具體工作；承擔省級國有文化企業財務管理有關工作；審核部門（單位）決算；負責擬訂全省事業單位國有資產管理制度並組織實施，制訂省級事業單位國有資產收益管理辦法，對省級事業單位國有資產的管理工作進行指導和監督檢查；制訂省級事業單位資產配置標準。
（十）經濟建設處。
承擔工業、交通、糧食、環境保護、質監、安監等方面的部門預算有關工作，擬訂全省經濟建設、商貿流通、能源資源和環境保護等財政政策，承擔相關政策性補貼、專項儲備資金和專項資金管理的有關工作；審核部門（單位）決算。
（十壹）農業處。
承擔農業、林業、水利、氣象等方面的部門預算有關工作，研究財政支農政策；擬訂財政支農資金管理辦法和有關財務管理制度；承擔支農專項資金和農口救災資金管理工作，統籌安排財政扶貧資金；負責對以生產資料為補助對象的有關補貼兌付及監管工作；審核部門（單位）決算。
（十二）社會保障處。
承擔社會保障、民政、衛生等方面的部門預算有關工作，研究提出相關財政政策;負責管理社會保障和就業及醫療衛生財政資金；擬訂有關資金（基金）財務管理制度；承擔社會保險基金財政監管工作；編制省級社會保障預決算草案；編制省級社會保險基金決算草案；指導編制並審核全省社會保險基金預決算草案；審核部門（單位）決算。
（十三）企業處。
研究擬訂支持企業改革和發展的財政政策；承擔國有資本經營預算的有關工作；研究提出省級財政支持有關行業、企業發展的政策及相關專項資金；擬訂企業財務制度，負責組織實施企業財務信息收集報送、財務會計報告編制相關工作；承擔有關資產評估管理工作。
（十四）投資管理處。
承擔發展改革、建設、國土資源等方面的部門預算管理工作；會同有關方面擬訂能源、礦產等國有資源收入和支出政策；參與擬訂政府建設投資的財政政策；負責政府建設投資預算管理；制訂基本建設投資財務管理制度；負責政府建設投資項目決算監督；承擔專項資金管理工作；負責政府投資評審管理工作；審核部門（單位）決算。
（十五）金融處。
承擔財政政策與金融政策協調配合的研究工作；負責地方金融類企業國有資產管理的有關工作；擬訂我省地方金融類企業財務管理、資產管理的各項制度；編制國有金融資本經營預算，負責監繳地方金融類企業國有資產經營收益；負責實施對地方金融類企業的財務監管；管理全省政策性金融業務。
（十六）外事外債處（省外國政府貸款辦公室）。
負責全省非貿易外匯管理；制訂外事財務制度，承擔省級涉外部門預算的有關工作；參與省級部門因公出國(境)經費預算管理工作；擬訂全省涉外、商務發展財政財務政策及財務制度，負責相關專項資金管理；負責我省國際金融組織（含世界銀行、亞洲開發銀行、國際農業發展基金會、歐洲投資銀行、全球環境基金等）和外國政府貸(贈)款的全過程管理；負責國際金融組織和外國政府貸款資金的使用和監管，建立償債機制；負責廳機關外事接待和因公出國(境)考察、培訓工作。
（十七）會計處（行政審批處）。
管理全省會計工作；貫徹實施國家統壹的會計法律、法規和會計制度，提出全省會計改革的政策建議；管理全省會計人員的考試和業務培訓，指導和管理社會審計工作；指導和監督省註冊會計師協會的工作，負責經濟鑒證類社會中介機構的清理整頓工作；負責廳機關有關行政審批事項。
（十八）政府采購監督管理處。
參與起草政府采購法規；擬訂全省政府采購政策和管理制度；擬訂政府集中采購目錄、政府采購限額標準和公開招標數額標準；負責管理評審專家、供應商信息庫；負責審核省級政府采購預算；核準省級政府采購方式；監督管理省級政府采購活動；負責政府采購信息化建設；負責政府采購供應商投訴處理。
（十九）四川省農業綜合開發辦公室。
擬訂全省農業綜合開發政策及項目、資金財務管理辦法；編制全省農業綜合開發規劃；統籌安排和管理全省財政農業綜合開發資金；組織檢查農業綜合開發項目的執行情況。
（二十）人事教育處。
負責廳機關、直屬單位的機構編制和人事管理工作; 調查研究全省財政系統幹部隊伍和精神文明建設情況；制訂並組織實施全省財政系統教育培訓規劃;負責對四川財經職業學院的管理。
（二十壹）離退休人員工作處。
負責機關離退休人員工作；指導廳直屬單位的離退休人員工作。
四川省農村綜合改革領導小組辦公室 起草全省農村綜合改革規劃、方案和重大政策措施；指導和推動改革工作。承辦四川省農村綜合改革領導小組的具體工作。
機關黨委 負責機關及其直屬單位的黨群工作。其辦事機構的設置方式，由財政廳黨組按照省委規定確定。