1997年 引爆摩天樓
1998年 第十四個目標
1999年 世紀末的魔術師
2000年 瞳孔中的暗殺者
2001年 朝向天國的倒數計時
2002年 貝克街的亡靈
2003年 迷宮的十字路口
2004年 銀翼的魔術師
2005年 水平線上的罪惡
2006年 偵探們的鎮魂歌
2007年 紺碧之棺
OVA：
寶刀爭奪大戰
十六個嫌疑犯
消失的少年
基德與水晶之母
目標是小五郎
追蹤消失的鉆石
OVA特別篇
仿徨的紅蝴蝶
迷壹樣的水晶怪獸
飛上天空的十顆行星
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劇場版簡介
1 引爆摩天樓
著名建築師森谷帝二來信邀工藤新壹參加遊園會，無奈的柯南只好用工藤新壹的聲音給小蘭打電話，讓蘭和小五郎、柯南壹同參加。蘭雖然同意了，但是作為交換條件，她要工藤新壹在5月3日那天陪她去看通宵電影。5月3日到了，小蘭高興地壹大早就出門，興致勃勃地和園子壹起上街，挑選禮物。然而，與此同時，柯南接到了犯人的電話，說在堤烏津河綠地公園有壹個炸彈，而炸彈就在元太、光彥、步美他們玩的遙控飛機上！最後，柯南用他的增強腳力鞋“解決”了這個炸彈。但是，犯人又在電話裏說，下壹個炸彈要在15分鐘後爆炸！柯南要如何解決這個危機？究竟犯人是誰呢？
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2 第十四個目標
目暮警官、妃英理、阿笠博士皆無故遭到神秘人士的偷襲，而犯案現場都留下了壹張詭異的撲克牌，並且受害人多少都與小五郎有點關系，這到底意味著什麽？柯南從撲克中推理出犯人將根據牌中的數字進行犯罪，也就是說被害人的名字中會帶有數字！那麽誰又會成為下壹個被狙擊的目標？眼看周圍的人壹個個的倒下了，柯南是否會拆穿兇手的真面目呢？最終，兇手將魔手伸向了小蘭，柯南是否會保護她呢？
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3 世紀末的魔術師
羅曼諾夫王朝的皇室密寶“回憶之卵”意外地在日本發現了！就在鈴木財團展出的同時，柯南最強的對手——“怪盜基德”發出預告函，宣布將在眾目睽睽下，奪取這無價的藝術瑰寶。柯南、小五郎、平次、蘭壹行人，受邀解讀預告函線索，不料發生致命錯誤！基德成功偷走“回憶之卵”後，途中卻遭神秘殺手狙擊，墜海失蹤。柯南以新型滑板追蹤，驚險奪回“回憶之卵”，才發現它的外觀與設計圖上完全不同，這是究竟怎麽回事？
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4 瞳孔中的暗殺者
這是名偵探柯南系列的第四部電影版。在這部充滿電影速度感的卡通影片中，有巧妙的布局，犯人是猜也猜不到的預想以外的人物；也有為了保護喪失記憶的小蘭，步美跟原太組成“小蘭姐姐守衛隊”等等的劇情，只有在卡通電影當中才能體驗到的樂趣。
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5 通往天國的倒計時
柯南壹行人在露營的回家途中順道參觀壹座位於西多摩市境內即將在近期完成的全日本最高雙塔摩天大樓。壹行人在秘書的帶領之下參觀了這座兩棟長的壹模壹樣的最尖端高科技雙塔摩天大樓。但是，此時在這摩天大樓裏卻出現了多位與此建築物有著不同關系的人士！不久之後第壹個殺人事件發生了……。而且，令人不敢相信的是《黑暗組織》的成員竟然同時也在大樓附近出現，何的勸說，雙塔摩天大樓的開幕典禮仍然按照預定進行。為了查出這場發生在總樓層高300公尺的高科技摩天大樓的殺人事件真相，柯南將與其宿敵——也就是當初逼迫工藤新壹喝下毒藥使他身體縮小的兇手——《黑色組織》展開壹場史上最恐怖的攻防戰……
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6貝克街的亡靈
