故事的開始，柯南身份被琴酒和伏特加識破並被擒住，小蘭眼看就要遭遇毒手……原來是壹場夢。
小五郎被請去參加警視廳召開的案件偵破會，發現裏面的警察都是熟面孔……
警視廳的松本警視、靜岡的橫溝警部（哥哥），神奈川的橫溝警部（弟弟），群馬的山村警部（爆！他居然比佐藤升得還快！真的像柯南想得壹樣“群馬縣警署，沒問題麽？”）、
長野的大和警部，崎玉的荻野警部（某惜認為是個有著危險氣息的新人物）、京都的綾小路警部，長野的上原刑事。
當然還有永遠都少不了的，東京的目暮、白鳥、佐藤、高木跟千葉。
需要偵破的案件是發生在東京以及周邊省縣的連續殺人案，死者們身份看不出什麽***同點，但是他們死後都被拿走了壹件隨身物品，卻留了張麻將牌在身邊。
期間柯南說千葉好像瘦了，千葉很高興的大講特講。而小五郎則說白鳥好像胖了，白鳥很尷尬：“別開玩笑好麽？我也是每周去兩次健身房的呢！”
偵破會後，山村隨口唱著《七つの子》，原因是在廁所裏聽到有人用手機按出了相似的聲音，柯南震驚追出去壹看，壹人走進了黑色保時捷356A。
柯南從而確定偵破會的眾多參與者當中，混有易容高手貝爾摩得。
後在商廈追捕嫌疑犯時，柯南發現被作為人質劫持的人居然也是貝爾摩得假扮的，營救之後找她問事情原由。
原來是被害者當中壹人被拿走的物品當中，夾帶著組織裏的NOC名單。
柯南看到貝爾摩得也得出結論，潛伏在警察當中的人是他人假扮，而被替換的人是誰呢？（秘密！說出來就沒意思了）
而這時壹個神秘的黑衣組織成員IRISH，正在緊鑼密鼓的調查柯南的身份，也得出柯南=新壹的結論。（通過黑衣騎士面具上新壹的指紋，跟美工課柯南捏的海豚上的指紋對比）
之後演出了壹出黑衣組織阻攔警察去最後壹個受害者家的狙擊戲，當基安蒂的槍瞄準高木說了句“可愛的男生”，而科恩的槍瞄準佐藤說了句“不錯的女人”，
兩人同時射擊時，真是嚇死某惜了……（我家高木呀！可千萬不能有事兒。當然了……他家的佐藤最好也別出事兒）還好只是車軲轆被打爆了。
佐藤也感覺出那是狙擊，當然跟高木說了，可是我家單純的高木說她應該是多心了。可佐藤還是懷疑警察隊伍裏混了奸細（敏感而警覺的女人啊）。
佐藤、高木在博士、小哀跟偵探隊的聯系之後，成功解救被調換、關押了10天的人物。
故事的最後柯南在服部、灰原的幫助下，推理出連續殺人案的兇手會出現在東京塔，趕去、遇到兇手、又遇到假扮警察的IRISH，對方拿到了想要的名單，
小蘭為了保護柯南與IRISH發生激鬥，被打倒……（個人認為小蘭被打倒的原因是，她踢壞了他的假面，那時候他的臉看起來像毀了容的僵屍……）
柯南為了保護小蘭引IRISH來到東京塔頂，從他的話裏得知自己身份已被拆穿，但是IRISH不想殺死他，
而是要帶柯南去見“那位大人”，以琴酒的重大過失來扳倒琴酒，因為琴酒輕易的就殺死了那個IRISH當做父親般尊敬的匹斯可。
