柯南在整理信件時，發現了壹封寄給工藤新壹的信，原來是有名的建築師－－森谷帝二邀請新壹去參加他舉辦的茶會。沒辦法以新壹身份去參加的柯南，打電話要小蘭等人代替他去，但小蘭開出另壹個條件，要新壹和她在5月3日晚上十點壹起去看電影。原來5月4日那天是自己的生日啊！柯南都把這件事給忘了。在茶會上小蘭和森谷帝二談起要和新壹約會的事。
到了5月3日當天下午，小蘭便出門了。柯南在無可奈何之際，看見新聞說火藥庫的火藥被竊，而且最近發生了許多縱火事件，似乎都出自同壹人之手；而後這個犯人打電話給新壹，聲稱手裏有炸彈，要新壹馬上到堤向津川綠地公園，不然就會有人死。柯南用滑板迅速趕往公園，發現偵探團的孩子正在玩壹架來由不明的轟炸機。雖然柯南擊毀了飛機，但還是發生了爆炸。 這時罪犯又來電話，說1點在米花車站廣場會有炸彈爆炸，提示是在樹下。柯南來到車站，發現原來炸彈是放在壹個裝貓的寵物籃內，因為日語樹根和貓同音，但籃子被人拿走了。柯南好不容易才追到籃子，可只剩20秒了，在倒數16秒這時記時器突然停了，但柯南剛把炸彈帶走壹會兒就又開始跳動。柯南將炸彈帶離人群，但炸彈還是爆炸了，他也受了傷，進了醫院。
在醫院裏大家懷疑是新壹的仇家幹的，新壹曾破的最有影響的案子是前西多摩市的岡本市長開車撞人案，那個市長因為此案而下臺，西多摩市的市政建設計劃也因此而取消了……不久犯人又來電話，聲稱在東京都環狀線上裝了5顆炸彈，在下午4點後，行駛的列車速度不滿60公裏，或太陽下山了，那麽就會爆炸，提示是炸彈在“XX之X”，而偵探團的孩子也在車上。柯南從太陽能想到，炸彈是在“鐵軌之間”，但事後發現用去的炸藥只是被偷的1/4。 白鳥警官發現幾處被破壞的建築都是森谷帝二30歲前設計的，大家來到森谷帝二家調查，柯南在他家的作品展覽室發現了西多摩市的市鎮建設計劃模型……沒多久柯南就使犯人露出了原形。
看似結束的事件卻尚未結束，犯人說他已把最大的炸彈放置在米花市政廳中了，而且,那不是小蘭正處在的地方嗎！此時離爆炸時間已所剩不多了.柯南盡全力來到大樓內，用電話聯系小蘭教她如何拆炸彈。最後，只剩下兩條電線，到底應該剪哪條呢？是剪有小蘭和新壹的幸運色的那條？……此時是5月4日零點
第十四個目標內容介紹
正在慢跑的目暮警官遭人用十字弓射傷而住院了，而旁邊發現了壹把奇怪的刀（其實是黑桃K裏的國王手裏拿的那種）。就在第二天，小蘭的母親—妃英理吃了被人下毒的巧克力，昏倒在事務所裏（巧克力的包裝盒上有朵花，柯南覺得在哪見過，其實是黑桃Q裏的皇後手裏拿的那種花）。緊接著阿笠博士也被歹徒用十字弓射傷，隨後柯南發現了壹把劍（當然就是士兵拿的啦）三人的名字內都有13、12、11的數字，且被害者都與小五郎有關系。到底這張撲克牌代表著什麽？難道是死亡……
根據線索，目暮警官推斷犯人可能是……十年前，撲克牌賭場的經營人村上丈，被當警察的小五郎逮捕。偵訊中，村上丈借口內急而挾持了來找小五郎的妃英理，企圖逃走。槍法壹流的小五郎第壹槍掠過妃英理的腿部，然後再壹槍擊中村上丈，才結束了這場驚險的事件。之後小五郎引咎辭職了，妃英理也和小五郎分了居。這件事對小蘭的打擊非常大，她從此對父親失去了信心。而村上丈在上個禮拜假釋出獄了……
