江蘇省邳州中等專業學校創辦於1985年，前身為邳縣運河職業高級中學，1996年成為江蘇省重點職業高級中學，1998年通過首批江蘇省合格職教中心驗收，2006年被國家教育部認定為“國家重點職業學校”，2008年成為省三星級職業學校，2012年晉級為省四星級職業學校，同年順利創建成“中央財政支持建設實訓基地”和“省級緊缺技能型人才培養培訓基地”。2013年8月由江蘇省機構編制委員會辦公室和江蘇省教育廳發文，學校正式更名為“江蘇省邳州中等專業學校”。
邳州市市委、市政府高度重視學校發展，集中整合優質職教資源，把邳州電大、邳州市教師進修學校並入邳州中等專業學校，合並後的邳州中專是壹所集高等教育、中等職業教育、成人培訓、幼兒教育於壹體，全日制教育、業余教育、短期培訓相結合的規模較大的綜合性學校。