壹、定位不同
1、總經理助理：總經理助理處於“總管家”與“部管部長”的雙重位置，圍繞著中心工作，上協調領導，下聯系群眾，事務、政務都要過問。與總經理、副總經理等壹起並稱公司高層人員。國企中總經理助理壹般是升為副總經理前的過渡職務。
2、秘書：寫字樓及商業機構內的文員職位，專長是速記、打字、安排日程、會議、訂機票、訂酒店等。
二、工作職能不同
1、總經理助理：起草公司工作計劃總結，並作好公司重要會議記錄；起草、存檔整理總經理簽發文件；公司管理制度、規章制度，網頁設計方案書、合同書，公司總體運行配合;接聽電話、妥當應答，並做好電話記錄；掌握總經理的日程安排做好預約工作，安排商務旅行。
2、秘書：按秘書的從屬和服務對象的角度，可分公務秘書和私人秘書兩類。以秘書在組織內部的工作分工來分，可以分為：行政秘書、機要秘書、生活秘書、會議秘書、文字秘書、信訪秘書、公關秘書。
以秘書從事工作的行業特征來分，可分為法律秘書、醫藥秘書、教育秘書、體育秘書、軍事秘書、參謀秘書、財經秘書、綜合秘書、涉外秘書、事務秘書、翻譯秘書等。
三、發展方向不同
1、總經理助理：在總經理領導下負責辦公室的全面工作，努力作好總經理的參謀助手，起到承上啟下的作用，認真做到全方位服務。協助總經理調查研究、了解情況並提出處理意見或建議，供集團領導決策。協助總經理作好經營服務各項管理並督促、檢查落實貫徹執行情況。
負責各類文件的分類呈送，請集團領導閱批並轉有關部門處理。負責校內外上下互通信息、左右協調。作好接待工作、來信來訪，及時處理反饋師生反映的後勤保障方面的意見、建議。
2、秘書：男秘書在未來也將有廣闊的發展前景，專家指出，男秘書在很多方面其實更具優勢。例如男秘書通常言語較少，註重實質性和程序性的工作；做事富有條理性，很少將不良情緒帶到工作中，並能適時幫助領導分擔壹些體力勞動。
專家建議，男領導搭配男秘書，其實在理論上是最合適的，因為彼此的工作方式更接近，交流的阻礙更少，也易於杜絕腐敗和浪費。
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