1959年1月鐵道部公布《1960—1967年鐵路高校專業（全日制）學校發展規劃草案》。4月鐵道部在成都召開全路高等學校及中等專業學校教育工作會議，會議傳達貫徹中***中央教育工作會議關於“整頓、鞏固、提高”的工作方針，在總結1958年工作的基礎上，提出1959年的工作任務和目標，著重討論了關於加強學校統壹管理、調整新建高等學校以及提高教育質量的措施等問題，確定了6條整頓的原則和具體方案，提出每省1所大學的布局；會議討論了鐵道部《關於加強全日制高等學校和中等專業學校統壹管理問題的若幹規定（草案）》、《關於整頓1958年新建高等學校意見》等文件。6月鐵道部發文規範鐵路高校校名和學制。規定：鐵道部直屬高校，均以“鐵道學院”命名，並冠以該院校所在地名；各局、院、廠所屬高等學校，均以“鐵路學院”命名，並冠以該院校所在地名；鐵道部直屬高校本科為五年，其他的為四年，專科為三年或兩年。1959年6月鐵道部在全路高等學校內確定3所重點學校，為唐山鐵道學院、北京鐵道學院、蘭州鐵道學院。
1961年3月鐵道部在衡陽召開鐵路高等和中等專業教育工作會議。會議討論了貫徹中央“調整、鞏固、充實、提高”八字方針問題，具體研究了：關於鐵路高等學校及中等專業學校進行調整“四定”的初步方案；關於鐵路高等學校及中等專業學校進行充實提高的初步方案；鐵道部《關於設置全路重點高等學校和重點中等專業學校的決定（草案）》；《關於鐵路高等學校及中等專業學校機構編制的暫行規定（草案）》；鐵路高等及中等專業學校專業目錄。4月鐵道部確定5所全路重點高等院校：北京鐵道學院、唐山鐵道學院、蘭州鐵道學院、長沙鐵道學院、南京鐵道醫學院。
2005年，經過鐵道部、教育部、甘肅省人民政府批準決定將鐵道部重點中等專業學校蘭州鐵路機械學校和鐵道部重點技工學校蘭州鐵路運輸技術學校整體並入鐵道部重點大學蘭州交通大學。經國務院學位委員會審議通過，蘭州交通大學成為博士學位授予單位。
2020年2月中國國家鐵路集團有限公司與甘肅省人民政府簽署***建蘭州交通大學協議。這標誌著蘭州交通大學正式邁入“省部***建”高校行列。根據協議，國鐵集團將重點支持蘭州交通大學加強科技創新、學科建設和人才培養。甘肅省政府將進壹步加強對蘭州交通大學組織領導和辦學支持，在政策和資金上予以特別傾斜和扶持，促進學校高質量特色發展。***建雙方將***同促進蘭州交通大學建設發展，支持蘭州交通大學成為我國西部地區高素質交通人才培養、高水平科學研究、高質量科技創新與成果轉化的重要基地，成為工科優勢鮮明、多學科協調發展的高水平教學研究型大學。