對農民專業合作社銷售本社成員生產的農業產品，視同農業生產者銷售自產農業產品，免征增值稅;壹般納稅人從農民專業合作社購進的免稅農產品，可按13%的扣除率計算抵扣增值稅進項稅額;對農民專業合作社向本社成員銷售的農膜、種子、種苗、化肥、農藥、農機，免征增值稅;對農民專業合作社與本社成員簽訂的農業產品和農業生產資料購銷合同，免征印花稅。
2、金融支持政策
國家將把農民專業合作社全部納入農村信用評定範圍;加大信貸支持力度，重點支持產業基礎牢、經營規模大、品牌效應高、服務能力強、帶動農戶多、規範管理好、信用記錄良的農民專業合作社;支持和鼓勵農村合作金融機構創新金融產品，改進服務方式;鼓勵有條件的農民專業合作社發展信用合作。
3、財政扶持政策
2003年到2010年，中央財政累計安排專項資金超過18億元，主要用於扶持農民專業合作社增強服務功能和自我發展能力。農機購置補貼財政專項資金明年對農民專業合作社仍會優先予以安排。
4、涉農項目支持政策
2010年農業部等7部委決定，對適合農民專業合作社承擔的涉農項目，將農民專業合作社納入申報範圍;尚未明確將農民專業合作社納入申報範圍的，應盡快納入並明確申報條件;今後新增的涉農項目，只要適合農民專業合作社承擔的，都應將農民專業合作社納入申報範圍，明確申報條件。
目前，農業部蔬菜園藝作物標準園創建、畜禽規模化養殖場(小區)、水產健康養殖示範場創建、新壹輪“菜藍子”工程、糧食高產創建、標準化示範項目、國家農業綜合開發項目等相關涉農項目，均已開始委托有條件的有關農民專業合作社承擔。2017年，合作社將承擔更多申報項目功能。
法律依據
《中華人民***和國鄉村振興促進法》
第五十八條 國家建立健全農業支持保護體系和實施鄉村振興戰略財政投入保障制度。縣級以上人民政府應當優先保障用於鄉村振興的財政投入，確保投入力度不斷增強、總量持續增加、與鄉村振興目標任務相適應。省、自治區、直轄市人民政府可以依法發行政府債券，用於現代農業設施建設和鄉村建設。各級人民政府應當完善涉農資金統籌整合長效機制，強化財政資金監督管理，全面實施預算績效管理，提高財政資金使用效益。