所以他並沒有將柯南的真實身份說出去~~~就在他要擒住柯南的時候，琴酒等人乘直升機趕來，求證IRISH已經拿到名單。
可是就在IRISH拿出名單的SD卡，在琴酒的要求下不斷向前走之後，基安蒂開槍打穿了SD卡跟他的胸膛……
柯南想救IRISH，這時IRISH明白了貝爾摩得為何要掩護柯南，他說：“工藤新壹，妳只要壹直追查真相就好！”然後他就為了保護柯南被打死了……
之後琴酒抓狂了，開始用飛機上的機關槍瘋狂掃射，直升機的探照燈不停的照到躲避中的柯南，機槍壹次次的從他身邊掃過，可是僅僅只是打中壹下。
而琴酒還有飛機中的其他三人，居然都沒有看到柯南。
就在柯南被逼入絕境（真面目快給看到了）的時候，巧用博士的新發明，不但脫險，還打掉了琴酒的飛機。（好強悍的發明）
眾多警察趕到，營救成功~~~歡喜大結局！
看到飛機墜落、爆炸，騎著機車在周圍轉的貝爾摩得不禁露出笑容：“真不愧是銀色子彈呀！”（好多字，累……）
後來柯南得到消息，直升機的殘骸中沒有任何人的遺體……也就是說，肯定是在墜落前跳傘離開了直升機~~~
最後的最後就是壹如既往的冷笑話大王，阿笠博士的冷笑話了:
今年（的這天）下著雨，只有七夕那天才能相見的牛郎跟織女，就隨意的決定在コイビトとともに過ごす日（與戀人壹起度過的日子）簡略為コイともの日見面。
接下來，那壹天是下面的哪壹個呢？
1）1月1日の元旦 2）2月2日頃の節分（2月2日左右的立春） 3）3月3日の桃の節句（3月3日的女兒節） 4）5月5日の端午の節句（5月5日的端午節，也是兒童節、男兒節）
答案是：4！
原因：5月5日是兒童節，也就是“子供の日”，分開寫成“子イ ***の日”，發音就是“コイ ともの日”，也就是“戀（コイ）ともの日”。
（真是有夠冷——|||）
首先劇場開頭是很可怕的，晚上柯南在偵探事務所2樓裏取東西的時候，門外有動靜，柯南去查看，結果回來的時候ジン和ウォッカ卻突然出現在屋子裏，ジン堵住了柯南的嘴巴，並說了壹句好久不見啊，江戶川柯南，不。。。。是工藤新壹，之後掐住柯南的嘴把他舉了起來，小蘭下樓來尋找柯南，這時候ジン使了個眼色對ウォッカ，然後說看看和妳有關的人都是怎麽玩完的吧，門口的玻璃出現了小蘭的身影，柯南被堵住嘴巴說不出話，ウォッカ舉起了槍，門開了，但是沒有槍聲，原來只是個夢，到最後隨著柯南壹句蘭這樣的大喊結束了開頭
少年偵探團壹行在米花之森裏捕捉甲蟲，柯南在這裏獲得了博士新開發的背帶，竟然可以吊起元太，（這東西在劇末有大用處）其中發現有壹只雌性甲蟲背上帖了帶有OPEN的交叉紙條封印，這是之後的關鍵情報之壹，之後對“標簽甲蟲”的懸疑再次以博士的冷笑話把這個猜測謎題結束，而那個冷笑話是關於中國傳說牛郎和織女的哦
案件是壹個以麻將牌為提示的連續殺人事件
