該公司的開票流程是:
1.公司依法成立後，憑營業執照領購發票；
2、按照規定的時限、順序、欄目，將所有聯次壹次性如實開具，並加蓋發票專用章；
3、開具後的發票存根聯和發票登記簿，應當保存5年。
壹、增值稅普通發票
1.進入開票系統，點擊【發票管理】-【發票填制】-【增值稅普通發票填制】，點擊【確定】。
2.進入發票填制界面，點擊頂部的“紅字”按鈕。
3.輸入紅色沖銷的發票代碼和編號。您需要在這裏輸入兩次，然後點擊“下壹步”。
4.確認車票信息是否正確，確認後正常打印在相應發票上。
二。增值稅專用發票
1.進入開票系統，點擊“發票管理”按鈕，點擊“紅字發票信息表”——“紅字增值稅專用發票信息表”，根據實際情況選擇“買方申請”或“賣方申請”(註:買方申請不需要填寫發票代碼和發票號，賣方申請需要填寫)，買方申請需要點擊“確定”取消。根據提示，進入“開具紅字增值稅專用發票信息表”界面，確認或輸入票面信息(註意:數量、金額為負數，單價為正數)，確認後點擊右上角“打印”，然後在彈出窗口中選擇“不打印”，再在彈出窗口中選擇“取消”。
2.點擊發票管理按鈕上方的紅字發票信息表-紅字增值稅專用發票信息表查詢導出進入界面，點擊選擇對應的單據號，點擊上傳並確認。當信息表描述變為“已審核”時，可以進入發票填制界面，填寫負數發票。
3.點擊“發票管理-發票填制-增值稅專用發票填制”，點擊“紅字-導入網下載紅字發票信息表”，鼠標左鍵雙擊已審核信息表的編號，確認票面信息是否正確，確認後正常打印在相應發票上。
法律依據
中華人民共和國發票管理辦法
第二十條所有從事生產經營活動的單位和個人在購買商品、接受服務以及其他經營活動中支付貨款時，都應當向收款人索取發票。取得發票時，不允許更改名稱和金額。
第二十二條發票應當按照規定的期限、順序、欄目開具，全部壹次性開具並加蓋專用發票。任何單位和個人不得有下列虛開發票的行為:
(壹)為他人、為自己開具與實際經營情況不符的發票；
(二)讓他人為自己開具與實際經營情況不符的發票；
(三)介紹他人開具與實際經營情況不符的發票。