負責辦理和督辦黨組和(董事長)行長會議決定的事項；負責重要會議和活動的組織和安排；負責文秘、信息、翻譯、檔案、人事、機要保密、信訪、安全保衛等工作；負責財務、審計、基本建設和資產管理工作；負責計劃生育和老幹部工作。
二、研究室
負責組織參政議政和重要課題的調查研究，開展理論和政策研究咨詢，提出政策建議；負責指導地方、州、市工商聯的調查研究和參政議政；負責起草重要會議文件和報告；負責數據的收集和整理；編輯日誌；負責會議歷史的研究。
第三，會員部門
指導會員發展和管理工作，了解各地州市工商聯和重點市縣工商聯領導班子情況；負責指導基層工商聯和行業組織建設；負責非公有制經濟人士的日常聯系、教育和培訓工作；負責協助推薦非公經濟人士政審安排；負責非公有制企業人員專業技術資格(職稱)評審工作；負責會員的社交活動，收取會費，管理和發放工商生活互助基金。
第四，宣傳教育部
宣傳黨和國家關於非公有制經濟的方針政策；負責自治區工商聯的新聞發布和重大活動的宣傳工作；負責宣傳非公有制代表人士的先進事跡；負責自治區工商聯的教育培訓工作；負責指導各地、州、市工商聯的宣傳、教育和培訓工作；負責就業和再就業工作；負責經濟信息工作，收集、整理國內外經濟信息，開展以經濟信息為主的各種經濟活動，建立信息庫；負責會員企業文化建設。
動詞 （verb的縮寫）經濟聯絡司
聯系區內外有關經濟部門和經濟團體；負責協會與國內外工商組織的聯絡和接待；負責協會的外事工作和出國會員的政審工作；組織會員開展經濟活動，積極服務區內外工商界，特別是非公經濟；負責聯系“三電”投資企業，積極引進資金、技術和人才；負責為會員開拓國內外市場和在國外開展業務活動提供服務；負責指導各地、州、市工商聯的經濟聯絡工作；負責“光榮事業”的聯絡和宣傳；負責老幼邊窮地區經濟責任智力扶貧和定點扶貧工作；管理和指導工商聯自辦企業的工作。
不及物動詞法律部門
依法維護會員的合法權益；反映會員的意見、要求和建議；為會員提供法律咨詢服務；開展與非公有制經濟和工商聯工作相關的法律問題研究，配合有關部門做好會員企業的法制教育工作；聯系和指導基層工商聯法律服務工作。
七、黨委。
負責本協會機關和非公有制企業的黨群工作；負責本協會機關的精神文明建設和紀律檢查工作；引導非公有制企業黨員發展。