其次是警視廳的內奸，具體的發現是因為那個群馬縣的冒失警察（本劇場版裏已經晉升為警部）在開會後哼哼起了七只烏鴉的旋律，被柯南聽到後追蹤，結果發現了某個警察進了那輛黑色的保時捷，佐藤警官向周圍人提起了毛利偵探辦案時候柯南給的許多提示和不可思議的故事，被某內奸聽到（這個內奸大家絕對想不到多厲害，稍後揭示）
會議中的時候，毛利的冒失推理讓暮目警官贊嘆要是工藤新壹在就好了，橫溝警官說工藤好久不出現了，這時候高木竟然冒失的說出在黑衣騎士的時候工藤出現的故事，被某內奸聽到
壹個黑影在屋子裏用了電腦，因為他是內奸，所以很容易就入侵了警視廳的電腦，屏幕顯示了許多江戶川柯南的檔案
本劇場版首次把TV內容和劇場連接起來，其中包括黑暗騎士章，灰原與組織重逢章，鏡頭轉向柯南和同學在帝丹小學的手工課泥塑，光彥捏的是甲蟲，步美是月兔，而原太是鰻魚- -|||，柯南是海豚
深夜，壹個黑影分別侵入了帝丹高中以及帝丹小學，這就是那個內奸，因為他了解了柯南的資料和壹些故事後產生懷疑，拿走了海豚泥塑上的鰭和黑衣騎士的衣服，對比了海豚鰭上的柯南的指紋以及黑衣騎士演劇的套裝上工藤新壹的指紋，結果發現98%壹致！此事鏡頭轉向小蘭打碎了柯南的飯碗，似乎暗示了什麽厄運
此後嫌疑人鎖定無關人物，抓捕過程中又是那個群馬警部提早亮出了警官證導致抓捕壹度失敗，嫌疑人的女友緊張下以刀威脅警察要放了他男友，並用刀刺向琦玉縣警部（首次登場的警察之壹，有幾分妃英理的氣質），這時候目暮警官擋下了那壹刀，也就是預告片了的那段，並非是被黑暗組織的人刺殺，嫌疑犯本人則劫持人質，而那人質不是別人，正是苦艾酒裝扮的人，之後柯南偷偷跟到了地下停車場揭露她的身份，理由是追蹤眼鏡看到她左褲筒裏有手槍形狀的痕跡，至於苦艾酒為什麽故意被劫持，我就留個謎底吧，苦艾酒給了柯南的提示是組織的另外壹個人，愛麗舍，即那個警視廳內奸。。。愛麗舍是新人，是我自己根據日語發音翻譯的
鏡頭轉向關西的京都和大阪，柯南給服部電話，要他調查那個京都賓館火災事件，可是和葉在旁邊嚇了服部壹跳，於是在窗邊接電話的服部險些從3樓掉下去摔死
預告片中雖然黑暗組織的狙擊手瞄準了佐藤和高木的頭，但是打的卻是汽車輪胎，他們還沒那麽傻直接和警視廳對著幹，只是給了個警告，之後佐藤開始懷疑警視廳內有內奸，因為他們的行動路線被掌握
真正的嫌疑人是壹個十分娘娘腔的男人，姓水谷，女友叫奈奈，死於壹起賓館火災事件，至於事件和復仇理由我也留作謎底，本來是7張麻將牌，但是聽到有人說真正的嫌疑人水谷說到8個人不能原諒時候明白了
毛利小五郎雖然開始推理錯誤，但是後期在群馬山野觀看北鬥七星時得到啟發，成功推理了壹些脈絡
警視廳壹行向東京塔奔襲
