新疆財經大學的前身是1950年成立的新疆省人民政府幹部培訓班，1959年升格為新疆財經學院；
1962年由於國家宏觀形勢變化和政策調整，新疆財經學院轉制為新疆財貿學校；
1980年5月，經國務院批準，恢復新疆財經學院建制；
1998年，獲得碩士學位授予權。
2000年12月，新疆財經學院、新疆經濟管理幹部學院和新疆財政（稅務）學校合並組建新的新疆財經學院；
2001年，獲得了MBA辦學權。
2007年經教育部批準，學校更名為新疆財經大學。