區別主要有時間、類型。
具體如下:
1、國債壹般指期限在1年以上的債券，國庫券壹般是指期限在1年以下的債券。
2、（中長期）國債屬於資本市場工具，是壹種息票證券，國庫券屬於貨幣市場工具，是壹種貼現證券（發行價采用貼現價格，即以低於票面金額的價格發行）。
3、國債分為記名的和不記名的，國庫券是不記名國債。
4、國債主要是記帳式和憑證式債券，國庫券屬於實物性債券。
5、國債分為國家內債和國家外債，而國庫券屬於國家內債的壹部分。
擴展資料：
國債是由國家發行的債券，是中央政府為籌集財政資金而發行的壹種政府債券，是中央政府向投資者出具的、承諾在壹定時期支付利息和到期償還本金的債權債務憑證，由於國債的發行主體是國家，所以它具有最高的信用度，被公認為是最安全的投資工具。
國債的債權人既可以是國內外的公民、法人或其他組織，也可以是某壹國家或地區的政府以及國際金融組織，而債務人壹般只能是國家。
國庫券是政府的直接債務，對投資者來講是風險最低的投資，眾多投資者都把它作為最好的投資對象。國庫券的利率壹般雖低於銀行存款或其他債券，但由於國庫券的利息可免交所得稅，故投資國庫券可獲得較高收益。
隨著國庫券在經濟領域的退出，歷年發行的國庫券也成為了錢幣市場的收藏對象，受到投資者的追捧。
參考資料：
國債_百度百科?國庫券_百度百科