而博士那邊接連發現身上貼有交叉封印的甲蟲，少年偵探隊的小朋友們認為這是求救，於是到了第壹次目擊甲蟲的地點，這時候回憶預告片，那時候少年偵探隊3個真正的小學生似乎被襲擊了驚訝的慘叫，但是事實上那是博士不放心他們被灰原勸說來到了樹林的突然出現嚇到了步美等人，在那裏發現壹個小屋，但是亮著燈，裏面閃過拿手槍的人的身影，於是博士給高木和佐藤電話，高木佐藤臨時改道去了米花之森，森林入口閃過壹輛摩托車，不是別人的，正是苦艾酒的車子，而那個屋子裏閃過的拿槍的影子。。。
警視廳長松本和眾人到達東京塔
柯南則通過調查知道娘娘腔的水谷和奈奈的興趣是看星星，單槍匹馬到了東京塔，水谷似乎正準備結束自己，柯南又壹次像忘記了黑暗組織壹樣開始耍酷做推理
最驚險的時刻，突然發現壹個黑影閃過，白鳥，千葉等警官竟然全被打昏！！！！！
推理結束的時候，奈奈的哥哥抓狂，拿出刀子刺向柯南，柯南準備反擊，手槍突然響了，警視廳廳長松本出現，還說真及時啊
但是。。。。。。為什麽那些打昏的刑警裏沒有警視廳長呢。。。因為現實是可怕的，於此同時米花森的小屋裏那個人真的發現了壹個被綁架的人，那人不是別人，正是松本廳長本人！而東京塔的松本廳長卻是黑衣組織的人偽裝的，那個偽裝者，就是愛麗舍！！！柯南早就知道這個松本是偽裝的，於是舉麻醉槍射擊，不料射偏。。。
小蘭為什麽會出現在東京塔呢，因為園子在看電視直播東京塔的時候電視裏獨自奔襲的柯南被電視臺鏡頭捕捉，園子打電話給蘭說發現了柯南的位置，正擔心柯南的蘭知道了之後立刻去了東京塔
奈奈的哥哥舉刀刺向假松本，但是此人功夫了得，反而壹個勾拳打得對方吐血
柯南又開始耍酷推理，說出了愛麗舍的偽裝和黑組織的壹些事情，不料後來愛麗舍壹句話讓他當時就閉嘴了。。。愛麗舍揭露了柯南就是工藤新壹！但是他沒有告訴過琴酒和伏特加，至於為什麽，就是因為聯系到灰原遭遇黑暗組織的那集裏，當時琴酒殺了任務失敗的皮思可，而那個皮思可是愛麗舍尊敬如父親的人啊。。。所以愛麗舍緘默了，即便早知道了柯南的正體也不說給琴酒那些貨色！
之後開始虐柯南，比毛利扔柯南更可怕，壹頓暴打。。。拳拳將柯南打飛，最後壹下踢飛到墻角
之後經過壹段時間，蘭來到柯南那裏，但是她不知道這個松本是假的，先去關照了柯南，看到了預告裏柯南的話，蘭，快逃跑。。。蘭回頭卻發現假松本用手槍指向了她，於是事情回到了TV第壹集新壹告訴蘭子彈的原理，偽裝的松本開槍的時候蘭竟然成功躲避了槍擊，但是飄逸的長發被打碎不少
這個假松本（愛麗舍，非常強壯，而且竟然是蘭級別更以上的空手道高手）蘭的幾次踢頭攻擊全然無效，而最後壹次踢頭把愛麗舍的假臉踢爛了壹半，漏出半張真臉（可以參照NARUTO裏的大蛇丸），於是蘭被嚇了壹跳，驚訝和恐懼之余，反而被愛麗舍壹拳打飛，正要結束蘭的愛麗舍，突然聽到了新壹的聲音，驚訝之余（因為他知道柯南就是新壹）但是不知道變聲器，於是放棄了蘭去追擊柯南，柯南將手表燈埋在門後，愛麗舍看到手表的燈亮後以為柯南在屋子裏就開槍。。。結果卻不是。。。
