黑衣組織是日本動漫《名偵探柯南》及其衍生作品中的壹個籠罩在神秘色彩中的跨國犯罪組織，首腦為烏丸蓮耶。
組織常在醫學界，財經界，科學界尋找有前途的人，再暗中以金錢收買。並聚集大量資金，開發謎樣的藥物以及足以影響全人類未來的程序。組織的成員都穿著“如烏鴉般漆黑”的衣服，柯南稱其為“烏鴉軍團”。
組織簡介黑衣組織是日本動漫《名偵探柯南》中的壹個籠罩在神秘色彩中的跨國犯罪組織，自劇情伊始便已經出現。主角工藤新壹因為看到了組織進行非法交易的場面而被琴酒灌下毒藥（APTX4869）滅口，卻幸運生還，並在藥物偶發作用下身體縮小成為小學生模樣。他化名為江戶川柯南，借住在青梅竹馬毛利蘭家的毛利偵探事務所，暗中調查黑衣組織。
該組織的真實名稱不詳，片中壹般以“黑衣（黑暗）組織”、“組織”代稱，組織的組成結構和目的也不明顯。但可以肯定，黑衣組織是壹個勢力很廣的大型犯罪組織，資產雄厚，並且在日本政界、經濟界和科學界有很深的人脈。慣用手法是操控重要人物的生死，再暗中以金錢收買，開發謎樣的藥物以及足以影響全人類未來的程序。FBI和CIA在多年前就已經介入了對組織的調查。
組織的代表顏色為黑色，其成員都穿著“如烏鴉般漆黑”的衣服（宮野明美語）。除Boss外，主要成員都以酒名作為代號。作者青山剛昌稱，有代號的成員基本屬於同壹級別。內部似乎有非常嚴格的紀律，不合格的成員、暴露組織身份的成員和背叛組織的成員都會被很快鏟除，做事絕對不會留下絲毫痕跡。而且保密性極強，即使成員之間也未必互相認識（比如灰原哀就未曾聽說過基爾等人）。
組織成立目的同樣不詳。成立時間不少於半個世紀，表現在TV 130《競技場無差別脅迫事件（前篇）》灰原的自言自語：“工藤君，也許妳不知道，妳已經深深地介入到我們組織從半世紀前就開始的秘密計劃當中了”。
另外，作者青山剛昌已明確表示黑衣組織與其另壹部作品《魔術快鬥》中暗殺第壹代基德黑羽盜壹、奪取命運之石“潘多拉”的“神秘組織”不是同壹個組織，怪盜基德在“漆黑的特快列車”系列以後也不會再與黑衣組織有交集。
組織計劃可能是開發某種神秘藥物，以達到使人永葆青春，或使時間倒流、死人復生的目的。現尚不明確APTX4869是否就是此藥物，因為琴酒本身是堅信APTX4869是殺人毒藥，而且開發者宮野誌保也曾打算用APTX4869自盡。但作者青山剛昌在訪談中介紹“長生不老”並非組織的目的。相關名言：We can be both of God and the Devil.Since we are trying to raise the dead against the stream of time. （我們既是上帝也是惡魔。因為我們要逆轉時間的洪流，讓死人復生。）——貝爾摩得委托他人（如板倉卓）開發壹款用途不明系統軟件。板倉卓透露自己“為了全人類”而決定終止軟件開發。