博士後流動站:地理學
壹流學科博士點:地理學、環境科學與工程
壹流學科研究生培養點:地理學、環境科學與工程。
兩個學科博士點:自然地理學、人文地理學、地圖學與地理信息系統、環境科學。
兩個學科研究生培養點:自然地理學、人文地理學、地圖學與地理信息系統、環境科學。
專業碩士培養點:工程碩士（環境工程、建築與土木工程領域）從1982到2013 10，中國科學院南京地理與湖泊研究所培養了近600名研究生（其中博士300余名）。
截至2014年末，中國科學院南京地理與湖泊研究所共有研究生182人（其中碩士生73人，博士生109人），博士後16人。
2013年，該院研究生孫瀟湘、戴雪獲“中國自然資源學會2013學術年會優秀青年論文獎”。
2014胡博士獲2014中國科學院優秀博士論文獎；2011級博士研究生朱夢媛、2012級博士研究生馬明明獲得2014年度中國科學院院長優秀獎學金。
2015 2013博士研究生劉曉涵獲2015中國科學院院長優秀獎學金；該院2013屆博士曹獲2014年度江蘇省優秀博士論文獎；2012的博士研究生馬明明、2013的博士研究生高金龍獲得2015年度中國科學院“優秀博士生”獎；該所趙大師在國際湖沼學會PEG2015大會上榮獲“優秀報告獎”。