目前辦理商轉公貸款有兩種方式，壹種是先還後貸，壹種是以貸沖貸。
貸款償還方式是指已申請商業貸款的員工向中心申請將商業貸款轉讓給公眾。經中心同意後，員工將使用自有資金還清商業貸款並辦理擔保手續，然後中心將向公眾發放商業貸款。
貸款換貸款是指已經申請商業貸款的借款人從中心申請人轉向公共貸款。經中心同意後，借款人將提前還清商業貸款本息余額，並辦理擔保手續。中心發行人轉公貸款，借款人、擔保公司、銀行配合業務轉公貸款清償商業貸款並辦理房屋抵押反擔保手續。
先還後貸的方式受理環節少，適用範圍更廣。貸款償還方式基本不受貸款銀行的限制，但借款人需要先用自籌資金還清原商業貸款。再貸款申請人可以是商業貸款的借款人，也可以是產權共有人（共同貸款的份額應超過50%）。
不需要以貸轉貸的方式籌集資金，但受理環節多，適用範圍小。貸款申請人必須是商業貸款的借款人。借款人不需要通過催貸的方式全額還清原商業貸款，只需提前還清商業貸款本息余額與商業貸款的差額，放款過程中基本不需要自籌資金過渡。因為從發放公積金貸款資金到償還商業貸款和再抵押貸款，必須連續操作和同步進行，這需要商業銀行與中心密切合作，還涉及商業銀行的內部合規要求。因此，該中心采取的做法是與商業銀行簽訂合作協議，以貸抵貸並逐步推廣。目前，建行在市區辦理的商業貸款已經可以選擇轉貸款方式。
在市區建行辦理商業貸款融資有困難的員工可以選擇以貸抵貸，有融資能力的員工也可以采取先還後貸的方式。目前其他銀行辦理的商業貸款只能先還後貸。
申請人向公眾轉讓貸款時應提供以下材料:
（1）借款人和產權共有人合法有效的身份證明和結婚證。
（2）住房公積金繳存卡。
（3）商業貸款合同。
（4）貸款用於抵押的，須提供所購房屋的房屋所有權證和國有土地使用權證原件，先還貸款的，可提供銀行確認的復印件。
（5）用於償還經營貸款的銀行卡或活期存折。
（六）住房公積金個人貸款有關規定要求的其他材料。