1、機構性質不同：中國財政科學研究院是財政部直屬事業單位，而中央財經大學財經研究院是中央財經大學復校後最早創辦的跨學科研究機構。
2、研究領域不同：中國財政科學研究院以建設壹流新型智庫為目標，致力於財政經濟問題的研究，為推進國家治理現代化建設服務。而中央財經大學財經研究院則主要圍繞財經領域的熱點問題開展研究。