與主板、中小板及創業板相比，企業申請在新三板掛牌轉讓的費用要低得多。費用壹般在120萬元左右（依據項目具體情況和主板券商的不同而上下浮動），在新三板市場掛牌後運作成本每年不到3萬元。依據《中關村國家自主創新示範區支持企業改制上市資助資金管理辦法》，企業可申請改制資助，每家企業支持20萬元，企業進入股份報價轉讓系統掛牌的可獲得50萬元資金支持。主辦券商推薦的園區企業取得《中國證券業協會掛牌報價文件備案確認函》後，每家券商可獲得20萬元資金支持。