米花市政大樓這裏正在舉行，能夠壹舉改變全世界遊戲業界價值觀的模擬遊戲「繭」的發表會。結合了最先進技術的「繭」，其遊戲方式是先進入壹部外型酷似蠶繭的大型膠囊，透過計算機的操作讓遊戲者沈睡於歷史上曾經發生過事件的時代，並進行挑戰的虛擬體驗遊戲。柯南、小蘭、灰原以及少年偵探隊的成員們也接獲邀請，前往參加這場受到全世界矚目的發表會，並陰錯陽差的混入政界、財經界以及演藝界等代表人物的小孩群中，趁機乘上了「繭」。另壹方面，「繭」的研發者兼負責人—堅村，竟然在發表會會場遭到殺害。而在這起殺人事件發生的同時，壹個自稱「諾亞方舟」的人工智能闖入「繭」的計算機系統，並切斷身處虛擬世界的50名孩童所有能與外界連結的管道，對現實世界中所有的招待者宣布：「在這場解決歷史事件的遊戲中，只要有壹個人能夠存活到最後就算妳們贏。不過如果沒有人能夠存活到最後，參加遊戲的所有人就會葬命於此。」開始了壹場失控的遊戲，
少數知道柯南身份，同時也是工藤新壹的父親，世界名推理作家—工藤優作也是這場發表會的特別來賓。優作負責監修「繭」遊戲中的歷史事件，雖然能透過推理找出堅村遭到殺害的原因，但關於柯南壹行人，他只能在控制室看著他們的表現。柯南壹行人必須在「繭」所設定重現的19世紀倫敦貝克街，同時也是福爾摩斯留下無數傳說之地，挑戰壹連串的考驗。 壹場結合虛擬實境與現實，用50條生命為賭註的遊戲即將開始！
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7迷宮的十字路口
在東京有個“西國立市”神社，那裏有三名可疑男子在密談。突然有個戴著老翁面具的黑影男人出現，用日本刀和弓箭在瞬間將三人殺害。與此事件同時，大阪，京都也相繼發生了殺人事件。
根據搜查的結果，警視廳發布，被殺的5人都是往返東京·大阪·京都三大城市盜竊著名佛像和美術品的盜竊集團成員。他們似乎是以日本歷史上最有名的悲劇武將——源義經的故事《義經記》為名，首腦化名“義經”，部下以“弁慶”為首，各自以家將姓名相稱。是對盜竊集團懷恨之人所為嗎？還是內部分裂而殺人呢？警視廳對犯罪動機也沒有掌握有力的線索……
壹方面，小五郎帶著柯南，蘭，園子到訪京都。在由緒的寺院——山王寺的住持告訴他們，8年前國寶級的佛像被盜走了，委托他們解讀可以判斷佛像藏匿地點的迷樣的畫像。柯南從佛像被盜的事情懷疑是盜竊集團所為，事件開始向破解的方向進展。但很快，在他到達義經·弁慶的傳說流傳的歷史遺跡——最著名的京都五條大橋開始追尋時，有個手持竹刀的男人突然來襲！
在京都的五條大橋上，高個男子弁慶揮起長刺刀，牛若丸刀直劈而下！在欄桿上瞬間閃過的柯南驚奇的看到那個男子！那個男子竟是與工藤新壹並稱的西部高中生偵探-服部平次。平次是知道柯南的真實身份就是工藤新壹的少數幾人之壹。他也是為了追尋在大阪發生的盜竊集團成員被殺事件的真相到了京都。總是在較勁的柯南與平次這次為了查出事件的真相而戮力合作。但是，兩人身邊有個戴著老翁面具的黑影男人！
在綿密交織的京都十字路口上，隱藏於歷史暗影中的謎團與陷阱向柯南等人襲來！棘手案件與敏銳推理，友情與戀愛……還有全明星隊伍的聲優陣容！而且柯南的身體終於……
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8銀翼的魔術師
這次故事的地點設在東京名勝汐留，主人公是本作男壹號柯南與人氣狂飈的怪盜基德，故事的主線必然成了二人激鬥的舞臺。此次劇場版的票房登上了柯南電影史的榜首，可見兩小強的爭鬥吸引了不少觀眾的眼球。
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9 水平線上的陰謀
15年前的壹個霧色濃稠的夜晚，在北大西洋的海上壹艘正在航行中的貨輪“第壹八代丸”，撞上了前方巨大冰川發生事故沈沒。萬幸的是船上大部分人都逃過這壹劫難，只有船長和壹名船上的高級幹部不幸罹難身亡。