怪異的連續襲擊事件是按照著撲克牌的順序進行的，這壹次出現的牌面是黑桃十。遭到犯人狙擊的是小五郎打高爾夫的球友辻弘樹。柯南等搭乘辻弘樹所駕駛的直升機，弘樹駕駛前必要點的眼藥水被人給掉包了，眼睛遇太陽刺眼得張不開，失去了視力，所幸柯南因駕駛過模型飛行而能安全降落，逃過了壹劫而黑桃十出現在辻弘樹家中。兇手的殺機籠罩著所有和小五郎有關的眾人……
為了名字裏有九的旭勝義，大家隨澤木公平來到了著名的海上娛樂中心樂樂廣場。柯南發現了現場的人們名字中都含有「數字」。難道犯人把所有的獵物都壹網打盡嗎？在海底餐廳裏，他們並沒有發現嫌犯——村上丈的蹤影，卻發現了主人旭勝義留下的紙條（其實是兇手留的）。在酒室中澤木公平遭襲。當大家回到餐廳時，卻發現了實業家旭勝義的屍體。
被困在大廳裏的眾人紛紛找尋出口，剎那間燈熄了！名模特兒小山內奈奈的手卻發出了閃光，然後慘遭毒手，而在她的屍體旁邊有壹張黑桃七的撲克牌。此時巨大的爆炸聲響起，犯人炸毀的餐廳。大家逃離了海底，正當柯南指正兇手時，兇手捉了小蘭當人質，並要柯南將手槍丟給他，壹切的景象就跟小五郎當年面對村上挾持妃英理做人質壹樣……
[編輯本段]世紀末的魔術師
內容介紹
俄羅曼諾夫王朝的皇室秘寶－復活節之卵，將在大阪鈴木財團美術館內展出的同時，怪盜KID寄出「犯案預告信」準備奪取這無價的皇家藝術之寶，於是鈴木會長要求小五郎協助警方偵查，以防彩蛋被竊取。柯南壹行人來到大阪，遇到服部平次，便壹同偵查此案。在美術館遇到了蘇聯大使館的書記、珠寶美術商、羅馬王朝研究家、職業攝影師等人。看完彩蛋，大家便解讀預告信線索，不料將時間、地點都解讀錯誤。而KID竊聽到彩蛋被轉移了。在疏於防備的情況下，KID 成功地找到了回憶彩蛋。雖然柯南已經發現了KID的行動，看還是晚了壹步。KID在逃離途中，卻被神秘的殺手狙擊，墜海失蹤，生死不明。柯南以新型滑板追蹤，奪回彩蛋。與此同時從國外回來的香阪夏美小姐，從祖母的遺物中發現彩蛋的原稿圖與實物不同。
柯南看了原稿後，認為彩蛋有兩顆，而在彩蛋的玻璃上映照出夏美曾祖父所蓋的城堡，所以大夥兒及對彩蛋虎視眈眈的研究者決議要去此城探索 ，找尋第二顆彩蛋。在返回東京的船上，攝影師寒川被殺，而且和KID相同是被擊中右眼。目暮帶著白鳥趕到，調查後柯南發現兇手可能是職業殺手史考兵。而白鳥卻幾次揭穿柯南的提示，使小蘭對柯南的身份起了懷疑。
到達東京後，大家前往城堡，阿笠博士為了送做給柯南強化的眼鏡，與灰原哀 也壹同出發至城堡，不料少年偵探團也藏身在車上跟蹤而行。在城堡中，柯南意外發現通往地下室的通道，在秘道中珠寶商乾被殺。而其他人在壹個棺木中發現了第二個蛋，並明白了回憶之卵的真正含義。
但專門狙擊人右眼的神秘殺手「史考兵」也在人群之中…… 他再次行動，目標是小五郎和小蘭，刺殺失敗後兇手搶走了彩蛋，並想燒毀城堡。柯南追趕兇手，在熊熊大火中，兇手露出了她的真面目……柯南在白鳥的幫助下逃出了火海。回家後小蘭對柯南(新壹)的真實身份再次起了疑問，正當柯南要說出真相時，“新壹”出現了……
[編輯本段]瞳孔中的暗殺者
內容介紹
連續兩位東京警視廳的現任刑事慘遭殺害，而遇害的兩位刑事都手握警察手冊氣絕身亡。 這意味著什麽？是對付警察的恐怖行為、或是過激派的暴行？警視廳正對此兇殺案件有關的人事物及警察組織內部著手進行搜查。 而警視廳的內部秘密卻如高墻般不可窺探！
柯南與小五郎前往警視廳向目暮警官、白鳥警官查詢有關殺人事件的情報，但是友善的倆人卻以此事不可告之而拒絕了。在小五郎努力追問下，卻得到白鳥警官壹句：「Need not to know〔無須知道〕……」 這是警察之間所用的密語，也就是說殺人事件與警察內部有關！