這時候柯南突然出現，壹個足球踢出去，不想愛麗舍極為強壯，再次無效，而且愛麗舍槍法極準，對著柯南能發出充氣皮球的腰帶和強力踢鞋就是幾槍，於是柯南的寶貝道具除了開頭的新背帶，變聲蝴蝶結和眼鏡，還外寄存在東京塔服務員那的滑板以外，裝備全部報銷
經過追擊，到了塔頂，柯南在樓梯後埋伏壹個漂亮的飛踢成功讓強壯的愛麗舍頭撞臺階眩暈，柯南奪槍，但是黑色直升機突然出現。。。。柯南壹猶豫，愛麗舍反擊，掐住柯南的脖子按在地上。。。在此我不解釋的那個秘密。。。因為那個秘密，愛麗舍被琴酒下令讓基安蒂用狙擊槍殘忍殺害了。。。。琴酒。。。。真是太殘忍了，對待同伴毫不留情啊。。。之後快死的愛麗舍知道自己被組織背叛反而告訴柯南，妳要繼續追擊下去啊，將黑暗組織揭露！
柯南被直升機的機槍追到塔頂，機智的他利用了他的背帶伸長反彈能力，自己用背帶跳到了東京塔中部，背帶強力伸縮反彈將壹個東西彈起，正好擊中了黑色直升機，直升機墜毀。。。而琴酒等人生死如何？結果還是在墜毀前逃掉了。。。看著墜落爆炸的直升機，苦艾酒冷笑著說做的不錯嘛，真不愧是我的銀色子彈
到此結束了。。。。
倉木麻衣歌曲之後，預告柯南決定制作14目劇場版，背景是波浪滔天的大海上壹個快墜落的飛艇。。。
1.引爆摩天樓
講述了壹個絕對對稱完美主義的建築師利用頻頻發生的爆炸案對柯南發起的極限挑戰的故事。是壹部制作得極其精良的作品，從故事情節上來說，並不是壹個簡單的殺人事件，而更像是美版的“虎膽龍威”以及“007”系列的綜合版。在頻頻發生的爆炸案要求柯南必須在瞬間做出果斷的抉擇，同時還要時刻警惕罪犯向下壹個目標發起攻擊，此外柯南還必須發揮他的超級推理能力，將隱身於幕後的黑手繩之以法。全劇的推理性並不強，兇手幾乎是顯而易見的，它的勝利在於驚心動魄高潮叠蕩的故事情節和氣勢宏大又充滿真實感的火爆場景，當然新壹和小蘭之間的真情流露也是另壹個不容忽視的賣點。劇中制作人員非常註重場景的真實性的表現的。高聳入雲的米花大廈，氣勢恢宏的鐵路大橋以及復古風格的兒童公園都顯得是那樣的美麗真實，給人壹種身臨其境之感。而頻頻出現的逼真爆破場面，更是錦上添花。而結尾處，那根連系著新壹和小蘭的拯救世人命運的紅線觸動了多少人的心啊！
2.第十四個目標
講述了壹個因交通意外而失去味覺的調酒師所展開的瘋狂報復的故事，此劇秉承了《柯南》系列壹貫的作風：變態的犯罪策劃者，驚險的爆破場面，以及接連發生的兇殺案。唯壹的例外是加入了小蘭的父親毛利小五郎和分居的妻子妃英裏的感情糾葛戲。華麗的布景可以說是它最大的賣點，特別是故事的高潮發生地——宏偉而神秘的海上飯店，在制作場景時，制作人員將東京以臺場為中心的沿海街區真實的再現於動畫中，加之以此真實地點為原型的而構造的海中摩天大廈，效果可以說是異常的浪漫動人。再加上那首由日本著名樂隊ZARD演唱並被公認為《柯南》所有劇場版裏最動聽的主題曲——《仿佛回到少女時代》，以及結尾處小蘭和柯南的“意外之吻”,令這部電影火爆上線!