時間回到15年後的現在，地點是日本東京西多摩市的別墅密集區，八代財團旗下分屬八代造成業的設計師八代英人，開車的時候心臟病突發，結果車子不幸掉下山崖造成車毀人亡。誰也沒想到，時隔15年且分別發生在海洋和陸地上的兩起事故，會是壹項重大陰謀的開始。
鏡頭轉到正在太平洋上航行的豪華客輪阿芙洛迪特號上，這是根據希臘神話中的代表美麗的愛神阿芙洛迪特的名字命名的。柯南、小蘭和毛利小五郎受到園子邀請，參加這首船的處女航。理所當然，這麽受到矚目的豪華客輪，參加處女航的都是些政界、社交界的紳士名媛。
然而沒多久，船上出現了可疑分子，園子更遭到襲擊被其監禁，幸運的是根據柯南的推理順利找回了園子，正在眾人歡欣鼓舞的時候，卻發生了殺人案件。被害者正是這次處女航的主辦人，八代客輪的社長八代貴江，她是半個月以前車禍身亡的八代英人的妻子，緊接著八代財團的董事長，貴江的父親八代延太郎也從船上神秘消失……
獲悉此事的目暮警官帶著壹群警察上船來搜查，同時出動了東京海上保安廳的人對海上進行搜查，陸地上也有警視廳的人在八代英人出事的地點進行再搜查。與此同時，理所當然地我們的小主人公柯南也展開了他最擅長的推理。而這次包括乘客和船上工作人員，總***有600名嫌疑人。於是柯南、毛利小五郎以及警方分別展開了各自的調查，與此同時，犯人也正展開他巨大的陰謀。
為了不影響乘客的情緒，船上的晚宴仍然如期舉辦。在柯南的努力下，真相即將被揭發時卻突然發生了重大意外——油輪的機房發生了大爆炸！犯人更在整艘油輪的主要機房內都安置了炸彈，整個船身不停搖晃，讓船員和乘客都驚恐萬分，全船600條人命，就懸於瘋狂的犯人壹念之間。
置身於無處可逃的大海上，引起了極大的恐慌和混亂，人們陷入了極度的不安中。更糟糕的是，這次連小蘭也被卷入了危險裏面——當然，本片的結果，依舊是正義戰勝邪惡，柯南用他名偵探的推理救出了小蘭，不過出人意料的是，這次掌握事件關鍵的，卻是新壹和小蘭超越了時間的羈絆。
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10偵探們的鎮魂歌
因為受到謎壹樣的男子的委托，小五郎和柯南他們壹行人來到了橫浜。可是，不慎落入那個男子設下的圈套，蘭和少年偵探團成為了人質。限時12個小時。如果在12個小時裏，無法解開委托的事件的真相，安裝在蘭他們身上的炸彈就會爆炸。而且，那個男子知道柯南就是工藤新壹！“關西高中生偵探”服部平次和怪盜KID也將登場！！ 限定的時間壹步步逼近。柯南他們能否解開事件的真相，及時將蘭他們平安無事地解救出來！？ 那個謎壹樣的委托人，黑色身影的真面目是…《名偵探柯南》第10部劇場版《偵探們的鎮魂歌》2006年4月15日公開放映。
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11紺碧之棺
今次的故事就從這神秘的小島開始，在小五郎的帶領下，柯南壹行人前往位於太平洋上的小島“神海島”上享受愉快的假日，蔚藍色的大海和無限的自然風光加上自古以來流傳的兩個“神海島”傳說讓這個小島成為遊客成群的度假聖地。蘭和園子在“海底宮殿”附近的海域享受有氧潛水，少年偵探團則玩起了神海島觀光課安排的尋寶遊戲。然而，覷意於傳說中的財寶的寶藏獵人們也潛入了這個迷人的小島上。蘭和園子意外的遭遇到壹名被鯊魚群襲擊的寶藏獵人，獵人的死是因為傳說中的寶藏嗎？急忙趕來的柯南發現了死亡的疑點，並和灰原壹起展開了調查。
這次的舞臺是太平洋上的孤島，柯南等人毫不意外的又被卷入了奇異的殺人事件中。關於本次的標題《紺碧之棺》尚難以得出明確的解釋，不過熟悉金田壹的讀者應該記得金田壹有壹部OVA名為《殺戮之紺碧島》，關於這個島嶼有壹段解釋大家可以用來參考：“紺碧島雖然小，但在沖繩群島中卻有壹段古老的歷史。在八重山諸島洗傳的神話裏，紺碧島上曾經住著許多神仙。昭和初期時代，所有島上出生的人都要接受聖島獨特的洗禮，所以就算短時間離島就學和就業，最後都壹定會再回到島上。並且紺碧島海底也有壹座神殿。”從紺碧島的傳說來看與神海島有著部分雷同之處。標題中的“紺碧”壹詞應該是指代神海島。