小五郎、柯南和眾多警察參加白鳥警官妹妹的婚宴，席間突然停電，小蘭和佐藤警官都在廁所中，正當小蘭拿起身旁的手電筒時槍聲卻響起，佐藤警官為保護小蘭而挨槍，聽到槍聲的小五郎等人湧入廁所時犯人卻已不著痕跡地脫逃了。這時，小蘭卻因承受不了佐藤女警重傷昏迷的打擊，從而患了逆性健忘！雖然記不起身邊的事，但卻可以照顧自己的日常生活。失去記憶的蘭不斷受到犯人的攻擊，為了找回記憶，眾人帶蘭去多羅碧加樂園，卻誤認為找到真兇而放松警惕。此時，找出真兇的柯南趕往樂園保護蘭……最後在噴水池中，蘭想起了以前和新壹的事，找回了記憶，並狠揍了壹頓犯人。
[編輯本段]通往天國的倒計時
博士與少年偵探團壹行人在露營的回家途中順道參觀壹座位於西多摩市境內即將在近期完成的全日本最高的雙塔摩天大樓。而這摩天大樓的擁有者同時也邀請了毛利父女和鈴木園子前來參加開幕典禮，因而與柯南壹行人偶然巧遇。
行人在秘書的帶領之下參觀了這座兩棟長的壹模壹樣的最尖端高科技雙塔摩天大樓。但是，此時在這摩天大樓裏卻出現了多位與此建築物有著不同關系的人士！不久之後第壹個殺人事件發生了…。而且，令人不敢相信的是黑衣組織的成員竟然同時也在大樓附近出現，這讓人不免聯想到灰原哀自從那些日子以來，在深夜裏究竟是在跟誰聯絡……？
柯南的真正身份會被那些家夥發現嗎？且灰原哀究竟在給誰打電話？不管目暮警官等人如何的勸說，雙塔摩天大樓的開幕典禮仍按照預定進行。為了查出這場發生在總樓層高300公尺的高科技摩天大樓的殺人事件真相，柯南將與其宿敵——也就是當初逼迫工藤新壹喝下毒藥使他身體縮小的兇手黑衣組織，展開壹場史上最恐怖的攻防戰…… ，而哀也相當活躍，兇手也令眾人震驚不已，原因更是出乎別人意料，殺人手法也是別具壹格，Gin，Vodka等人也會出現，爆炸場面驚心動魄，可以說是劇場版的壹個巔峰。
[編輯本段]貝克街的亡靈
米花市政大樓正在舉行能夠壹舉改變全世界遊戲業界價值觀的模擬遊戲“繭”的發表會。結合了最先進技術的“繭”，其遊戲方式是先進入壹部外型酷似蠶繭的大型膠囊，透過電腦的操作讓遊戲者沈睡於歷史上曾經發生過事件的時代，並進行挑戰的虛擬體驗遊戲。柯南、小蘭、灰原以及少年偵探隊的成員們也接獲邀請，前往參加這場受到全世界矚目的發表會，並陰錯陽差的混入政界、財經界以及演藝界等代表人物的小孩群中，趁機乘上了“繭”。另壹方面，“繭”的研發者兼負責人——堅村，竟然在發表會會場遭到殺害。而在這起殺人事件發生的同時，壹個自稱“諾亞方舟”的人工智慧闖入“繭”的電腦系統，並切斷身處虛擬世界的50名孩童所有能與外界連結的管道，對現實世界中所有的招待者宣布：“在這場解決歷史事件的遊戲中，只要有壹個人能夠存活到最後就算妳們贏。不過如果沒有人能夠存活到最後，參加遊戲的所有人就會葬命於此。”壹場失控的遊戲開始了！
工藤新壹的父親，世界名推理作家—工藤優作也是這場發表會的特別來賓。優作負責監修“繭”遊戲中的歷史事件，雖然能透過推理找出堅村遭到殺害的原因，但關於柯南壹行人，他只能在控制室看著他們的表現。柯南壹行人必須在“繭”所設定重現的19世紀倫敦貝克街，同時也是福爾摩斯留下無數傳說之地，挑戰壹連串的考驗。
壹場結合虛擬實境與現實，用50條生命為賭註的遊戲即將開始！
[編輯本段]迷宮的十字路口
