工程貿易系簡稱工貿系，由建築施工管理、會計、烹飪、幼兒教育與藝術五大專業組成，該系有專業教師54名，學生數達1300人左右。
工貿系以科學發展觀為統領，全面落實學校工作總體要求，堅持中職特色的辦學方向，以“壹切從學生出發、壹切從實際出發”為原則，圍繞“平安工貿”為基石，“技能工貿”為核心，“藝術工貿”為特色，“卓越工貿”為目標，大刀闊斧地進行課程改革，做好“精細化管理”和“凸顯技能核心”兩篇文章，力塑工貿品牌。
同時，利用學校資源優勢，08建築施工管理、幼兒教育與藝術、會計專業學生在對口就業的基礎上，繼續參加中央電大的開放教育專科學習，增加就業學生就業籌碼。
壹系列的改革帶來壹系列的收獲，08各專業對口就業率達98%，學生成為用人單位的“香餑餑”，建築施工管理專業，學生實習期間月薪已達1500元以上；烹飪專業優秀畢業生陳誌雲參加全國優秀中職畢業生報告巡演，受到中***中央政治局委員、全國人大常委會副委員長、中華全國總工會主席王兆國親切會見；服裝工藝與設計專業學生受到了多家用人單位的好評。幼兒教育與藝術專業吸引了300多名學生報名，經過面試、篩選，最終130名學生入選。 機電工程系為是學校順應地方經濟需求不斷蓬勃興起的重要系部之壹。
該系專業設置涉及機械、電子、計算機、汽修四大門類，有數控技術應用、機械加工、電子技術應用、計算機平面設計、辦公自動化、汽車運用與維修等二十五個班級，在籍學生千名。
該系師資力量雄厚，擁有壹支50多位專任教師組成的具有豐富教學經驗和企業實踐經驗的教師隊伍。其中有省級名師3人，南通、海門兩級學科帶頭人5名，本科達標率100%，雙師型教師比例高達70%以上。
機電工程系善於把握機遇，不斷打造精品專業，有數控技術、機械加工兩個省示範專業。配有數控、鉗工、機械加工中心、電工、電子等實訓車間，其中數控中心為中央財政支持的省級重點實訓基地，另外還有壹批能夠滿足各專業認識、生產實習和頂崗實習的校外實訓基地，為專業實訓的正常開展提供有力保障。
機電工程系堅持質量興系、特色強系，在“做穩、做活學生工作；做實、做優技能課堂；做強、做亮校企合作” 等方面取得了累累碩果。機電工程系將繼續秉承踏實肯幹、堅韌不拔的工作作風，發揚團結拼搏、奮勇爭先的工作精神，緊跟學校發展步伐，認真落實學校工作要點，以常規教育為抓手，以課程改革為契機，以技能比賽為平臺，堅持高起點定位，高效率運作，積極打造完美團隊，力塑機電品牌。 電子信息綜合系（簡稱電信系），原為綜合高中二部，全系設計算機應用、電子電工、機械、機電壹體化、服裝5個專業，有學生1400多人，28個教學班。有教師58人，其中教育碩士4人，高級教師、高級技師、雙師型教師35人，師資力量雄厚，結構合理，實訓設施設備齊全。
電信系因而格外亮點頻現：
2010年對口高考中，電信系 參加高考，本科上線人數77人，上線率49%，專科錄取率更高達100%。
2010年對口高考中，電信系的電子電工、機電、機械專業技能高考成績列南通市第壹名，專業技能領跑南通，領先全省。機械專業徐永賽等5名同學包攬南通市總分前五名，名列全省前茅。
電信系的吳開宇老師以全省第2名的好成績獲江蘇省第二屆職業學校語文優質課評比壹等獎。 財經商貿綜合系（簡稱財貿系）原綜高壹部，2009年9月組建，2010年更名為財經貿易綜合系。
財貿系由財貿系由財會、營銷、化工、農學、美術、烹飪等六大專業29個班級組成，學生總數1500多人，任課老師60余人，五大教研組。
財貿系十分註重教師的培養，實施“四大工程”：以“文化教師實踐化,專業教師技師化”為教育重點的“雙師型工程”；以骨幹教師、優秀教師為教學先導的“龍頭工程”；以人為本、實現以自我發展為中心的“充電工程”；以新教師三年成長計劃為導向的“培新工程”。
張振康老師在2009年的省技能大賽基礎美術項目比賽中獲壹等獎；在2010年的省技能大賽上，黃衛華老師獲種子檢驗項目壹等獎，學生陸星宇獲環藝設計項目壹等獎，師生***獲壹等獎2個，二等獎5個，三等獎9個。本科上線率更是令人矚目：2010年對口高考中，128人參加，本科上線56人。 該校大專部是江蘇聯合職業技術學院是在南通地區縣級唯壹壹家辦學點，實施五年壹貫制高等職業教育，教學實行理論和實踐並重的教學原則，培養著壹批既掌握理論知識，又具有技能的“高水平、高技能、高素質”的大學生群體。
自2004年學校成為“江蘇聯合職業技術學院”辦學點以來發展至今，該部有機電壹體化、工程造價、會計、計算機信息管理、應用電子技術等五個專業，其中工程造價專業在江蘇省五年制高職教育專業建設水平評估中榮獲“優秀”。歷年來大專部***計招生2016人，2010年，學校又添五年制大專新生380人。
學校為大專部專門配備了壹支以專業帶頭人為首、以骨幹教師為支撐的專兼結合的高職教師團隊。有專業教師69人，其中專任專業教師56人，高級職稱占比34%，本科學歷達100%，具有研究生學歷8人，占比23%，“雙師型”教師 43人，占比77%。每位專任專業教師都與企業緊密合作，堅持每年到企業鍛煉2個月以上。5個專業負責人均為對口專業高級教師，具備雙師素質，教科研成果較多，在省內有壹定影響。
大專部擁有真實職業氛圍、設備先進、產學研相結合的滿足五年制高職教學的5個校內實訓基地，如：數控實訓基地、工民建實訓基地、電工電子實訓基地、計算機信息中心等，設備總值1743萬元，生均值1.2萬。在加強校內實訓基地建設的同時，大專部還積極拓展校外實習基地，尋求廣泛的校企合作，2012年，5個五年制高職專業已與32家企業友好合作，使學生具有穩定的頂崗實習基地，各企業的實習指導人員無論在數量上還是在質量上，都能滿足學生頂崗實習的要求。