其次是合肥工業大學（教育部直屬，211 + 985 平臺高校，有汽車“黃埔軍校”之稱）、安徽大學（安徽省屬，211 高校），普通院校中的安徽醫科大學、安徽建築大學、安徽中醫藥大學、安徽財經大學合肥研究院等也還不錯，都有各自比較突出的學科和專業。
知名軍事院校：中國人民解放軍電子工程學院、中國人民解放軍陸軍炮兵防空兵學院
清華大學合肥公***安全研究院、天津大學合肥創新發展研究院、合肥影視科技產業園（北京電影學院協力打造和管理）
北京外國語大學。2017年5月7日，合肥市人民政府、北京外國語大學戰略合作簽約儀式在合肥市政務中心舉行，雙方將在中德合作、產學研基地建設、人才培養等領域開展高水平合作。北京外國語大學與合肥市簽署戰略協議，在合肥經開區***建北外合肥校區項目，包括北外德國中心(合肥)、北外合肥產學研基地、合肥北外人才培養基地，籌辦合肥北外附屬學校等。
北京航空航天大學。2016年7月25日上午，安徽省政府與北京航空航天大學在合肥簽署全面戰略合作協議。根據合作協議，雙方將借力安徽區位、資源、創新要素聚集等優勢和北京航空航天大學人才培養、學科建設、科學研究等優勢，深化省校合作，加快推進安徽省建設創新型“三個強省”和北京航空航天大學建設世界壹流大學。2016年11月，北航合肥科學城項目在新站高新區少荃湖北岸正式奠基。
北京師範大學。2016年6月26日上午，合肥市政府與北京師範大學戰略合作座談會在市政務中心舉行。北京師範大學副校長陳光巨表示，合肥具有科技、人才等優勢，希望雙方發揮各自優勢，深化戰略合作，以巢湖生態治理合作為突破口，進壹步拓展延伸合作領域，積極推動建立協同創新平臺，為市校合作開創新典範。
哈爾濱工業大學。2016年7月10日上午，哈爾濱工業大學機器人項目簽約儀式在肥舉行，這標誌著哈工大機器人項目正式落戶合肥經開區。據了解，哈工大機器人項目總投資約20億元，由哈工大機器人集團(HRG)與合肥經開區***同建設。項目位於合肥經開區“智能裝備科技園”內。
復旦大學。2018年4月3日，合肥市召開招商引資大會，從招商引資大會上獲悉，投資6億元的復旦大學科技創業園和復旦附中合肥校區項目已經與合肥進行兩輪對接，並有望落戶合肥。
北京化工大學。2017年6月5日，合肥市發改委召開合肥市與北京化工大學戰略合作座談會，希望以多種形式的合作方式擴大合作領域，推進合肥與北京化工大學合作的項目落地。此前，合肥曾多次對接北京化工大學，雙方初步達成在合肥建設生物質能源與新材料研究中心的***識。
國防科技大學。國防科技大學以國防科學技術大學、國際關系學院、國防信息學院、西安通信學院、電子工程學院，以及解放軍理工大學氣象海洋學院為基礎重建，校本部設在長沙，內設學院位於長沙、南京、武漢、合肥等地。坐落在合肥的原解放軍電子工程學院現在即為新國防科技大學的壹個內設學院。