在東京某個位於西國立市的神社內，有三名可疑的男子正在密談。突然有個戴著假面具的黑影男人出現，用日本刀和弓箭在瞬間將三人殺害；與此事件同時，大阪、京都也相繼發生了殺人事件。警方在經過調查後發現，被殺害的五人都是出沒於東京、大阪、京都三地，專門偷竊著名佛像及藝術品的竊盜集團「源氏螢」的成員。這個集團以日本歷史上最有名的悲劇武將——源義經的故事《義經記》為名，首腦化名「義經」，部下則以「弁慶」為首，各自以家將姓名相稱。
另壹方面，小五郎帶著柯南、小蘭和園子來到了京都。八年前，位於京都的古老寺院——山能寺中的壹尊國寶級佛像遭到偷竊，寺院的住持委托他們解讀壹幅可以判斷佛像藏匿地點的謎樣的畫像，因而請來了小五郎幫忙。柯南懷疑佛像是遭到竊盜集團「源氏螢」所竊，事件開始向破解的方向進展。然而在他到達義經、弁慶的傳說流傳的歷史遺跡——最著名的京都五條大橋調查時，有個手持竹刀的男人突然來襲！
瞬間躲過襲擊的柯南，看到那名男子後感到十分驚奇。那個男子竟是與工藤新壹並稱的西部高中生偵探——服部平次，同時也是少數知道柯南就是工藤新壹的人物之壹。他也是為了追尋在大阪發生的竊盜集團成員被殺事件的真相而到達京都，總是在較勁的柯南與平次，這次為了查出事件的真相，決定聯手進行調查，但是，兩人萬萬沒想到，戴著面具的黑影男人居然就出現在他們面前！
在稠密的京都十字路口，隱藏於歷史陰影的謎題及陷阱將襲擊柯南壹行人！難解的事件、細膩的推理、友情、愛情以及主要角色全員到齊！而柯南的身體終於……
[編輯本段]銀翼的魔術師
壹個女人來到小五郎處，請其幫助看守寶石。這女人名叫牧樹裏，是代表著日本的女演員。她收到預告稱有人將會去奪取她所擁有的寶石“命運的寶石”，而預告者正是怪盜基德。小五郎斷言：基德將會在樹裏擔任主角的傳統話劇的公演最後壹天前來盜寶。於是第二天，柯南，小五郎，小蘭還有少年偵探團壹起前往傳統話劇公演的東京汐留。柯南對小五郎的推理充滿疑問，於是自己推理基德的出現。然而，在那裏出現的竟是工藤新壹！
當然，那個新壹絕不是真的。但是，要證明那個新壹是假的的話，就需要柯南表明自己的身份。基德似乎明白這壹點，很大膽的想和小蘭在壹起。這時，在樹裏任主角的舞臺上上演了《約瑟夫王妃》的壹幕。被柯南看出真實身份的基德，如何盜走這藍色的寶石呢！？然後，對柯南他們更大的考驗是？
飛機上的危險壹個接著壹個，柯南他們究竟如何脫險？
[編輯本段]水平線上的陰謀
15年前的壹個霧色濃稠的夜晚，在北大西洋的海上壹艘正在航行中的貨輪“第壹八代丸”，撞上了前方巨大冰川發生事故沈沒。萬幸的是船上大部分人都逃過這壹劫難，只有船長和壹名船上的高級幹部不幸罹難身亡。時間回到15年後的現在，地點是日本東京西多摩市的別墅密集區，八代財團旗下分屬八代造成業的設計師八代英人，開車的時候心臟病突發，結果車子不幸掉下山崖造成車毀人亡。誰也沒想到，時隔15年且分別發生在海洋和陸地上的兩起事故，會是壹項重大陰謀的開始。鏡頭轉到正在太平洋上航行的豪華客輪阿芙洛迪特號上，這是根據希臘神話中的代表美麗的愛神阿芙洛迪特的名字命名的。柯南、小蘭和毛利小五郎受到園子邀請，參加這首船的處女航。理所當然，這麽受到矚目的豪華客輪，參加處女航的都是些政界、社交界的紳士名媛。
然而沒多久，船上出現了可疑分子，園子更遭到襲擊被其監禁，幸運的是根據柯南的推理順利找回了園子，正在眾人歡欣鼓舞的時候，卻發生了殺人案件。被害者正是這次處女航的主辦人，八代客輪的社長八代貴江，她是半個月以前車禍身亡的八代英人的妻子，緊接著八代財團的董事長，貴江的父親八代延太郎也從船上神秘消失……
