首先，妳要弄清楚，直接代理和間接代理報關兩者不是可以自由選擇的，該直接代理的時候只能直接代理，該間接代理的時候只能間接代理。
在實際的業務中，如果采用的是填寫報關委托書方式代理進出境貨物報關的，通常采用的都是直接代理。
例如報關時，甲公司是壹家報關企業，乙公司是壹家外貿公司，要進口兩個40英尺集裝箱的貨，甲公司是以乙公司的名義進行報關的，則此報關行為屬於直接代理報關。
而如果A公司是壹家快遞公司，有客戶托付快遞公司運送壹小批出境物品，在報關時按慣例和規定常常是以快遞公司的名義進行報關的（客戶無須參與報關具體事務），這種情形就屬於間接代理報關。
除了快遞適用間接代理之外，通運、轉運、過境貨物由於“收發貨人”常常都是境外人，不可能在中國海關登記註冊，所以也是由輪船公司航空公司出面以自己輪船公司名義向我國海關報關的，這也是壹種間接代理報關。
總之，間接代理報關的特點是：收發貨人無需參與具體報關事務，收發貨人無需具有報關權（比如某個個人向境外寄物品，這個人無需自己在海關登記註冊的，這人只需做兩件事，壹是付國際快遞錢，二是向快遞公司說明運的大體什麽貨物（別是違禁品）即可，至於報關之事此人無需操心）。
但直接代理報關由於在報關單“經營單位”壹欄當中要填實際收發貨人公司名和編號，所以收發貨人是要具有報關權的。
直接代理報關用的都是我們書上的普通報關單，經營單位填委托公司（如某進出口公司），報關單下面的“申報單位”填報關企業（如報關行）。
間接代理報關用的報關單往往比較特殊，比如快件專門有快件報關單等等，不是用的妳在書上看到的那種普通報關單的。
參考資料：
上海財經大學出版社：《海關報關實務》——高職高專國際商務核心課程系列教材定價：30元
作者：張炳達、顧濤、王曉靜
出版時間：2007年8月
ISBN：978-7-5642-0052-7