3.世紀末的魔術師
柯南最強的對手－－“怪盜KID”再次登場，這次是竊取壹顆羅曼諾夫王朝的皇室秘寶“回憶之蛋”。同時,小蘭也開始懷疑柯南與新壹的關系，名偵探——江戶川柯南，終於要面對他生平最大的危機，也是史上最難解的謎團！透過彩蛋，可以看到俄國沙皇尼古拉二世的全家福，很感人的畫面。
而這彩蛋也引來了殺身之禍。
在制作此劇時，工作人員為了貫徹柯南系列所特有的那種寫實場景風格，拍攝了大量的實景照片，取景地點從大阪到橫須賀，範圍大到豪華客輪小到民宿民宅，連步美所住的那棟豪華住宅，就是取景於青山剛昌本人所居住的高級住宅樓。本片中的登場人物非常之多，幾乎柯南系列中的所有人物都出現了，尤其是慣偷KID常常變裝，在眾人的眼皮下以多種形象出現，但因為故事情節的巧妙編排，所以看起來並無雜亂無章之感，反而顯得更加的跌宕起伏，曲折動人。
4.瞳孔中的暗殺者
很有懸念的壹部。劇中小蘭身處案發現場，由於種種原因而失憶了。但是因為連續殺人犯在開槍時，被小蘭看到了他的模樣，而小蘭即遭到了隨時被狙擊的命運！同時這件殺人案又有可能牽連警察內部，平時值得信任的刑警也被當作了嫌犯。為了喚起小蘭的記憶最好的方法就是讓他見到新壹，但是……柯南又要如何化解這次的危機！究竟犯人是誰？會是普通小嘍嘍，或是為居高階級的警察官！？柯南即將面臨史上又壹次最大危機！！這次的高潮部分發生在新壹變小的那個遊樂場，這次柯南又要壹顯他特工般的滑板工夫了……
5.通往天國的倒計時
該劇場景取材開始於永樂町的東京寶冢劇場正在興建的工地為題材.電梯的纜線斷裂的爆破場面、配電室的破壞所引發的停電、切換自己發電等等……壯觀場面為創作構想是第5彈的重點。劇場屋頂、觀眾席上方的興建工程，地下停車場…等等都是取景的所在地。 這次少年探偵団的戲份很多唷，少年偵探隊的大活躍呢!黑暗組織也隆重登場，當然啦，反派就是黑暗組織。請大家拭目以待 。
青山老師將會在原作配合第五彈電影劇情，再次讓黑暗組織出場，再讓電影劇情銜接。這是繼青山老師在漫畫中讓KID下戰帖，幫忙為「世紀末的魔術師」下伏筆之後，第二次幫電影銜接劇情。
終於那些家夥全員出動，看不見出口的殺人遊戲，現在，終於開始…… 危險的陷阱讓時間陷入停止。 那些黑衣人的背後擁有兇惡的陰謀，這些家夥目的到底為何 以地面上300公尺的摩天大樓為死亡舞臺，魔鬼般的手正在暗處悄悄伸向柯南！……
6.貝克街的亡靈
東京·米花市·米花市政大樓，這裏正在舉行，能夠壹舉改變全世界遊戲業界價值觀的模擬遊戲「繭」的發表會。結合了最先進技術的「繭」，其遊戲方式是先進入壹部外型酷似蠶繭的大型膠囊，透過計算機的操作讓遊戲者沈睡於歷史上曾經發生過事件的時代，並進行挑戰的虛擬體驗遊戲。柯南、小蘭、灰原以及少年偵探隊的成員們也接獲邀請，前往參加這場受到全世界矚目的發表會，並陰錯陽差的混入政界、財經界以及演藝界等代表人物的小孩群中，趁機乘上了「繭」。另壹方面，「繭」的研發者兼負責人—堅村，竟然在發表會會場遭到殺害。而在這起殺人事件發生的同時，壹個自稱「諾亞方舟」的人工智能闖入「繭」的計算機系統，並切斷身處虛擬世界的50名孩童所有能與外界連結的管道，對現實世界中所有的招待者宣布：「在這場解決歷史事件的遊戲中，只要有壹個人能夠存活到最後就算妳們贏。不過如果沒有人能夠存活到最後，參加遊戲的所有人就會葬命於此。」開始了壹場失控的遊戲……