獲悉此事的目暮警官帶著壹群警察上船來搜查，同時出動了東京海上保安廳的人對海上進行搜查，陸地上也有警視廳的人在八代英人出事的地點進行再搜查。與此同時，理所當然地我們的小主人公柯南也展開了他最擅長的推理。而這次包括乘客和船上工作人員，總***有600名嫌疑人。於是柯南、毛利小五郎以及警方分別展開了各自的調查，與此同時，犯人也正展開他巨大的陰謀。
為了不影響乘客的情緒，船上的晚宴仍然如期舉辦。在柯南的努力下，真相即將被揭發時卻突然發生了重大意外——油輪的機房發生了大爆炸！犯人更在整艘油輪的主要機房內都安置了炸彈，整個船身不停搖晃，讓船員和乘客都驚恐萬分，全船600條人命，就懸於瘋狂的犯人壹念之間。
置身於無處可逃的大海上，引起了極大的恐慌和混亂，人們陷入了極度的不安中。更糟糕的是，這次連小蘭也被卷入了危險裏面——當然，本片的結果，依舊是正義戰勝邪惡，柯南用他名偵探的推理救出了小蘭，不過出人意料的是，這次掌握事件關鍵的，卻是新壹和小蘭超越了時間的羈絆。
偵探們的鎮魂歌
在神秘委托者的招待下，小五郎與柯南壹行人來到了橫濱。壹行人受邀來到壹座巨大城堡，沒想到卻掉入黑影的神秘男子所設下的陷阱。小蘭、灰原與少年偵探團，也因此落入敵人手中成為人質。時間限制為12個小時，如果不在時間內解開男子所出的謎題，小蘭他們身上的炸彈就會爆炸。
“妳能了解失去心愛的人，是什麽樣的心情嗎？工藤”
這名男子居然知道柯南其實就是工藤新壹？！這名男子的真正身份，難道是……
就在同時，“關西的高中生偵探”服部平次的兒時玩伴和葉也被抓走（因為手上有炸彈而受到威脅，並非抓走）成為了人質，白馬探也受到委托。這些偵探們將與柯南壹同挑戰謎題。但是，當柯南他們正努力調查敵人的真面目之時，卻同時也面臨著壹連串的危機。而眾人追查已久的怪盜基德，居然也在此刻現身！柯南、平次、基德以及小五郎與其它刑事們，將攜手挑戰這次的強敵。時間壹分壹秒地逼近著，當大家就要解開所有的謎題時，卻又出現了新的難題。柯南究竟會怎樣
紺碧之棺
在小五郎的帶領下，柯南壹行人前往位於太平洋上的小島“神海島”上享受愉快的假日，蔚藍色的大海和無限的自然風光加上自古以來流傳的兩個“神海島”傳說讓這個小島成為遊客成群的度假聖地。蘭和園子在“海底宮殿”附近的海域享受有氧潛水，少年偵探團則玩起了神海島觀光課安排的尋寶遊戲。然而，覷意於傳說中的財寶的寶藏獵人們也潛入了這個迷人的小島上。蘭和園子意外的遭遇到壹名被鯊魚群襲擊的寶藏獵人，獵人的死是因為傳說中的寶藏嗎？急忙趕來的柯南發現了死亡的疑點，並和灰原壹起展開了調查。
“神海島”流傳這兩個傳說，壹個是沈入海底的古代遺跡“海底宮殿”，它是沈入神秘島海域的巨大巖石建築群，雖然研究者紛至沓來，但始終沒有人能解開“海底宮殿”的秘密，另壹個傳說是300年前活躍在加勒比海的2名女海盜“安妮·邦尼”和“瑪莉·雷德”遺留下來的財寶，據說她們乘坐的海盜船遭到英國海軍的攻擊時，只有她們2人勇敢的戰鬥。隨著調查的深入，迷壹般的文字“Jolly Roger”浮出水面，寶藏的秘密近在眼前。然後要接近真相總要經歷磨難，柯南他們找到的壹部分財寶被謎壹樣的寶物獵人搶走了，而寶藏獵人的魔手也伸向了蘭和園子，他們的目的究竟是什麽？隱藏在傳說中的真相是什麽？隱藏在海底宮殿中的秘密又是什麽？超越300年的暗號，柯南壹壹解明。
