東北人民政府其體制與機構設置與華北人民政府略同，置主席1人、副主席3人、政府委員若幹人組成東北人民政府委員會，下設民政、教育、財政、工業、商業、農業、交通、公安、衛生、司法、文化等部、財政經濟委員會、司法委員會、人民法院、東北銀行等。另設勞動局、榮譽軍人管理委員會、文物保管委員會、辦公廳、外事處、東北科學院（後稱中國科學院東北分院）。另在東北財經委員會內設計劃委員會。