少數知道柯南身份，同時也是工藤新壹的父親，世界名推理作家—工藤優作也是這場發表會的特別來賓。優作負責監修「繭」遊戲中的歷史事件，雖然能透過推理找出堅村遭到殺害的原因，但關於柯南壹行人，他只能在控制室看著他們的表現。柯南壹行人必須在「繭」所設定重現的19世紀倫敦貝克街，同時也是福爾摩斯留下無數傳說之地，挑戰壹連串的考驗。壹場結合虛擬實境與現實，用50條生命為賭註的遊戲即將開始！
7.迷宮的十字路
在東京有個“西國立市”神社，那裏有三名可疑男子在密談。突然有個戴著老翁面具的黑影男人出現，用日本刀和弓箭在瞬間將三人殺害。與此事件同時，大阪，京都也相繼發生了殺人事件。
根據搜查的結果，警視廳發布，被殺的5人都是往返東京?大阪?京都三大城市盜竊著名佛像和美術品的盜竊集團成員。他們似乎是以日本歷史上最有名的悲劇武將——源義經的故事《義經記》為名，首腦化名“義經”，部下以“弁慶”為首，各自以家將姓名相稱。是對盜竊集團懷恨之人所為嗎？還是內部分裂而殺人呢？警視廳對犯罪動機也沒有掌握有力的線索…… 壹方面，小五郎帶著柯南，蘭，園子到訪京都。在由緒的寺院——山王寺的住持告訴他們，8年前國寶級的佛像被盜走了，委托他們解讀可以判斷佛像藏匿地點的迷樣的畫像。
柯南從佛像被盜的事情懷疑是盜竊集團所為，事件開始向破解的方向進展。但很快，在他到達義經?弁慶的傳說流傳的make by whyarmy歷史遺跡——最著名的京都五條大橋開始追尋時，有個手持竹刀的男人突然來襲！ 在京都的五條大橋上，高個男子弁慶揮起長刺刀，牛若丸刀直劈而下！在欄桿上瞬間閃過的柯南驚奇的看到那個男子！那個男子竟是與工藤新壹並稱的西部高中生偵探-服部平次。平次是知道柯南的真實身份就是工藤新壹的少數幾人之壹。他也是為了追尋在大阪發生的盜竊集團成員被殺事件的真相到了京都。總是在較勁的柯南與平次這次為了查出事件的真相而戮力合作。
但是，兩人身邊有個戴著老翁面具的黑影男人！ 在綿密交織的京都十字路口上，隱藏於歷史暗影中的謎團與陷阱向柯南等人襲來！棘手案件與敏銳推理，友情與戀愛……還有全明星隊伍的聲優陣容！而且柯南的身體終於……？！
8.銀翼的魔術師
壹個女人來到小五郎處，請其幫助看守寶石。這女人名叫牧樹裏，是代表著日本的女演員。她收到預告稱有人將會去奪取她所擁有的寶石“命運的寶石”，而預告者正是怪盜基德。小五郎斷言：基德將會在樹裏擔任主角的傳統話劇的公演最後壹天前來盜寶。於是第二天，柯南，小五郎，小蘭還有少年偵探團壹起前往傳統話劇公演的東京汐留。柯南對小五郎的推理充滿疑問，於是自己推理基德的出現。然而，在那裏出現的竟是工藤新壹！
當然，那個新壹絕不是真的。但是，要證明那個新壹是假的的話，就需要柯南表明自己的身份。基德似乎明白這壹點，很大膽的想和小蘭在壹起。這時，在樹裏任主角的舞臺上上演了《約瑟夫王妃》的壹幕。被柯南看出真實身份的基德，如何盜走這藍色的寶石呢！？然後，對柯南他們更大的考驗是？
9.水平線上的陰謀