“神海島”流傳這兩個傳說，壹個是沈入海底的古代遺跡“海底宮殿”，它是沈入神秘島海域的巨大巖石建築群，雖然研究者紛至沓來，但始終沒有人能解開“海底宮殿”的秘密，另壹個傳說是300年前活躍在加勒比海的2名女海盜“安妮·邦尼”和“瑪莉·雷德”遺留下來的財寶，據說她們乘坐的海盜船遭到英國海軍的攻擊時，只有她們2人勇敢的戰鬥。隨著調查的深入，迷壹般的文字“Jolie Rougu”浮出水面，寶藏的秘密近在眼前。然後要接近真相總要經歷磨難，柯南他們找到的壹部分財寶被謎壹樣的寶物獵人搶走了，而寶藏獵人的魔手也伸向了蘭和園子，他們的目的究竟是什麽？隱藏在傳說中的真相是什麽？隱藏在海底宮殿中的秘密又是什麽？超越300年的暗號，柯南壹壹解明。
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ova
1寶刀爭奪戰
話說有壹天，柯南從學校放學回家，到家時小五郎正接見壹位少女，令人驚訝的是，少女家中有壹把名貴的寶刀，但是卻被KID盯上發出了盜取的預告信。少女的名字叫做峰清，而且，與小清同居的少年，就是鐵劍！要盜取寶刀的KID，為寶刀死守的鐵劍，還有峰清所委托而來的柯南，寶刀到底會鹿死誰手?
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2十六人的嫌疑者
為了尋找卷入事件而失蹤的少年，柯南和平次挑戰揭示少年所在的“秘密地點”的3個關鍵詞！到底解開謎底的是柯南還是平次？
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3消失的少年
為了尋找卷入事件而失蹤的少年，柯南和平次挑戰揭示少年所在的“秘密地點”的3個關鍵詞！到底解開謎底的是柯南還是平次？
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4柯南VS基德
傳說……沒有他偷不到的東西！不管多嚴密的警備，多堅固的防線，都能如入無人之境！輕松得手之後，悠閑地乘著滑翔翼消失在夜空之中……那就是聞名世界的怪盜基德！這次，基德盯上了將送往博物館展出的寶石“藍色彗星”，並發出了預告函！為了阻止他，柯南乘上了同壹輛列車，中森警官也設下了重重陷阱，究竟基德能否順利偷走這次的目標呢……唯壹看透真相的是壹個外表看似小孩，智慧卻過與常人的——名偵探柯南！
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5目標是小五郎!
柯南最新OVA系列第五彈，跟OVA前兩作壹樣，故事圍繞著今年即將公映劇場版的第二主角展開，片名為《目標是小五郎！少年偵探團的秘密調查》。講述作為學校教學的壹環，少年偵探團成員到毛利偵探事務所參觀所發生的壹系列故事。片長總計23分鐘。
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6追蹤消失的鉆石
柯南接到壹通自稱打錯的電話，可是，柯南看穿那是壹通恐嚇電話，便和與打錯的人聲音酷似的平次壹起開始了調查。仿佛是為了嘲笑柯南他們壹般，怪盜基德從天而降出現在他們面前。他的目的到底是。。。！？壹宗打錯的電話+被邀約而來的服部平次+從天而降的KID
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ova特別篇
1仿徨的紅蝴蝶
工藤優作和有希子約會，有希子約的是電影院，先前工藤優作推理錯誤才跑到餐廳去了，結果終於知道是電影院，到了電影院，都已經放完壹場了...