東京·米花市·米花市政大樓。這裏正在舉行能夠壹舉改變全世界遊戲業界價值觀的模擬遊戲“繭”的發表會。結合了最先進技術的“繭”，其遊戲方式是先進入壹部外型酷似蠶繭的大型膠囊，透過電腦的操作讓遊戲者,催眠於歷史上曾經發生過事件的時代，並進行挑戰的虛擬體驗遊戲。遊戲有5個場景：維京海盜（遊戲者成為維京海盜前往七個海域），巴黎-達喀爾拉力賽（遊戲者和世界著名的車手壹起參加比賽，在嚴酷的環境中取得勝利），古羅馬競技場（遊戲者在古羅馬帝國競技賽場上打倒神鬼戰士），所羅門的寶藏（遊戲者扮演珠寶獵人，尋找所羅門的寶藏），舊時代的倫敦（遊戲者與協助者壹起將開膛手傑克繩之以法），柯南、小蘭、灰原以及少年偵探隊的成員們也接獲邀請，前往參加這場受到全世界矚目的發表會。柯南從阿笠博士那裏拿到了遊戲徽章，園子因看到小蘭擔心進入遊戲的柯南而將徽章給了小蘭，元太、光彥、步美通過交換假面超人卡片拿到徽章並分給了灰原，壹起乘上了“繭”。另壹方面，“繭”的研發者兼負責人——堅村，竟然在發表會會場的地下室遭到殺害。而在這起殺人事件發生的同時，壹個自稱“諾亞方舟”的人工智能闖入並控制了“繭”的電腦系統，並切斷身處虛擬世界的50名孩童所有能與外界連結的管道，對現實世界中所有的招待者宣布：“在這場解決歷史事件的遊戲中，只要有壹個人能夠存活到最後就算妳們贏。不過如果沒有人能夠存活到最後，就會向這些小孩的腦部發射電波使他們死亡，使日本重生。”壹場失控的遊戲就這樣開始了。少數知道柯南身份其中的壹位，同時也是工藤新壹的父親，世界名推理作家——工藤優作也是這場發表會的特別來賓。優作負責監修“繭”遊戲中的歷史事件，雖然能透過推理找出堅村遭到殺害的原因，但關於柯南壹行人，他只能在控制室看著他們的表現。柯南壹行人必須在“繭”所設定重現的19世紀倫敦貝克街，同時也是福爾摩斯留下無數傳說之地，挑戰壹連串的考驗。壹場結合虛擬實境與現實，用50條生命為賭註的遊戲即將開始！