連續兩位東京警視廳的現任刑事慘遭殺害，而遇害的兩位刑事都手握警察手冊氣絕身亡。 這意味著甚麽？是對付警察的恐怖行為、或是過激派的暴行？警視廳正對此兇殺案件有關的人事物及警察組織內部著手進行搜查。 而巨大組織的內部秘密卻如高墻般不可窺探！
江戶川柯南與小五郎前往警事廳向目暮警官、白鳥警官查詢有關殺人事件的情報，但是友善的倆人卻以此事不可告之而拒絕了。在小五郎努力追問下，卻得到白鳥警官壹句：「Need not to know〔無需知道〕……」 這是警察之間所用的密語，也就是說殺人事件與警察內部組織有關！
小五郎 、柯南和多名警察參加白鳥警部妹妹的婚宴，席間突然停電，小蘭和女警佐藤都在化妝室中， 正當小蘭拿起身旁的手電筒時槍聲卻響起，佐藤女警為掩護小蘭而挨槍，聽到槍聲的小五郎等人湧入化妝室時犯人卻已不著痕跡地脫逃了，這時，小蘭卻因承受不了佐藤女警重傷昏迷的打擊，從而患了逆性健忘！雖然記不起身邊的事，但卻可以照顧自己的日常生活。失去記憶的蘭不斷受到犯人的攻擊，為了找回記憶，眾人帶蘭去多羅碧加樂園，卻因誤認犯人而放松警惕。此時，找出真兇的柯南趕往樂園保護蘭……最後在噴水池中，蘭找回了記憶，並狠揍了壹頓犯人。
貝克街的亡靈
東京·米花市·米花市政大樓。這裏正在舉行，能夠壹舉改變全世界遊戲業界價值觀的模擬遊戲‘繭’的發表會。結合了最先進技術的‘繭’，其遊戲方式是先進入壹部外型酷似蠶繭的大型膠囊，透過電腦的操作讓遊戲者沈睡於歷史上曾經發生過事件的時代，並進行挑戰的虛擬體驗遊戲。柯南、小蘭、灰原以及少年偵探隊的成員們也接獲邀請，前往參加這場受到全世界矚目的發表會，並陰錯陽差的混入政界、財經界以及演藝界等代表人物的小孩群中，趁機乘上了‘繭’。另壹方面，‘繭’的研發者兼負責人─堅村，竟然在發表會會場遭到殺害。而在這起殺人事件發生的同時，壹個自稱‘諾亞方舟’的人工智慧闖入‘繭’的電腦系統，並切斷身處虛擬世界的50名孩童所有能與外界連結的管道，對現實世界中所有的招待者宣布：‘在這場解決歷史事件的遊戲中，只要有壹個人能夠存活到最後就算妳們贏。不過如果沒有人能夠存活到最後，參加遊戲的所有人就會葬命於此。’開始了壹場失控的遊戲。
少數知道柯南身份，同時也是工藤新壹的父親，世界名推理作家─工藤優作也是這場發表會的特別來賓。優作負責監修‘繭’遊戲中的歷史事件，雖然能透過推理找出堅村遭到殺害的原因，但關於柯南壹行人，他只能在控制室看著他們的表現。柯南壹行人必須在‘繭’所設定重現的19世紀倫敦貝克街，同時也是福爾摩斯留下無數傳說之地，挑戰壹連串的考驗。
壹場結合虛擬實境與現實，用50條生命為賭註的遊戲即將開始