根據南京財經大學總體辦學指導思想與學科專業結構的要求，外語系的辦學指導思想可以概括為：在學校學科與專業建設規劃指導下，結合南京財經大學強大的經濟管理類學科群，抓住我國經濟社會教育文化發展國際化、全球化的機遇、培養懂得國際商務知識的英語專門人才、培養非英語專業學生的英語應用能力和跨文化交際能力、促進和支撐其他學科發展，爭取在5年之內，把外語系建設成為江蘇省及周邊地區壹流的國際商務英語特色人才培養基地。