青島六十三中的前身是嶗山縣李村鎮大村莊中學。黨的十壹屆三中全會後，為了更好的發展教育，整合教育資源，提高教育教學質量，李村鎮教委辦按照片區，把北片涉及11個自然村，在石溝、大村莊、下王埠、上王埠、佛爾崖和候家莊學校就讀的初中學生集中在壹起，成立了大村莊中學，歸李村鎮教委辦管理。成立時有8個教學班，教師28人，學生365人，當時的學校占地9.8畝，校舍僅有42間，這些建築壹半是解放前的舊建築，壹部分建於70年代，雨天漏雨，雪天飄雪，基本屬於危房。
基於這種情況，時任校長王正佐通過多次反映，爭取修繕資金6000元，對部分校舍進行了維修，為了節約資金，利用暑假，男教師全部參加，只聘請了兩個瓦工做指導，更換了三個教室的屋頂，四個教室的地面，對其它漏雨的教室更換了瓦片和部分斷梁，消除了安全隱患。因當時條件所限，學校沒有圖書室，藏書幾乎為零，理化實驗公用壹室，儀器很少，物理儀器大部分是教師自制的。教學環境較差，全體教師***用壹個辦公室，辦公條件比較艱苦，實行九年制義務教育後，生源不斷增加，1989年班數增加到11個班，已達到學校容納力的極限。學校四周全是民房，想在原址擴建已經不可能，此處的環境也嚴重制約著學校的發展。
1989年李村鎮黨委政府經過反復調研討論，決定選址重建新校。當年分管教育的副鎮長牛錫傳、教委辦主任畢元金、校長王正佐會同鎮黨委書記王海艦、鎮長陳德利多次實地考察，考慮學生上學路程近，交通比較便利，有利於學校長遠發展等因素，選中了地處下王埠村西、奶牛場前、省建以東壹處空地，應該說是下王埠的壹塊黃金地角作為新校校址。時任下王埠村書記方明春、村長王哲君非常支持教育事業，在村少收入幾十萬元的情況下，忍痛割愛，很快簽訂了征地協議，出讓土地39.8畝，征用土地費用僅30萬元。
由於鎮政府財力不足，凡本學區11個自然村年滿18-60歲的村民每人集資10元，11個自然村是桃園、李家庵、上王埠、東王埠、下王埠、麥坡、佛爾崖、東大村、西大村、石溝、文昌閣。學區村民都希望孩子有壹個良好的學習環境，紛紛響應，很快完成了集資任務。
1990年4月21日，在新校址舉行了開工典禮，鎮黨委書記致詞，區府和區教育局領導參加奠基儀式，嶗山建築設計院完成了設計任務，下王埠建築公司承擔了建設任務，經過七個多月的緊張施工，新校於12月27日竣工，並舉行了落成典禮，區鎮村各級領導參加了落成儀式，學校更名為嶗山區李村鎮王埠中學，原校師生也於12月27日前，告別了簡陋昏暗的舊教室，興高采烈的喬遷到寬敞明亮的新教學樓，學校也迎來了新的發展期，1990年教學班達到12個，教師增加到35人。
新學期、新環境也交給了學校新的使命。學校領導提出了“壹年打基礎、二年上臺階、三年見成效”的工作思路，聘請專業人員對校院進行了整體規劃。為了搞好綠化，王正佐校長親自帶領後勤人員，幾乎跑遍了嶗山所有的園林單位，購置樹木花草，為了節約資金，親自帶領全體教師整地挖空，當年種植樹木200余株、花草500余株、植草皮1000余平方米，下王埠建築公司無償提供運輸車輛和裝卸人員，經過全體教師的***同努力，學校的綠化當年形成規模，並達到了三季有花、四季長青的要求，校容校貌有了很大改觀，辦學規模擴大為18個教學班，教育教學質量有了相應的提高。1993年學校接受了國家教委義務教育評估驗收，分管教育的副區長於淑玲陪同國家教育司的有關領導，認真聽取學校的匯報，召開座談會，按照標準進行了認真評議，對學校的義務教育工作作了充分肯定，給予了高度好評。
自1993年起，隨著改革開放的不斷深入，綜合國力的不斷增強，人民生活水平的不斷提高，學校周邊小區開發已形成規模，學校的生源也越來越多，2000年教學班已達到21個，原本設計規模為18個班的教學樓已適應不了發展的需要，只好把原有的功能室全部改成了教室。2001年有8個班在青島市財經學校就讀。2001年市教育局投資226萬元，新建教學實驗樓，2002年竣工，配套實施齊全，達國家壹類配套標準，在財經學校就讀的8個班遷回學校。
2003年在王建國校長的努力下，市教育局投資200余萬元重新整修了學校操場，鋪設了人造草皮和橡塑跑道，把原250米跑道的田徑場擴建到300米，更新了全部體育設施，對教學樓進行了內外裝飾和裝修，更新了課桌椅，添置了40余萬元的圖書，進壹步改造和調整了綠化區布局，整個校院煥然壹新。
2007年李滄區政府和市教育局***同投資1200萬元建設新教學樓和師生食堂，2008年8月落成，新學期伊始，學生全部遷入新樓。
李村地區的教育1983年前小學和初中合辦，給學校的管理帶來壹定麻煩和師資浪費，李村鎮政府把原在各村學校的初中部統壹劃片集中，成立了大村莊中學，原來的小學遷入北山小學。學校成立時，第壹任校長是孫玉芝。1984年，鎮教委辦委派尹兆海任校長。1987年調入王正佐任校長，尹兆海、孫玉芝同時調離。1990年12月27 日舉行新校落成典禮，學校地處下王埠村，學校更名為嶗山區李村鎮王埠中學，歸李村鎮教委辦管理。1991年至1994年，王正佐任校長，嚴敬禮、王淑鳳為副校長。1994年6月，王正佐內退，王淑鳳退養，嚴敬禮任校長，徐淑欣、孫建國任副校長至2000年8月。1999年成立工會，孫永林任工會主席至2007年。1994年原嶗山區李村鎮所轄區域與滄口區合並為新區——李滄區，學校更名為李滄區第三中學，歸李滄區教委管理。1996年李村鎮教委辦撤銷（此前學校人員工資、經費和人事歸鎮教委辦），1997年1月1日起學校經費由李滄區教體局負擔，各類管理歸李滄區教體局。1997年7月1日起學校劃歸青島市教育局管理，人事、經費由青島市教育局負責，學校更名為山東省青島第六十三中學。2000年8月份，校長嚴敬禮因病改任書記，市局委派付希恭擔任校長職務。2001年2月嚴敬禮病逝，副校長徐淑欣退休，韓同欣、孫建國為副校長。2003年1月，付希恭調離，市局委派王建國任校長，孫文潔為副書記。2005年孫建國退養，孫文潔任副書記副校長，2007年工會主席孫永林退養，2008年調入袁著璀任工會主席。2007年王明強任校長助理，2008年調離。2006年7月學校由市局管理下放到李滄區教體局管理，青島市教育局負擔工資經費3年，陽光工資負擔50%。