負責機關會議組織、文電管理、信訪、信息、建議(提案)和秘書事務等日常政務工作，以及財務、資產管理、聯系接待、保密和安全等行政事務；負責綜合協調、督查督辦；負責編纂史籍。
(2)法律部。
負責交通法規的調研、論證、起草和執法證件管理；負責交通行政執法、行政復議和訴訟的監督檢查，指導交通行業的法制工作。
(3)計劃統計處(掛哈爾濱市交通戰備辦公室牌子)。
負責組織編制全市公路交通和城市公共交通行業的發展規劃和計劃；負責公路、交通和公共交通基礎設施項目的前期工作；負責公路、交通和公共交通基礎設施建設重點項目和公路扶貧項目的協調管理；負責哈爾濱市的交通戰備工作；負責哈爾濱地區公路施工企業資質和資信的審查；負責交通環境保護；負責綜合統計工作。
(4)財務審計局。
組織制定交通運輸和城市公共交通行業的財務會計規章制度；指導交通規費的征收和管理；指導監察局和交通系統直屬單位的財務工作和國有資產的保值增值；負責公路和城市公共交通基礎設施的招商引資、融資和專項資金管理等財務工作；貫徹執行國家、省、市審計規章制度；負責市級交通專項資金審計和局直屬單位行政負責人離任審計；指導交通系統內部審計工作；負責對局直屬單位的國有資產、財務收支、經濟效益和市級投資項目進行審計。
(5)行業指導辦公室。
指導全市城市客運市場和全市道路運輸市場的管理工作；指導全市客貨運輸、公路建設和養護的行業管理；負責樹立交通行業的管理形象和全市客貨運輸業的服務形象；負責全市涉及交通局工作的重大活動的協調和管理。
(6)科技教育司。
擬訂全市交通行業科技教育發展的政策和規劃，推進科研教育體制改革；負責交通道路和城市公共交通重大科技項目的實施；負責工程技術咨詢、交流、引進和重大工程技術的討論和處理；管理交通行業的標準和計量工作；指導全市交通行業高等教育、成人教育和職業技術教育工作。
(7)人事勞動部門。
負責機關和直屬單位的機構編制、人事管理、勞動工資和處級、壹般幹部管理；負責局直屬單位人才交流和智力引進工作。
(8)改革指導辦公室。
組織制定全市交通行業產業政策，調整交通行業國有經濟布局，優化交通經濟結構，推進交通直屬單位改組改制，引導交通直屬單位加強內部管理，加快外向型經濟發展和經濟橫向聯合協作；負責公路和公共汽車客運票價的初審工作。
(9)安全工作部。
負責全市交通行業安全生產管理的監督和指導；制定並實施交通安全生產規章制度，組織安全教育和安全檢查；負責交通系統的社會治安綜合治理；按照管理權限負責系統內鍋爐、壓力容器的管理和年檢，審批鍋爐的安裝、改造和搬遷。
(10)研究室。
負責全市交通和城市公共交通行業的產業政策、規劃布局、發展戰略和重大項目的調研，了解和反映經濟運行中的傾向性問題，提出相關對策和建議。
(11)黨群工作部。
負責本系統的政治思想工作、精神文明建設、黨的基層組織建設、管理、理論學習和黨員培訓工作；負責局系統領導班子建設和領導幹部管理工作；負責指導本系統工會、婦聯、共青團工作。
(十二)離退休幹部辦公室。
負責局機關離退休職工的管理和服務工作；指導局機關直屬單位離退休幹部的管理和服務工作。
(13)機關黨委。
負責黨的思想建設、組織建設、作風建設，領導工會、* *共青團、婦聯工作。
(14)紀委監察室
紀檢監察機構按照有關規定設置。