東京·米花市·米花市政大樓。這裏正在舉行，能夠壹舉改變全世界遊戲業界價值觀的模擬遊戲「繭」的發表會。結合最先進技術的“繭”，其遊戲方式是先進入壹部外型酷似蠶繭的大型膠囊，透過電腦操作讓遊戲者沈睡於歷史上曾經發生過事件的年代，並進行挑戰的虛擬體驗遊戲。
柯南、小蘭、灰原及少年偵探隊成員們也接獲邀請，前往參加這場受到全世界矚目的發表會，並陰錯陽差的混入政界、財經界以及演藝界等代表人物的小孩群中，趁機乘上“繭”。另壹方面，“繭”的研發者兼負責人－堅村，竟然在發表會會場遭到殺害，而在這起殺人事件發生的同時，壹個自稱“諾亞方舟”的人工智慧闖入“繭”的電腦系統，並切斷身處虛擬世界的 50 名孩童所有能與外界連結的管道，對現實世界中所有招待者宣布：“在這場解決歷史事件的遊戲中，只要有壹個人能夠存活到最後就算妳們贏。不過如果沒有人能夠存活到最後，參加遊戲的所有人就會葬命於此。”開始了壹場失控的遊戲。
少數知道柯南身份，同時也是工藤新壹的父親，世界名推理作家－工藤優作也是這場發表會的特別來賓。優作負責監修“繭”遊戲中的歷史事件，雖然能透過推理找出堅村遭到殺害的原因，但關於柯南壹行人安危，他也只能在控制室看著他們的表現。柯南壹行人必須在“繭”所設定重現的 19 世紀倫敦貝克街，同時也是福爾摩斯留下無數傳說之地，挑戰壹連串的考驗。壹場結合虛擬實境與現實，用 50 條生命為賭註的遊戲即將開始！