跨行支付實時到賬是第二代支付系統的重要功能。
據了解，從目前網銀支付的處理情況來看，當收款人和付款人都在同壹家銀行開立賬戶時，資金可以實時記錄並實時反饋給客戶；當收款人和付款人未在同壹家銀行開立賬戶時，支付指令需要通過付款人銀行的網銀支付平臺、付款人銀行的行內業務系統、中國人民銀行的跨行支付系統、收款人銀行的行內業務系統進行處理，這涉及多個節點和系統之間的支付指令轉換，有些環節需要業務人員人工幹預。
網易財經此前從央行獲悉，為了提高跨行網銀支付的清算效率，央行在即將推出的第二代支付系統中構建了新的在線支付跨行清算系統，該系統使商業銀行的網銀系統能夠互聯互通，同時可以實時實現跨行轉賬、支付等服務。
此外，清算系統提供賬戶信息的跨行查詢功能。客戶在與開戶銀行簽訂賬戶信息查詢協議後，可登錄其中壹家銀行的網上銀行系統查詢在其他銀行開立的賬戶信息。不過，據前述股份制銀行電子銀行部人士介紹，目前只能查詢活期賬戶，對於其他理財產品等信息，系統仍難以支持。