壹、專制主體不同
封建制度 ：專制主體是封建地主階級。
君主專制：專制主體是皇權至上，皇帝地位不可逾越，君主壹人獨攬大權。國家軍種掌握實權。
二、特點不同
封建制度特點：占有土地，剝削農民（或農奴）剩余勞動為基礎的社會制度。
其基本剝削形式是封建地租，農民（或農奴）耕種封建地主的土地，絕大部分產品作為地租被封建地主剝奪。上層建築主要是以等級制為特點的封建制國家。占統治地位的意識形態是以維護封建剝削制度和封建等級制，宣揚封建道德為主要內容。
君主專制特點：君主專制制度以武力為先導，控制宗教勢力，專制主義漫長。中國傳統社會數千年的歷史，軍事爭奪、武力征服是永恒的主題。
三、出現時間不壹樣
封建君主專制，萌芽（戰國），商鞅建立縣制，百官服，從君主法令的封建官僚制度建立。
君主專制政體指以古代君王為核心的中央集權的政治體制，它脫胎於原始社會後期的父權制。
四、作用不壹樣
封建君主專制，向丞相，宰相奪權，削弱他們的權利，集中在皇帝手中。
君主專制，經濟基礎穩固，皇帝總攬天下大權，包括行政、財經、司法、軍事的權力，同時以武力為先導，控制宗教勢力。