1、概念不同
財務效益：
財務效益是指項目實施後所獲得的營業收入。再細化壹點：對於適用增值稅的經營性項目，除了營業收入外，其他可得到的增值稅返還也應作為補貼收入計入財務效益。對於非經營性項目，財務效益應包括可能獲得的各種補貼收入。
經濟效益：
經濟效益，是通過商品和勞動的對外交換所取得的社會勞動節約，即以盡量少的勞動耗費取得盡量多的經營成果，或者以同等的勞動耗費取得更多的經營成果。
經濟效益是資金占用、成本支出與有用生產成果之間的比較。所謂經濟效益好，就是資金占用少，成本支出少，有用成果多；提高經濟效益對於社會等具有十分重要的意義。
2、評估的目標不同
財務效益:
財務效益評估以企業的凈利潤為目標。
經濟效益：
經濟效益評估的目標是對社會福利和國家基本發展目標的貢獻及資源有效利用和合理分配。
3、評估的內容和方法不同
財務效益：
財務效益評估的內容和方法比較簡單，涉及面較窄，采用企業成本效益分析方法。
經濟效益：
經濟效益評估的內容較多，方法較復雜，涉及的範圍較廣，需采用費用效益分析，成本效益分析和多目標綜合分析等方法。