第壹任：宗喀巴大師
第二任：賈曹傑·達瑪仁欽
第三任：克主傑大師
第四代:法臺夏魯巴·勒第五代甘丹法臺雅德·羅珠卻珺巴堅贊(妙幢)。
第五代甘丹法臺雅德·羅珠卻珺(智慧護法)。
第六代甘丹法臺克珠·唐吉欽巴之弟跋蘇·卻季堅贊(法幢)。
第七代甘丹法臺法主·羅追丹巴(慧堅)。
第八代甘丹法臺法主門朗班瓦(願吉祥)。
第九代甘丹法臺是赤欽·洛桑尼瑪(大法後惠日)。
第十代是丹瑪·益希桑布(妙智)。
第十壹代是塔欽·洛桑紮巴(善慧名稱)。
第十二代是嘉木漾，希僥勒班羅追(妙音·善智妙慧)。
第十三代是赤欽·卻季協守(法友)。
第十四代是堆龍巴·仁欽維賽(寶光)。
第十五代是班欽·索南紮巴(福稱)。
第十六代是迦熱·卻瓊嘉措(護法海)。
第十七代是木雅·多吉桑布(妙金剛)。
第十八代是齊日·堅贊桑布(善幢)。
第十九代是赤欽·阿旺卻季紮巴(語自在法稱)。
第二十代是赤欽·卻紮桑布(法稱善)。
第二十壹代是法主德瓦堅巴·格勒班桑(妙吉祥賢)。
第二十二代是礱雪根頓，丹巴饒傑(教盛)。
第二十三代是法主才旦嘉措(長壽海)。
第二十四代是額噶瓦·強巴嘉措(慈海)。
第二十五代是赤欽·班覺嘉措(富海)。
第二十六代是赤欽·當曲班巴(聖教炬)。
第二十七代是法主釋迦仁欽(釋迦寶)。
第二十八代是赤欽·根頓堅贊(比丘幢)。
第二十九代是卓尼·協寧紮巴(善知識稱)。
第三十代是達隆查巴·羅追堅贊(慧幢)。
第三十壹代是法主當曲班瓦(聖教祥)。
第三十二代是仲孜·楚程曲培(戒法增)。
第三十三代是赤欽·紮巴嘉措(名稱海)。
第三十四代是赤欽·阿旺卻季堅贊(語自在法幢)。
第三十五代是林麥沙布隆·降央貢郊曲培(曼殊寶法增)。
第三十六代是工布·旦增勒協(掌教善說)。
第三十七代是赤欽·根頓仁欽堅贊（比丘寶幢）。
第三十八代是朝達瓦·丹巴堅贊(教幢)。
第三十九代是赤欽·貢卻曲桑(寶善法)。
第四十代是法主阿裏巴·班丹堅贊(具德幢)或稱丹巴堅贊(法幢)。
第四十壹代是夏孜·洛桑堅贊(善慧幢)。
第四十二代是赤欽·洛桑頓悅當曲(善慧不空聖教)或稱尊者朗塔多吉(清凈金剛)。
第四十三代是赤欽·強巴紮喜(慈吉祥)。
第四十四代是魯布·阿旺洛追嘉措(語自在慧海)。
第四十五代是卓尼·嘉木漾楚程培傑(曼殊戒昌)。
第四十六代是桑洛京巴嘉措(施意樂海)。
第四十七代是邦達瓦·洛桑曲培(善慧法增)。
第四十八代是赤欽·頓珠嘉措(義成海)。
第四十九代是赤欽·洛桑塔傑(善慧昌隆)。
第五十代是貢塘赤欽·根頓平措(僧圓滿)。
第五十壹代是霍藏赤欽·班丹紮巴(具德名稱)。
第五十二代是赤欽·阿旺曲培(語自在法增)。
第五十三代是赤欽·堅贊森格(勝幢獅)。
第五十四代是赤欽·阿旺喬丹(語自在具勝)。
第五十五代是桑查赤欽·阿旺朗喀(語自在虛空)。
第五十六代是赤欽·洛桑赤梅(善慧無垢)。
第五十七代是赤欽·桑丹平措(三昧圓滿)。
第五十八代是夏瓊瓦·阿旺曲紮(語自在法稱)。
第五十九代是秋桑·阿旺曲紮(語自在法稱)。
第六十代是赤欽·洛桑丹巴培傑(善慧法隆)。
第六十壹代是擦朵·阿旺楚程(語自在戒)。
第六十二代是赤欽·洛桑門朗(善慧願)。
第六十三代是赤欽·洛桑堪喬(善慧賢勝)。
第六十四代是赤欽·洛桑紮喜(善慧吉祥)。
第六十五代是赤欽·根頓楚程(僧戒)。
第六十六代是甲瓊·阿旺年紮(語自在盛譽)。
第六十七代是降央門朗(妙音願)。
第六十八代是赤欽·洛桑格勒(善慧圓滿)。
第六十九代是赤欽·降秋曲培(菩提法增)。
第七十代是赤欽·阿旺曲培(語自在法增)。
第七十壹代是赤欽·益希塔堆(智欲脫)。
第七十二代是赤欽·降白楚程(曼殊戒)。
第七十三代是擦雜·阿旺降白楚程嘉措(語自在曼殊戒海)。
第七十四代是洛桑倫珠(善慧運成)。
第七十五代是赤欽·阿旺隆朵嘉措(語自在教證海)。
第七十六代是赤欽·洛桑欽饒旺秋(善慧妙智自在)。
第七十七代是赤欽·楚程培傑(戒昌)。
第七十八代是赤軟·降央塔傑(妙吉祥盛)。
第七十九代是赤欽·洛桑京巴(善慧施)。
第八十代是赤欽·紮巴頓珠(稱義成)。
第八十壹代是赤欽·阿旺諾布(語自在寶)。
第八十二代是赤欽·益希曲培(智法增)。
第八十三代是赤欽·降秋朗喀(菩提虛空)。
第八十四代是赤欽·洛桑楚程(善慧戒)。
第八十五代是赤欽·楚程班丹(戒吉祥)。
第八十六代是策門林巴·洛桑堅贊(善慧幢)。
第八十七代是赤欽·阿旺土丹旦白堅贊(語自在佛教教幢)。
第八十八代是赤欽·欽饒悅丹(慧德)。
第八十九代是赤欽·洛桑年紮嘉措(善慧譽海)。
第九十代是赤欽·強巴曲紮(慈法稱)。
第九十壹代是赤欽·洛桑堅贊(善慧幢)。
第九十二代是赤欽·土旦寧齊(佛教日)。
第九十三代是赤欽·益希班丹(智吉祥)。
第九十四代是赤欽·倫珠尊珠(運成精進)。
第九十五代是赤欽·紮西東堆(吉祥伏千)。
第九十六代是赤欽·土旦貢噶(佛教喜慶)
第九十七代甘丹赤巴是林仁波切（任期：1964-1983）
第九十八任甘丹赤巴（任期：1983-1987）
第九十九代甘丹赤巴（任期：1987-1994）
第壹百任甘丹赤巴：洛桑尼瑪（任期：1994-2002）
第壹百零壹任甘丹赤巴：龍日南傑法王（任期：2002—？）
第壹百零二任甘丹赤巴：圖丹尼瑪隆多丹增諾布仁布切（日宗仁布切）（任期：2009-）