辦公室
負責文電、會務、機要、檔案、接待等機關日常運轉工作；承擔綜合性調研、統計工作；承擔政務信息、督查、值班、保密工作；負責機關財務工作；負責本系統應急管理、信訪和穩定工作。
組織人事處
承擔局機關和所屬單位的幹部人事、機構編制、隊伍建設等工作；負責本系統對外合作與交流，承辦外事工作；指導市工商幹校工作。
宣傳教育處
擬訂本系統幹部政治理論和思想政治教育工作規劃並組織實施；承辦先進典型的宣傳報道工作；負責紅盾文化建設，組織開展具有工商特點的宣傳工作。
法規處
起草工商行政管理地方性法規、規章；負責本局及有關單位制發的規範性文件的審核會簽；組織開展工商行政執法監督工作，承擔或參與行政復議、行政訴訟、行政賠償工作；承擔本局立案行政處罰案件的審核和聽證工作；負責本系統法制建設工作。
財務裝備處
擬訂本系統財務、國有資產和審計管理制度以及財務收支預算並組織實施；承辦本系統財務工作和資金安排；負責本系統裝備管理和國有資產管理；負責組織內部審計和業務指導工作，對貫徹落實國家有關財經紀律、財政法規制度情況進行監督檢查。
微型企業發展監督管理處
制定微型企業發展監督管理政策、工作規劃，協調市級部門做好微型企業發展監督管理工作，指導督促檢查各區縣工商局微型企業發展監督管理工作，指導開展微型企業創業人員培訓工作，為微型企業提供信息、咨詢等後續指導服務工作。
企業註冊管理處（個體私營經濟監督管理處）
擬訂內資企業、農民專業合作社、個體工商戶登記管理的具體措施、辦法，並組織指導其登記註冊與監督管理工作；指導規定範圍內的企業登記註冊並監督檢查其登記註冊行為；組織查處取締無照經營；調查研究個體和私營經濟發展與管理情況；核定註冊單位名稱。
外商投資企業註冊管理處
擬訂外商投資企業登記管理的規章制度、措施辦法並組織實施；參與起草有關外商投資企業管理的地方性法規；負責授權範圍內的外商投資企業的登記註冊和監督管理工作。
市場監督和消費者權益保護處
擬訂市場監管和消費者權益保護的規範性文件、規章制度及具體措施並組織實施；承擔規範各類市場經營秩序，組織市場日常巡查和專項整治工作，對市場經營行為進行監管；指導服務領域消費維權工作；組織實施流通領域商品質量監督管理、質量監測工作。
食品流通監督管理處
擬訂流通環節食品安全監督管理的規章制度和具體措施；組織實施流通環節食品安全監督檢查、質量監測及相關市場準入制度；承擔流通環節食品安全重大突發事件應對處置工作；指導全市食品流通許可證審核發放和監督檢查工作，以及流通環節食品安全有關工作。
廣告監督管理處
擬訂廣告管理的規章制度、措施辦法並組織實施；負責指導全市廣告業發展工作；負責廣告經營審批和廣告發布登記；對各類廣告活動進行監督管理；負責廣告審查員的培訓、發證和管理；指導廣告審查機構工作。
商標監督管理處
擬訂商標管理的規章制度、措施辦法；負責商標印制的審批和監督管理工作；負責著名商標的認定、保護和馳名商標的推薦保護工作；指導商標監督管理工作；負責特殊標誌、官方標誌的保護工作；指導和規範商標代理組織工作。
合同監督管理處
擬訂合同監督管理的規章制度；組織實施合同行政監管，負責合同格式條款監督；組織管理並實施動產抵押登記，組織監管拍賣活動；調解合同爭議。
中介監督管理處
擬訂市場中介監督管理的規章制度並組織實施；指導市場中介組織規範發展，搜集、分析、整理和發布全市中介產業發展、中介組織運行的信息；依法監管市場中介組織經營活動和經紀人經紀活動，指導市場中介組織建立信用機制。
企業信用體系建設管理處(企業信用體系建設工作協調小組辦公室)
擬訂企業信用管理規章制度並組織實施；負責企業信用聯合征信系統建設，組織成員單位開展企業信用信息征集整合與互聯***享；負責“重慶企業信用網”、“重慶企業信用信息中心”的指導管理；指導區縣（自治縣）開展企業信用體系建設工作；組織開展企業信用宣傳培訓，指導企業信用自律管理；開展信用體系建設調研與交流。
電子商務監督管理處
擬訂規範電子商務、網絡商品交易的規章制度並組織實施；負責商務網站和網絡經營主體的準入登記及網絡交易行為的監督管理工作；負責電子商務監管中跨地域糾紛的協調工作。
機關黨委
負責局機關和直屬單位的黨群工作。
離退休人員工作處
負責局機關和直屬單位的離退休人員管理工作，指導本系統離退休人員工作。