1986年，“南京區域經濟協調會”第壹次會議召開，南京經濟區的成立為日後南京都市圈的規劃發展埋下了伏筆。
2000年7月，江蘇城市工作會議提出打造以省會南京為中心的經濟聯合體——“南京都市圈”。
2001年3月21日，在江蘇省計委的召集下，江蘇省的南京、鎮江、揚州和和安徽省的蕪湖、馬鞍山、滁州6個城市計委負責人首度就“南京都市圈”建立和發展問題進行了研討。6城市達成***識：“南京都市圈”範圍鎖定在南京南邊100公裏左右，即1小時車程以內，以南京為核心城市，其余5城市為“中間傳導”，並確定了今後以政府引導與市場相結合的方式來實現“圈內資源***享，提高整體競爭力”的目標。此後，6城市頻繁商討的議題包括：如何消除政策障礙、行政及市場壁壘、如何真正實現資源***享、相互開放市場、科技人才流動、產業密切合作以及跨區域的基礎設施***建等等。
2002年3月，蘇皖南京、鎮江、揚州、蕪湖、馬鞍山、滁州6城市計委負責人匯集江城蕪湖，就啟動***建“南京都市圈”展開具體的規劃研究。“南京都市圈”實現的將是壹個開放型的城市壹體化進程，這在中國尚為首次嘗試，也是國內唯壹的跨省都市圈。
2003年1月15日，江蘇省政府批準了《南京都市圈規劃（2002-2020）》。
2004年，中國·南京重大項目投資洽談會首次由南京都市圈6城市（南京、鎮江、揚州、蕪湖、馬鞍山、滁州）聯辦。在1300多億元的項目總投資中，給其他5個市帶來的項目投資總額超過了700億元。
2005年，中國南京重大項目投資洽談會，除主辦城市南京外，周邊的江蘇鎮江、淮安以及安徽蕪湖、馬鞍山、滁州、宣城、淮南等七個城市參與聯辦，形成“壹加七”模式，***同發布了總投資額達人民幣壹千五百多億元的三百六十八個重點招商項目，吸引了海內外眾多客商前來洽談，也初顯了南京都市圈經濟聯動的活力。
2006年底，南京都市圈八市經濟總量超過7300億元，成為全國重要的區域經濟平臺。
2007年4月28日下午，在南京都市圈市長論壇上簽署了《南京都市圈***同發展行動綱領》，明確都市圈發展目標是區域經濟聯合體，確定了在交通、物流、金融、市場、產業、公***服務等九個方面的合作重點。
2007年12月8日，第五屆南京都市圈發展論壇在揚州舉行，江蘇副省長參加會議並講話。
2008年4月29日，南京都市圈交通發展論壇上，南京、巢湖、馬鞍山、滁州、蕪湖、揚州、鎮江、淮安8市的交通局簽署框架協議，“十壹五”期間將對8個市之間所有的公路收費站進行“精簡”式整合，市域內公路收費站全部外移，而跨區域同壹公路原則上將只設壹個收費站。
2008年11月28日，第六屆南京都市圈發展論壇在滁州市舉行。蘇、皖兩省專家、學者及滁州、南京、揚州、鎮江、蕪湖、馬鞍山、巢湖等都市圈城市的政府官員和相關部門負責人，圍繞“合作分工、***建***享、創新發展”主題進行了深入探討。
2010年4月29日，來自南京都市圈八市的市長會聚南京舉行第四屆南京都市圈市長峰會，會上啟動了“南京都市圈農副產品信息交換平臺”，並簽署了5項合作協議。
2010年5月24日，國務院頒布《長江三角洲地區區域規劃》，規劃中明確提出要加快南京都市圈建設，編制南京都市圈區域規劃。
2010年11月28日，“2010年南京都市圈發展論壇”在南京舉行。本次論壇由南京市人民政府、南京財經大學、安徽省社科院和江蘇城市發展研究院主辦，江蘇省政府何權副省長、南京都市圈各城市政府負責人、蘇皖兩省發展改革系統負責人以及國家宏觀院和蘇皖兩地有關專家學者參加了會議。論壇圍繞“南京都市圈與長三角經濟區互動發展研究”這壹主題展開深入研討。
2011年4月26日下午，由南京、鎮江、揚州、淮安、蕪湖、馬鞍山、滁州、巢湖等八市人民政府***同舉辦的第五屆南京都市圈市長峰會在南京紫金山莊會議中心舉行。本屆市長峰會是“2011中國·南京重大項目投資洽談會”的重大專場活動之壹。會議以“加強規劃銜接，***繪發展藍圖”為主題，旨在開啟編制南京都市圈區域規劃，使南京都市圈壹體化建設上升為國家戰略。國家發改委及江蘇、安徽兩省發改委領導，南京市長季建業，常務副市長沈健，副市長陳剛，市政府秘書長魏克，都市圈各市市長，及各市有關部門負責人出席了會議。
2011年7月，第五屆長三角南京都市圈建設論壇在南京召開，會上8市簽署南京宣言：到2015年基本建成以南京為中心、內接都市圈7城市、外連全國各中心城市的現代化軌道交通網和以祿口國際機場為中心，服務都市圈區域，通往全國、亞太和歐美的現代化航空運輸網。
2012年4月26日，第六屆南京都市圈市長峰會在南京金陵會議中心舉辦，峰會上市長們簽署了《***同編制南京都市圈區域規劃合作協議》，並且宣布該規劃將於今年5月底前完成初稿，爭取年底前上報國務院。
2013年8月3日，南京都市圈第壹屆黨政領導聯席會議暨南京都市圈城市發展聯盟成立大會在南京隆重舉行，此次名為“南京都市圈第壹屆黨政領導聯席會議暨南京都市圈城市發展聯盟成立大會”，來自蘇皖八市的黨政壹把手均出席。這是都市圈成立以來規模最大、規格最高的壹次大會，會上確立的壹系列合作新機制南京都市圈推上了新起點，會上宣城正式成為南京都市圈新成員。
2014年5月11日，南京都市圈第二屆黨政領導聯席會議在安徽蕪湖召開，來自江蘇南京、鎮江、揚州、淮安和安徽蕪湖、馬鞍山、滁州、宣城的黨政主要領導參加會議。地區經濟司副司長黃進發同誌作為特邀代表參會並致辭。會議總結回顧了第壹屆南京都市圈黨政領導聯席會議以來的工作，提出了下壹步工作思路，審議通過了《南京都市圈近兩年工作推進綱要》。會上，還專題介紹了南京承辦第二屆青年奧林匹克運動會的籌備情況，8市市長簽署了《南京都市圈八市***襄“青奧”備忘錄》。
2015年3月，南京市委辦公廳和南京市政府辦公廳聯合下發《健全南京都市圈協同發展機制改革實施方案》。