除了故事本身的不同，第九部劇場版的制作相當出彩，由於故事的場景設定在壹艘豪華遊輪上，這就為畫面的表現提供了很大的發揮空間，制作以後的效果也確實配得上這樣的背景，甚至影片上映前就有宣傳拿“泰坦尼克號”來相比了，雖說有些誇大，但未嘗不是壹個方面。實際比較柯南歷次劇場版以後，可以發現本片的場面還算是比較的恢宏奪目，理應屬於九部劇場版之中的上乘之制作。可以說這是壹部仿效好萊塢電影豪華場面的動畫片，特別是結尾驚心動魄的場景設置，聲畫視聽完全是壹幅動作片的手法，那麽不僅僅只局限於柯南迷們，所有喜歡動畫片的觀眾，似乎都適合看壹看這部電影。當然，對於柯南迷們而言，本片應該沒有讓他們失望，但是也沒有什麽新鮮的味道，只是華麗場面的增加而已。PS：毛利小五郎這次可是有勇有謀、文武雙全。
10.偵探們的安魂曲
接受謎樣男子的委托，小五郎和柯南壹行人前往橫濱。但是，卻中了那名男子的圈套，蘭和少年偵探團被扣為人質。男子限時12小時。該期間內若不能解開被委托的事件的真相，蘭等人便會被炸彈炸成碎片。更令人吃驚的是，那名男子，居然知道柯南的真身就是工藤新壹！
“關西的高中生偵探”服部平次、怪盜KID以及（基德扮的）白馬探也會登場！！
時間壹分壹秒的流逝。看四人的智慧較量與夥伴間的團結合作能否解開事件的關鍵、在規定時間內平安解救出蘭等人？謎壹般的委托人，黑影的真正身份是……
11.紺碧之棺
在小五郎的帶領下，柯南壹行人前往位於太平洋上的小島“神海島”上享受愉快的假日，蔚藍色的大海和無限的自然風光加上自古以來流傳的兩個“神海島”傳說讓這個小島成為遊客成群的度假聖地。蘭和園子在“海底宮殿”附近的海域享受有氧潛水，少年偵探團則玩起了神海島觀光課安排的尋寶遊戲。然而，覷意於傳說中的財寶的寶藏獵人們也潛入了這個迷人的小島上。蘭和園子意外的遭遇到壹名被鯊魚群襲擊的寶藏獵人，獵人的死是因為傳說中的寶藏嗎？急忙趕來的柯南發現了死亡的疑點，並和灰原壹起展開了調查。
“神海島”流傳這兩個傳說，壹個是沈入海底的古代遺跡“海底宮殿”，它是沈入神秘島海域的巨大巖石建築群，雖然研究者紛至沓來，但始終沒有人能解開“海底宮殿”的秘密，另壹個傳說是300年前活躍在加勒比海的2名女海盜“安妮·邦尼”和“瑪莉·雷德”遺留下來的財寶，據說她們乘坐的海盜船遭到英國海軍的攻擊時，只有她們2人勇敢的戰鬥。隨著調查的深入，迷壹般的文字“Jolly Roger”浮出水面，寶藏的秘密近在眼前。然後要接近真相總要經歷磨難，柯南他們找到的壹部分財寶被謎壹樣的寶物獵人搶走了，而寶藏獵人的魔手也伸向了蘭和園子，他們的目的究竟是什麽？隱藏在傳說中的真相是什麽？隱藏在海底宮殿中的秘密又是什麽？超越300年的暗號，柯南壹壹解明。
12.戰栗的樂譜
近日，發生了以音樂家為襲擊目標的連續殺人事件，被害人均出身於原著名鋼琴家領銜的壹所音樂學院。柯南等壹行人，受到了這位鋼琴家的邀請，出席由他出資建造的音樂廳的落成典禮音樂會。音樂會的亮點是巴赫彈奏過的管風琴和世界著名的斯特拉迪瓦裏琴的音色，以及擁有絕對音感的天才歌手的歌聲。
可是，在音樂會正式舉辦前，陸續發生了許多可疑的事件。
而在音樂會當天，柯南和女高音秋庭被襲,飄流在河流中,蘭等人所在的音樂會場，突然發生了大爆炸。眾人被包圍在火海中，河中的柯南和秋庭唱出了準確的音調,順利向警察求助,柯南等人在音樂會場外心急如焚