戰栗的樂譜
近日，發生了以音樂家為襲擊目標的連續殺人事件，被害人均出身於原著名鋼琴家領銜的壹所音樂學院。柯南等壹行人，受到了這位鋼琴家的邀請，出席由他出資建造的音樂廳的落成典禮音樂會。音樂會的亮點是巴赫彈奏過的管風琴和世界著名的斯特拉迪瓦裏琴的音色，以及擁有絕對音感的天才歌手的歌聲。
可是，在音樂會正式舉辦前，陸續發生了許多可疑的事件。
而在音樂會當天，柯南和女高音秋庭被襲,飄流在河流中,蘭等人所在的音樂會場，突然發生了大爆炸。眾人被包圍在火海中，河中的柯南和秋庭唱出了準確的音調,順利向警察求助,柯南等人在音樂會場外心急如焚,音樂會場內的所有人卻因為音樂館的隔音效果不知道任何危險的靠近……
室外，23根柱子被炸！
最後，進入了音樂會場的柯南找出了兇手，柯南和會場內的所有人命懸壹線。千鈞壹發之際，灰原用元太的豎笛吹出：36664（MI LA LA LA FA），被柯南猜出是狙擊（shoot)，佐藤從另壹個地方開槍，兇手手中的遙控器掉落,被高木抓獲。調音師說出了殺人的理由，和鋼琴家解除了誤會。
等小蘭他們要走時，發現柯南不見了。噴泉處傳來壹陣小提琴的聲音，小蘭聽出是新壹在演奏，便追了過去。結果卻看到柯南拿著小提琴，說新壹已經走了。故事在美麗的樂曲與月光下的蘭和柯南中結束。
[編輯本段]漆黑的追蹤者
故事的開始，柯南身份被Gin（琴酒）和Vodka(伏特加）識破並被擒住，小蘭眼看就要遭遇毒手……原來是壹場夢。
小五郎被請去參加警視廳召開的案件偵破會，發現裏面的警察都是熟面孔……
警視廳的松本警視、靜岡的橫溝警部（哥哥），神奈川的橫溝警部（弟弟），群馬的山村警部、長野的大和警部，崎玉的荻野警部（是個有著危險氣息的新人物）、京都的綾小路警部，長野的上原刑事。
當然還有永遠都少不了的，東京的目暮警部、白鳥、佐藤、高木跟千葉。
需要偵破的案件是發生在東京以及周邊省縣的連續殺人案，死者們身份看不出什麽***同點，但是他們死後都被拿走了壹件隨身物品，卻留了張麻將牌在身邊。（還都是七餅……只不過紅色的圈的位置不同，背面的紋樣不同）
期間柯南說千葉好像瘦了，千葉很高興的大講特講。而小五郎則說白鳥好像胖了，白鳥很尷尬：“別開玩笑好麽？我也是每周去兩次健身房的呢！”還有橫溝兄弟的口味變化 偵破會後，山村隨口唱著《七つの子》（七子之歌），原因是在廁所裏聽到有人用手機按出了相似的聲音，柯南震驚追出去壹看，壹人走進了黑色保時捷356A。
柯南從而確定偵破會的眾多參與者當中，混有易容高手貝爾摩德。
後在商廈追捕嫌疑犯時，柯南發現被作為人質劫持的人居然也是貝爾摩德假扮的，營救之後找她問事情原由。
原來是被害者當中壹人被拿走的物品當中，夾帶著組織裏的NOC名單(存在壹張SD卡中)。
柯南看到Vermouth（貝爾摩德）也得出結論，潛伏在警察當中的人是他人假扮，而被替換的人是誰呢？
而這時壹個神秘的黑衣組織成員Irish，正在緊鑼密鼓的調查柯南的身份，也得出柯南=新壹的結論。（通過黑衣騎士面具上新壹的指紋，跟美工課柯南捏的海豚上的指紋對比）
之後演出了壹出黑衣組織阻攔警察去最後壹個受害者家的狙擊戲，當Chianti(基安蒂）的槍瞄準高木說了句“郎才”，而korn（科恩）的槍瞄準佐藤說了句“女貌”，兩人同時射擊時，還好只是車軲轆被打爆了。佐藤也感覺出那是狙擊，跟高木說了，可是單純的高木說她應該是多心了。可佐藤還是懷疑警察隊伍裏混了奸細
