改版不僅是報紙本身的變化，也涉及深層的報社組織結構的改革。《北京青年報》建立了以編輯為主導、編采分離為特征的采編模式。新的編輯部劃為編輯中心、采訪中心和相關部門三個部分。
編輯中心下設要聞版組、本市版組、財經版組、產業專刊版組等10個版組。采訪中心***設都市新聞部、體育部、特稿部、攝影部等9個部室。記者采集新聞，是壹個獨立的工作階段，編者編輯報紙是壹個獨立的工作階段，工作關系是以編輯指導記者，進行新聞的收集、制造和報道工作。
新體制規定：編輯不準給自己負責的版面寫稿，記者不準組版；記者對稿件質量負責，編輯對版面質量負責，記者的采訪活動由相應版面的編輯協調指導。編采雙方圍繞“報紙質量”這壹核心，實現互動。
采編分離，記者和編輯分工明確，有利於培養他們成為某壹領域的專家；此外，新聞的處理多了壹個把關人，可以在信息上進行互補，豐富報紙的信息含量；“采編分離”又形成了壹定的約束機制，即在采編操作環節中，記者編輯互相制約，壹定程度上為當前的有償新聞、關系稿件設置了障礙。
此次改版並沒有增加報紙的版數，報紙廣告版面占總版面的平均比例依然維持在約為40%左右。北青報的老總們明確表示，改版後，廣告的版面數量將不會減少。但是專版消失後，刊登於“每日新聞版”（即A疊）的廣告含金量提高，相應的廣告刊例價位也將按壹定比例提高。
京華時報社長吳海民說過，《京華時報》主打新聞、不辦副刊專刊的做法，必然在北京報業引起反副刊化潮流，向報紙的本質——新聞紙回歸。這至少在《北京青年報》得到驗證。
在經營策略方面，北京青年報社長張延平提出，壹個好的媒體，應該包括強勢的傳統媒體、超前的第四媒體以及現代化的物流配送體系，三位壹體地運作才能發揮最佳效益。無論網絡還是傳統媒體，都離不開物流配送體系，因此，傳媒必須抓住價值鏈的這個下遊環節，也就是銷售終端。
在北京市綜合類日報中，《北京青年報》是最早告別郵局，改為自辦發行的。他們推出了享譽京城的小紅帽，目前已發展到2800多人。五年時間，《北京青年報》的發行量從12萬份上升到60多萬份，自辦發行立下大功。
報紙自辦發行不僅“肥水不流外人田”，節約成本，也掌控了經營的主動權，避免受制於人。《北京青年報》最早引入了物流配送的概念，不僅送報，還送書、送水、送奶、送票。該報的60萬讀者是個“金網”，2001年這方面的營業額已達到5000多萬元，而且還在快速地增長。如果市場做大的話，從中賺取的利潤甚至可以支持白送讀者壹份報紙。2002年，IBM幫助報社搭建了信息服務平臺，幾十萬讀者的信息存入計算機——這個平臺的價值是難以估量的。
另外《北京青年報》還提出“把成本變成資本”。該報利用其規模消費的優勢，把消費行為變成了經營行為，介入到新聞紙、油墨，甚至林地等經營領域，獲利頗豐。北京青年報社每年用紙3萬噸，相當於壹個造紙廠年產量的1/3。這樣，他們可以掌握紙張交易中的主動權，用規模化的購買來壓低紙價。而許多中小規模的報紙無法壓價，《北京青年報》敏銳地發現這個市場機會，擔當起這些報紙的紙張代理商的角色，每年代理總數量達到10萬噸，相當於3個《北京青年報》的用紙量。目前，經他們銷售的可以雙面彩印的高檔新聞紙的代理銷售量，已經達到了全國的1/10。而後，《北京青年報》還把代理擴大到油墨，拿到了世界上最大的PS版生產廠家富士公司的北京代理權；又做了紙漿生意，報社給造紙廠提供紙漿，由造紙廠按照他們的要求生產瘦型報新聞紙；下壹步，《北京青年報》準備購買林地。在這個產業鏈上，他們的設想是抓住兩端——林地和銷售市場，而將資本密集、勞動力密集的紙漿生產、新聞紙生產讓給工業制造業。《北京青年報》的目標很清楚，獲取中間的高附加值。
2003年伊始，北京青年報社占90%股份的北青傳媒發展股份有限公司的上市計劃再次啟動。其實，早在2001年5、6月間，北京青年報社的上市就邁出了實質性的步伐。同年8月，北青傳媒進入上市前的輔導期，由國泰君安證券公司做輔導。但是由於種種原因，上市計劃擱淺。此次，《北京青年報》試圖繞道香港上市仍然前途未蔔，但是，已經顯示該報度過了創業後的整合期，開始新的征途。