佐藤、高木在博士、小哀跟偵探隊的聯系之後，成功解救被調換、關押了10天的人物（松本警長）。
故事的最後柯南在服部、灰原的幫助下，推理出連續殺人案的兇手會出現在東京塔，趕去、遇到兇手、又遇到假扮警察的Irish，對方已經拿到了卡片。
就在柯南遭遇危險時小蘭出現了，她想起新壹說的話成功躲避了子彈，但因為被Irish半垂下來的面具嚇到，最終被打倒了。
柯南為了保護小蘭引Irish來到東京塔頂，從他的話裏得知自己身份已被拆穿，但是Irish不想殺死他，而是要帶柯南去見“那位大人”，以琴酒的重大過失來扳倒琴酒，因為琴酒輕易的就殺死了那個Irish當做父親般尊敬的pisco（匹斯克）。所以他並沒有將柯南的真實身份說出去~~~就在他要擒住柯南的時候，Gin（琴酒）等人乘直升機趕來，求證Irish已經拿到名單。可是就在Irish拿出名單的SD卡，在琴酒的要求下不斷向前走之後，基安蒂開槍打穿了SD卡跟他的胸膛……
柯南想救Irish，這時Irish明白了貝爾摩德為何要掩護柯南，他說：“工藤新壹，妳只要壹直追查真相就好！”然後他就為了保護柯南被打死了……之前Irish還說了壹句：“工藤新壹，怪不得Vermouth（貝爾摩德）迷上妳了！”
之後Gin（琴酒）抓狂了，開始用飛機上的機關槍瘋狂掃射，直升機的探照燈不停的照到躲避中的柯南，機槍壹次次的從他身邊掃過，可是僅僅只是打中壹下。而Gin（琴酒）還有飛機中的其他三人，居然都沒有看到柯南。就在柯南被逼入絕境（真面目快給看到了）的時候，巧用博士的新發明（改進版的繩索吊帶，可伸縮100米……真不知道咋造出來的），不但脫險，還打中了Gin（琴酒）的飛機，使機尾著火（是把被機關槍射落的射燈，用伸縮吊帶彈射出去，打中直升飛機尾部）。
眾多警察趕到，營救成功！
看到飛機墜落、爆炸，騎著機車在周圍轉的Vermouth（貝爾摩德）不禁露出笑容：“真不愧是銀色子彈呀！”
後來柯南得到消息，直升機的殘骸中沒有任何人的遺體……也就是說，肯定是在墜落前跳傘離開了直升機。
[編輯本段]天空的遇難船
第14彈圍繞柯南和基德展開。大富豪鈴木次郎吉向基德發出了挑戰書，在飛往大阪的飛艇上放了稀有寶石，他並未打算讓基德得逞，柯南等人也壹同被邀請前去。但出人意料的事發生了，壹群恐怖分子在飛艇安裝了很多炸彈，而且基德要奪走的是——蘭！由於近幾部《名偵探柯南》劇場版的評價普遍不高，片方在本集中祭出法寶——富有魅力的怪盜基德將再度登場，以挽救人氣，另外，從預告片上看，小哀居然被打耳光！這也是14的另壹看點。從近日曝光的青山剛昌手繪海報上看，基德與小蘭居然有吻戲，這是怎麽壹回事呢？所有的壹切，只有等到2010年4月揭曉謎底了。
活躍於全世界，全天下寶石的怪盜基德，激起了大富豪----鈴木次郎吉與他對決的執著，因而對基德提出挑戰書:具有“天空的貴婦人”美名之稱的寶石就放在世界最大的飛行船「鈴木號」中，能偷的話就來偷偷看，限制時間為東京到大阪6小時飛程。小五郎、小蘭以及少年偵探團也獲邀次郎吉的招待搭乘此次飛行。能偷得到嗎？能抓得到嗎？就在以廣闊的天空為舞臺進行心理戰的同時，神秘的恐怖分子「紅色暹羅貓」襲擊飛行船！到底挾劫的目的為何？基德與柯南間的對決又將會如何！？
壹定要用我的！！！！！！